PDB-5efv: The host-recognition device of Staphylococcus aureus phage Phi11

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5efv

タイトル

The host-recognition device of Staphylococcus aureus phage Phi11

要素

Phi ETA orf 56-like protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / phage adsorption / WTA interaction / caudovirales / Staphylococcus aureus

機能・相同性

: / Phi ETA orf 56-like protein

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus phage phi11 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Koc, C. / Kuhner, P. / Xia, G. / Spinelli, S. / Roussel, A. / Cambillau, C. / Stehle, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structure of the host-recognition device of Staphylococcus aureus phage 11.
著者: Koc, C. / Xia, G. / Kuhner, P. / Spinelli, S. / Roussel, A. / Cambillau, C. / Stehle, T.

履歴

登録	2015年10月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月22日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5efv.cif.gz	795 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5efv.ent.gz	657.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5efv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5efv_validation.pdf.gz	449.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5efv_full_validation.pdf.gz	467.4 KB	表示
XML形式データ	5efv_validation.xml.gz	79.7 KB	表示
CIF形式データ	5efv_validation.cif.gz	118.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/5efv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/5efv	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5es4-1 5v3b-d 4neh-d 1de4-2 3kfd-d 2a73-d 3k71-4 4lk6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phi ETA orf 56-like protein

B: Phi ETA orf 56-like protein

C: Phi ETA orf 56-like protein

ヘテロ分子

226 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.060, 89.010, 93.260
Angle α, β, γ (deg.)	93.02, 105.25, 117.58
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Phi ETA orf 56-like protein / Minor structural protein 分子量: 75179.109 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: homotrimer in asu 由来: (組換発現) Staphylococcus phage phi11 (ファージ) プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8SDT4
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG, sugar-mix, Tris / PH範囲: 8.2 - 8.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→44.4 Å / Num. obs: 116564 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 43.3 Å² / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 2.2→2.2787 Å / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.2→44.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9446 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9289 / SU R Cruickshank DPI: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.226 / SU R_free Blow DPI: 0.176 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.177

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2106	5827	5 %	RANDOM
R_work	0.1731	-	-	-
obs	0.1749	116564	97.94 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.64 Å²	1.1905 Å²	10.1231 Å²
2-	-	7.2343 Å²	0.9336 Å²
3-	-	-	-0.5943 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.272 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→44.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15324	0	1447	1446	18217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	15710	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.12	21304	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		5383	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		457	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		2277	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		15710	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.61
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.27
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1981	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		18242	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2508	425	5 %
R_work	0.2167	8072	-
all	0.2185	8497	-
obs	-	-	97.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3292	-0.1328	-0.0294	-0.2179	-0.2263	-0.1114	0.0001	-0.0006	-0.0123	0.0067	0.0021	-0.015	0.0072	0.0014	-0.0023	0.0158	-0.0207	0.0223	0.0067	-0.0229	-0.0055	9.4561	-29.0231	39.7181
2	0.0787	-0.0312	0.0113	-0.0449	-0.1033	0.0257	0.0006	0.0084	-0.0009	-0.0081	-0.0025	-0.0013	0.0007	0.0019	0.0019	0.0415	-0.0711	0.0331	-0.0408	-0.0311	-0.0208	-1.001	-28.0266	31.5098
3	1.8132	0.1441	2.2035	0.1317	0.07	1.645	0.0104	-0.0038	0.0117	0.003	0.0187	-0.0446	-0.0236	-0.0479	-0.0291	-0.0919	-0.0271	0.0274	-0.0162	-0.0098	0.0746	17.2562	-3.9184	55.6418
4	0.7942	0.1734	0.6	2.9487	1.1106	2.1654	-0.0261	0.0212	-0.0248	0.0915	0.038	0.0086	-0.0718	-0.0467	-0.0119	0.0216	0.003	-0.0433	-0.0797	-0.0003	0.0081	33.1155	13.0556	58.7809
5	0.2572	-0.0661	0.7201	0.6725	-1.401	0.1486	0.0073	0.0415	0.0014	-0.0173	0.024	-0.1019	-0.0423	0.0378	-0.0313	0.0136	-0.0642	-0.0305	-0.0399	-0.0236	0.0168	42.2623	31.7747	49.1375
6	-0.3914	-0.6019	1.3379	1.6623	-0.3361	1.0602	0.037	0.061	-0.0022	-0.0586	-0.0785	-0.0179	-0.039	-0.031	0.0416	0.0564	-0.0169	-0.0303	-0.0419	-0.0418	-0.0157	27.2834	27.0134	39.2055
7	-0.6667	0.622	0.9364	0.9073	0.7033	0.7548	-0.0125	-0.0486	0.0444	0.0539	0.0306	0.0057	-0.0018	0.0122	-0.0181	0.1183	-0.0137	-0.1107	-0.0193	-0.076	-0.0703	4.2543	17.2943	19.745
8	1.4763	2.5907	-1.8647	3.9157	-0.4675	-0.0096	0.095	-0.1864	-0.075	0.1771	-0.1161	-0.0069	0.1555	-0.2104	0.021	0.0181	-0.1184	-0.1086	0.1301	0.1215	-0.1892	-18.6763	-1.9679	9.0698
9	1.282	0.417	-0.7858	0.3579	-2.753	0.3451	0.0035	-0.0536	-0.0174	0.0903	-0.0676	0.0357	-0.0201	-0.0432	0.0641	0.1269	-0.2254	0.0032	0.0944	0.1638	-0.2476	-23.5029	-8.4016	20.2214
10	-0.6778	1.2883	-1.6048	1.4848	0.1492	0.7305	-0.0075	-0.0152	-0.0013	0.0118	0.008	0.0301	-0.0065	-0.0121	-0.0005	0.0628	-0.1589	0.1049	0.085	0.0926	-0.1172	-28.4382	-4.1971	27.1896
11	2.1604	-2.2542	0.1018	-3.2179	1.3066	3.307	0.0089	-0.0496	0.0464	0.0564	-0.0252	0.0671	-0.0389	0	0.0163	0.0734	-0.1107	0.0882	0.2268	-0.0768	-0.2981	-21.9648	5.9285	30.6185
12	0.1854	-0.0497	-0.1808	-0.0818	0.1407	0.0344	0.003	0.0005	0.0061	-0.0053	-0.0014	0.008	-0.0056	-0.0066	-0.0016	-0.0019	-0.0154	0.0504	0.0377	-0.0451	-0.0269	-25.1696	16.7752	28.222
13	0.1675	0.0485	-0.3176	-0.0295	0.1172	-0.0765	-0.0022	0.0053	0.0047	-0.0021	0.0007	0.0041	-0.007	-0.0027	0.0015	-0.0689	0.0193	0.0681	0.077	-0.048	-0.0025	-26.1973	18.0293	16.127
14	1.6643	0.0882	-2.5069	0.7451	1.4994	0.4183	0.0352	-0.113	0.1026	0.0305	-0.0502	0.0546	-0.0129	-0.0223	0.0151	0.0882	0.0059	0.025	0.1183	-0.1428	-0.2666	-16.8931	17.9881	18.8271
15	-0.0704	0.0447	0.0513	0.0956	0.03	0.1234	-0.0032	0.0018	0.0054	-0.0056	0.0007	0.0029	-0.0012	-0.0036	0.0025	0.0052	-0.0034	0.008	0.019	0.0157	0.0251	-14.0348	18.1094	-0.6201
16	2.1025	0.4462	-1.0942	2.8538	2.098	0.7734	0.0773	-0.1162	0.0094	0.109	-0.0791	-0.0552	-0.0638	-0.0697	0.0018	0.0672	-0.0271	-0.0789	-0.0126	0.04	-0.1839	-8.1748	6.8607	9.2379
17	1.7759	0.0503	-0.0153	-0.2498	-1.3785	-0.54	-0.0511	-0.0348	-0.0169	0.0415	0.0369	0.0401	0.0433	0.0553	0.0143	0.0751	-0.0645	-0.1431	-0.0514	0.0344	0.0108	-4.2827	-15.0065	-8.745
18	1.8916	0.0876	0.1376	1.9388	0.8471	2.4909	0.0861	-0.176	-0.34	0.1328	0.0234	-0.0708	0.1982	-0.0291	-0.1094	-0.02	-0.0423	-0.064	-0.1331	0.0658	0.0198	-14.6389	-17.1412	-17.5523
19	-0.089	-0.0319	1.1658	1.1443	-0.014	1.2752	-0.0169	0.0022	-0.0776	-0.0056	0.0054	0.022	0.0652	0.0437	0.0115	-0.0001	-0.0134	-0.0553	-0.1075	-0.0219	0.0979	-20.3786	-27.9276	-32.5319
20	1.0987	-0.6551	1.4041	2.6938	0.456	1.8031	0.0316	0.0681	-0.333	-0.157	0.0068	0.1735	0.2467	0.026	-0.0384	0.0792	-0.0028	-0.1463	-0.1688	-0.084	-0.0175	-25.7123	-26.6653	-43.4026
21	1.7421	0.1133	-0.5373	1.4856	-0.0814	0.5201	-0.0432	-0.0312	-0.0014	0.0393	0.0306	0.0966	0.0821	-0.1275	0.0127	-0.1664	-0.0582	-0.0544	-0.0955	0.0493	0.2466	-10.056	-22.7967	45.1225
22	0.5069	0.4715	-0.0437	0.4434	-0.1727	-0.2096	0.0294	-0.0418	0.0378	-0.0158	-0.0129	0.0207	-0.01	-0.0022	-0.0166	-0.0946	0.0014	-0.0312	-0.0733	0.0016	0.1704	5.1065	-1.2971	52.3567
23	-0.2744	-0.6764	0.9996	0.4789	-0.5956	2.1134	-0.0051	-0.0189	-0.0521	0.0449	-0.0736	0.0006	0.0338	-0.08	0.0787	-0.0483	-0.0137	-0.0043	-0.0548	-0.0148	0.0495	26.9181	-0.663	61.8207
24	0.98	0.2091	0.3161	1.5188	1.2638	2.2993	-0.0394	-0.0154	-0.0377	0.1578	0.0151	-0.0888	-0.0299	-0.0558	0.0243	0.0233	-0.0141	-0.0596	-0.0477	-0.0519	0.0343	39.97	18.0694	61.358
25	0.5756	-1.6842	0.5724	1.2888	0.8849	0.954	0.0406	0.0162	-0.0033	-0.1199	-0.0233	0.0404	-0.0088	0.0658	-0.0174	0.0391	-0.0277	-0.0126	-0.0307	-0.0286	-0.0251	34.1994	18.418	38.3353
26	-0.2629	-0.2093	0.7872	0.0559	-0.0776	0.7887	-0.0054	-0.0531	-0.0196	0.0858	0.0055	-0.0079	0.0128	0.0142	-0.0001	0.1308	0.0251	-0.1408	-0.0583	-0.0302	-0.0362	20.9941	15.8276	10.2153
27	1.5555	-0.0641	1.1066	2.8042	0.7022	2.48	0.0242	0.0863	-0.0624	0.0702	0.0682	0.0187	-0.0564	-0.0607	-0.0924	-0.0022	0.0237	-0.0045	-0.0812	-0.006	0.0015	3.6744	20.0781	-11.9495
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|-1 - A\|5}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|6 - A\|9}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|40 - A\|58}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|59 - A\|88}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|89 - A\|108}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|109 - A\|129}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|130 - A\|151}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|152 - A\|215}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|216 - A\|248}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{A\|249 - A\|269}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{A\|270 - A\|314}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{A\|315 - A\|320}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{A\|321 - A\|330}
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{A\|331 - A\|371}
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{A\|372 - A\|384}
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{A\|385 - A\|437}
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{A\|438 - A\|455}
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{A\|456 - A\|544}
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{A\|545 - A\|565}
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{A\|566 - A\|636}
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{B\|2 - B\|35}
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{B\|36 - B\|47}
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{B\|48 - B\|76}
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{B\|77 - B\|108}
25	X-RAY DIFFRACTION	25	{B\|109 - B\|129}
26	X-RAY DIFFRACTION	26	{B\|130 - B\|150}
27	X-RAY DIFFRACTION	27	{B\|151 - B\|182}
28	X-RAY DIFFRACTION	28	{B\|183 - B\|242}
29	X-RAY DIFFRACTION	29	{B\|243 - B\|252}
30	X-RAY DIFFRACTION	30	{B\|253 - B\|325}
31	X-RAY DIFFRACTION	31	{B\|326 - B\|330}
32	X-RAY DIFFRACTION	32	{B\|331 - B\|372}
33	X-RAY DIFFRACTION	33	{B\|373 - B\|388}
34	X-RAY DIFFRACTION	34	{B\|389 - B\|448}
35	X-RAY DIFFRACTION	35	{B\|449 - B\|456}
36	X-RAY DIFFRACTION	36	{B\|457 - B\|515}
37	X-RAY DIFFRACTION	37	{B\|516 - B\|544}
38	X-RAY DIFFRACTION	38	{B\|545 - B\|559}
39	X-RAY DIFFRACTION	39	{B\|560 - B\|578}
40	X-RAY DIFFRACTION	40	{B\|579 - B\|636}
41	X-RAY DIFFRACTION	41	{C\|3 - C\|22}
42	X-RAY DIFFRACTION	42	{C\|23 - C\|56}
43	X-RAY DIFFRACTION	43	{C\|57 - C\|104}
44	X-RAY DIFFRACTION	44	{C\|105 - C\|129}
45	X-RAY DIFFRACTION	45	{C\|130 - C\|148}
46	X-RAY DIFFRACTION	46	{C\|149 - C\|176}
47	X-RAY DIFFRACTION	47	{C\|177 - C\|187}
48	X-RAY DIFFRACTION	48	{C\|188 - C\|245}
49	X-RAY DIFFRACTION	49	{C\|246 - C\|256}
50	X-RAY DIFFRACTION	50	{C\|257 - C\|328}
51	X-RAY DIFFRACTION	51	{C\|329 - C\|372}
52	X-RAY DIFFRACTION	52	{C\|373 - C\|384}
53	X-RAY DIFFRACTION	53	{C\|385 - C\|407}
54	X-RAY DIFFRACTION	54	{C\|408 - C\|416}
55	X-RAY DIFFRACTION	55	{C\|417 - C\|437}
56	X-RAY DIFFRACTION	56	{C\|438 - C\|473}
57	X-RAY DIFFRACTION	57	{C\|474 - C\|541}
58	X-RAY DIFFRACTION	58	{C\|542 - C\|560}
59	X-RAY DIFFRACTION	59	{C\|561 - C\|594}
60	X-RAY DIFFRACTION	60	{C\|595 - C\|636}

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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