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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2p1b | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human nucleophosmin-core | ||||||
要素 | Nucleophosmin | ||||||
キーワード | CHAPERONE / Decamer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of eIF2 alpha phosphorylation by dsRNA / regulation of mRNA stability involved in cellular response to UV / regulation of endoribonuclease activity / negative regulation of centrosome duplication / regulation of endodeoxyribonuclease activity / positive regulation of cell cycle G2/M phase transition / regulation of centriole replication / granular component / TFAP2A acts as a transcriptional repressor during retinoic acid induced cell differentiation / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation ...regulation of eIF2 alpha phosphorylation by dsRNA / regulation of mRNA stability involved in cellular response to UV / regulation of endoribonuclease activity / negative regulation of centrosome duplication / regulation of endodeoxyribonuclease activity / positive regulation of cell cycle G2/M phase transition / regulation of centriole replication / granular component / TFAP2A acts as a transcriptional repressor during retinoic acid induced cell differentiation / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation / SARS-CoV-1-host interactions / Tat protein binding / regulation of centrosome duplication / ALK mutants bind TKIs / spindle pole centrosome / Nuclear import of Rev protein / centrosome cycle / nucleocytoplasmic transport / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / protein kinase inhibitor activity / ribosomal large subunit binding / ribosomal small subunit binding / NF-kappaB binding / ribosomal large subunit export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / ribosomal subunit export from nucleus / core promoter sequence-specific DNA binding / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / ribosome assembly / SUMOylation of transcription cofactors / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of translation / protein-DNA complex / intracellular protein transport / PKR-mediated signaling / protein localization / cellular response to UV / : / cellular senescence / unfolded protein binding / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / nucleosome assembly / ribosomal small subunit biogenesis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / histone binding / DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / rRNA binding / chromatin remodeling / ribonucleoprotein complex / negative regulation of cell population proliferation / DNA repair / focal adhesion / centrosome / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, H.H. / Kim, H.S. / Kang, J.Y. / Lee, B.I. / Ha, J.Y. / Yoon, H.J. / Lim, S.O. / Jung, G. / Suh, S.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2007 タイトル: Crystal structure of human nucleophosmin-core reveals plasticity of the pentamer-pentamer interface 著者: Lee, H.H. / Kim, H.S. / Kang, J.Y. / Lee, B.I. / Ha, J.Y. / Yoon, H.J. / Lim, S.O. / Jung, G. / Suh, S.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2p1b.cif.gz | 198.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2p1b.ent.gz | 159.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2p1b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2p1b_validation.pdf.gz | 524 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2p1b_full_validation.pdf.gz | 580.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2p1b_validation.xml.gz | 42.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2p1b_validation.cif.gz | 56.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/2p1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/2p1b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1xe0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13544.327 Da / 分子数: 10 / 断片: N-TERMINAL CORE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET-21A(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06748 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.7 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 50MM AMMONIUM SULFATE, 50MM BIS-TRIS PH 6.5, 30%(W/V) PENTAERYTHRITOL ETHOXYLATE (15/4 EO/OH), pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月23日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→20 Å / Num. obs: 31402 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.85 Å / % possible all: 82.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1XE0 解像度: 2.75→19.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 108133.31 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.91 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→19.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.75→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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