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万見
- PDB-5efx: Crystal structure of Rho GTPase regulator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5efx
タイトルCrystal structure of Rho GTPase regulator
要素Rho guanine nucleotide exchange factor 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Rho GTPase / activity
機能・相同性
機能・相同性情報


asymmetric neuroblast division / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / cellular response to muramyl dipeptide / positive regulation of neuron migration / negative regulation of microtubule depolymerization / regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of necroptotic process / cellular hyperosmotic response / regulation of small GTPase mediated signal transduction / NRAGE signals death through JNK ...asymmetric neuroblast division / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / cellular response to muramyl dipeptide / positive regulation of neuron migration / negative regulation of microtubule depolymerization / regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of necroptotic process / cellular hyperosmotic response / regulation of small GTPase mediated signal transduction / NRAGE signals death through JNK / RHOB GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / bicellular tight junction / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of neuron differentiation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / actin filament organization / intracellular protein transport / cell morphogenesis / ruffle membrane / small GTPase binding / spindle / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of tumor necrosis factor production / G alpha (12/13) signalling events / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of cell population proliferation / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / vesicle / microtubule / cytoskeleton / innate immune response / focal adhesion / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ARHGEF2, PH domain / : / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. ...ARHGEF2, PH domain / : / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / C1-like domain superfamily / PH-domain like / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho guanine nucleotide exchange factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.451 Å
データ登録者Jiang, Y. / Ouyang, S. / Liu, Z.J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of hGEF-H1 PH domain provides insight into incapability in phosphoinositide binding
著者: Jiang, Y. / Jiang, H. / Zhou, S. / Meng, B. / Liu, Z.J. / Ouyang, S.
履歴
登録2015年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho guanine nucleotide exchange factor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6041
ポリマ－16,6041
非ポリマー00
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7760 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)37.948, 81.825, 119.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-630-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Rho guanine nucleotide exchange factor 2 / Guanine nucleotide exchange factor H1 / GEF-H1 / Microtubule-regulated Rho-GEF / Proliferating cell ...Guanine nucleotide exchange factor H1 / GEF-H1 / Microtubule-regulated Rho-GEF / Proliferating cell nucleolar antigen p40


分子量: 16604.268 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 439-582 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARHGEF2, KIAA0651, LFP40
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q92974
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.07 % / 解説: cubic crystals, very beautiful
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 0.2M Sodium Nitrate, 20% PEG 3350, PH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 7006 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 47.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 60.5
反射 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 8.29 / % possible all: 77.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000data processing
Cootモデル構築
PHASER位相決定
Coot精密化
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D0N

4d0n


解像度: 2.451→36.177 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 330 4.71 %Random selection
Rwork0.2172 ---
obs0.2188 7003 97.03 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.451→36.177 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1165 0 0 30 1195
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091189
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2131609
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.03463
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078181
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005208
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4505-3.08720.30791800.26613165X-RAY DIFFRACTION94
3.0872-36.18120.23151500.20353508X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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