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万見
- PDB-5eid: AKR2A ankyrin repeat domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eid
タイトルAKR2A ankyrin repeat domain
要素Ankyrin repeat domain-containing protein 2
キーワードPROTEIN TRANSPORT / AKR2A / ankyrin repeat domain / cytosolic targeting factor
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast targeting sequence binding / protein targeting to chloroplast / chloroplast outer membrane / glycolipid binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
STI1/HOP, DP domain / STI1/HOP, DP domain / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (many copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...STI1/HOP, DP domain / STI1/HOP, DP domain / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (many copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ankyrin repeat domain-containing protein 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pu, H. / Li, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation31300634 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: structure of AKR2A ankyrin repeat domain at 2.0 angstroms resolution
著者: Pu, H. / Li, H.
履歴
登録2015年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ankyrin repeat domain-containing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8151
ポリマ－17,8151
非ポリマー00
水61334
1
A: Ankyrin repeat domain-containing protein 2

A: Ankyrin repeat domain-containing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6302
ポリマ－35,6302
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x+1/2,y+1/2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.141, 39.193, 28.499
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.290, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ankyrin repeat domain-containing protein 2 / AtAKR2


分子量: 17814.779 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 211-342 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AKR2, AFT, At4g35450, F15J1.20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SAR5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.41 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.06 M Ammonium sulfate, 0.05 M Sodium acetate trihydrate, 33% Polyethylene glycol 4000, 10% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 9423 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.514 / % possible all: 97.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HQD

4hqd


解像度: 2→37.354 Å / FOM work R set: 0.7972 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2349 430 4.73 %
Rwork0.1872 8664 -
obs0.1895 9094 96.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 65.06 Å2 / Biso mean: 30.91 Å2 / Biso min: 16.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→37.354 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数889 0 0 34 923
Biso mean---35.53 -
残基数----123
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007904
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0631226
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065147
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006162
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.736322
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.28940.27311520.21272882X-RAY DIFFRACTION98
2.2894-2.88430.26711410.20672899X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.4142 Å / Origin y: -11.3217 Å / Origin z: 3.919 Å
111213212223313233
T0.2994 Å2-0.0125 Å20.0122 Å2-0.1245 Å20.0054 Å2--0.1466 Å2
L1.4565 °2-0.0565 °20.0669 °2-0.5988 °20.332 °2--0.8239 °2
S0.037 Å °-0.083 Å °0.063 Å °0.0056 Å °-0.0145 Å °0.0498 Å °0.0111 Å °-0.0932 Å °-0.0243 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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