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- PDB-5eea: Structure of HOXB13-DNA(CAA) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eea
タイトルStructure of HOXB13-DNA(CAA) complex
要素
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
  • Homeobox protein Hox-B13
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / DNA / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell maturation involved in prostate gland development / methyl-CpG binding / regulation of growth / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / response to testosterone / epidermis development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / response to wounding / sequence-specific double-stranded DNA binding / angiogenesis ...epithelial cell maturation involved in prostate gland development / methyl-CpG binding / regulation of growth / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / response to testosterone / epidermis development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / response to wounding / sequence-specific double-stranded DNA binding / angiogenesis / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Homeobox protein Hox1A3 N-terminal / : / Hox protein A13 N terminal / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like ...Homeobox protein Hox1A3 N-terminal / : / Hox protein A13 N terminal / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Homeobox protein Hox-B13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.195 Å
データ登録者Morgunova, E. / Yin, Y. / Jolma, A. / Popov, A. / Taipale, J.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Two distinct DNA sequences recognized by transcription factors represent enthalpy and entropy optima.
著者: Morgunova, E. / Yin, Y. / Das, P.K. / Jolma, A. / Zhu, F. / Popov, A. / Xu, Y. / Nilsson, L. / Taipale, J.
履歴
登録2015年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月30日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
I: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
K: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
L: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
B: Homeobox protein Hox-B13
A: Homeobox protein Hox-B13
G: Homeobox protein Hox-B13
J: Homeobox protein Hox-B13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,68112
ポリマ－74,68112
非ポリマー00
水9,332518
1
D: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
B: Homeobox protein Hox-B13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6703
ポリマ－18,6703
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area9970 Å2
手法PISA
2
C: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
A: Homeobox protein Hox-B13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6703
ポリマ－18,6703
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area9980 Å2
手法PISA
3
H: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
I: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
G: Homeobox protein Hox-B13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6703
ポリマ－18,6703
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area9970 Å2
手法PISA
4
K: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
L: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
J: Homeobox protein Hox-B13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6703
ポリマ－18,6703
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area10010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.356, 57.918, 101.278
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.57, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*C)-3')


分子量: 5534.570 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量: 5495.624 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質
Homeobox protein Hox-B13


分子量: 7640.061 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HOXB13 / プラスミド: pETG20A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q92826
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 518 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 5000, potassium chloride, magnesium chloride, PEG 400
PH範囲: 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月6日
放射モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→46.02 Å / Num. obs: 44173 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.19→2.31 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 1.135 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5edn

5edn


解像度: 2.195→45.945 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 37.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2965 2458 2.88 %random
Rwork0.2508 ---
obs0.2521 85430 96.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.195→45.945 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2103 2949 0 518 5570
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115451
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2647925
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.4662320
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076879
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007496
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.195-2.23720.3641870.39433770X-RAY DIFFRACTION78
2.2372-2.28290.35541600.34874666X-RAY DIFFRACTION99
2.2829-2.33250.46821440.34444572X-RAY DIFFRACTION97
2.3325-2.38670.3161250.31184664X-RAY DIFFRACTION98
2.3867-2.44640.35171320.30244629X-RAY DIFFRACTION98
2.4464-2.51260.38861540.29714653X-RAY DIFFRACTION97
2.5126-2.58650.33661300.29334710X-RAY DIFFRACTION99
2.5865-2.670.3021350.27884673X-RAY DIFFRACTION98
2.67-2.76540.38211360.30084658X-RAY DIFFRACTION98
2.7654-2.87610.42581410.30014679X-RAY DIFFRACTION99
2.8761-3.0070.37711400.27224688X-RAY DIFFRACTION98
3.007-3.16550.32561680.26254610X-RAY DIFFRACTION98
3.1655-3.36370.27581400.2334562X-RAY DIFFRACTION96
3.3637-3.62340.27131260.214635X-RAY DIFFRACTION97
3.6234-3.98780.25681350.22174698X-RAY DIFFRACTION99
3.9878-4.56440.24351290.21964731X-RAY DIFFRACTION99
4.5644-5.74890.22151390.20724743X-RAY DIFFRACTION100
5.7489-45.95510.24761370.20954631X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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