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- PDB-5ehd: Crystal structure of human nucleophosmin-core in complex with cyt... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ehd | ||||||
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Title | Crystal structure of human nucleophosmin-core in complex with cytochrome c | ||||||
![]() | Nucleophosmin | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / nucleolus / histone assembly / citochrome c / apoptosis | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of mRNA stability involved in cellular response to UV / regulation of eIF2 alpha phosphorylation by dsRNA / regulation of endoribonuclease activity / negative regulation of centrosome duplication / positive regulation of cell cycle G2/M phase transition / regulation of endodeoxyribonuclease activity / regulation of centriole replication / granular component / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation / TFAP2A acts as a transcriptional repressor during retinoic acid induced cell differentiation ...regulation of mRNA stability involved in cellular response to UV / regulation of eIF2 alpha phosphorylation by dsRNA / regulation of endoribonuclease activity / negative regulation of centrosome duplication / positive regulation of cell cycle G2/M phase transition / regulation of endodeoxyribonuclease activity / regulation of centriole replication / granular component / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation / TFAP2A acts as a transcriptional repressor during retinoic acid induced cell differentiation / SARS-CoV-1-host interactions / regulation of centrosome duplication / Tat protein binding / spindle pole centrosome / ALK mutants bind TKIs / Nuclear import of Rev protein / centrosome cycle / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / nucleocytoplasmic transport / protein kinase inhibitor activity / ribosomal large subunit binding / macrophage differentiation / ribosomal small subunit binding / ribosomal large subunit export from nucleus / NF-kappaB binding / core promoter sequence-specific DNA binding / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / ribosomal small subunit export from nucleus / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / SUMOylation of transcription cofactors / ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of translation / intracellular protein transport / protein-DNA complex / PKR-mediated signaling / protein import into nucleus / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to UV / cellular senescence / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / unfolded protein binding / intracellular protein localization / nucleosome assembly / ribosomal small subunit biogenesis / DNA-binding transcription factor binding / molecular adaptor activity / histone binding / transcription coactivator activity / rRNA binding / chromatin remodeling / ribonucleoprotein complex / negative regulation of cell population proliferation / focal adhesion / DNA repair / positive regulation of cell population proliferation / centrosome / chromatin binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bernardo-Garcia, N. / Hermoso, J.A. / Gonzalez-Arzola, K. / Diaz-Moreno, I. / De la Rosa, M.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of human nucleophosmin-core in complex with cytochrome c Authors: Bernardo-Garcia, N. / Hermoso, J.A. / Gonzalez-Arzola, K. / Diaz-Moreno, I. / De la Rosa, M.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 839.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 708.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2p1bS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 12673.365 Da / Num. of mol.: 20 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 42.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 25% PEG 400, 0.1 M MES, 0.1 M MgCl2 / PH range: 7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 17, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.55→45.53 Å / Num. obs: 69833 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 9.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.55→2.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.048 / Num. unique all: 4237 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2P1B Resolution: 2.55→45.526 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.59 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.55→45.526 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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