PDB-5edl: Crystal structure of an S-component of ECF transporter

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5edl

タイトル

Crystal structure of an S-component of ECF transporter

要素

Putative HMP/thiamine permease protein YkoE

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / membrane transport protein

機能・相同性

ABC-type thiamin-related transport system, permease component 1, predicted / ABC-type cobalt transport system, permease component / plasma membrane / Chem-MPG / Chem-VIB / Putative HMP/thiamine permease protein YkoE

機能・相同性情報

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Josts, I. / Tidow, H.

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of a Group I Energy Coupling Factor Vitamin Transporter S Component in Complex with Its Cognate Substrate.
著者: Josts, I. / Almeida Hernandez, Y. / Andreeva, A. / Tidow, H.

履歴

登録	2015年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年5月8日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_site.occupancy / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._atom_site.occupancy / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5edl.cif.gz	92.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5edl.ent.gz	70.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5edl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5edl_validation.pdf.gz	980.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5edl_full_validation.pdf.gz	974.1 KB	表示
XML形式データ	5edl_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	5edl_validation.cif.gz	14.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/5edl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/5edl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3vne-d 4i7d-1 5jsf-d 5js6-d 2e2c-d 6emm-d 5hyb-2 4enn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative HMP/thiamine permease protein YkoE

ヘテロ分子

22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.713, 70.713, 196.839
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-365- HOH
2	1	A-373- HOH

#1: タンパク質	Putative HMP/thiamine permease protein YkoE 分子量: 20981.166 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 3-199 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: ykoE, BSU13230 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O34738
#2: 化合物	ChemComp-VIB / 3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-METHYL-THIAZOL-3-IUM / THIAMIN / VITAMIN B1 / 3-(2-メチル-4-アミノピリミジン-5-イルメチル)-4-メチル-5-(2-ヒドロキシエチル)チアゾ-ル-3-イウム分子量: 265.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₇N₄OS / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MPG / [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate 分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.05 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 脂質キュービック相法詳細: PEG1000, disodium hydrogen phosphate, citric acid, lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→49.21 Å / Num. obs: 18753 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.791 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→44.579 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2175	962	5.13 %
R_work	0.1954	17785	-
obs	0.1965	18747	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.58 Å² / B_iso mean: 33.5986 Å² / B_iso min: 17.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→44.579 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1476	0	91	74	1641
B_iso mean	-	-	56.91	41.4	-
残基数	-	-	-	-	197

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1564
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.916	2109
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	247
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	249
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.674	558

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.9503-2.0531	0.3454	140	0.266	2492	2632
2.0531-2.1818	0.2458	129	0.2135	2481	2610
2.1818-2.3502	0.1948	140	0.1836	2499	2639
2.3502-2.5867	0.2058	140	0.1607	2499	2639
2.5867-2.9609	0.1912	127	0.1611	2543	2670
2.9609-3.7302	0.2049	143	0.1873	2565	2708
3.7302-44.5903	0.2174	143	0.2093	2706	2849

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6586	0.6479	-3.8814	1.7114	-1.691	7.5678	0.1771	0.1366	0.4677	0.0658	0.0127	-0.0068	-0.463	-0.3914	-0.3553	0.2619	0.0482	-0.0328	0.2766	-0.0295	0.3251	4.2385	24.5428	66.5156
2	4.5956	-1.0219	-3.8473	1.2319	1.4258	3.5291	-0.008	0.2066	0.131	-0.134	-0.0332	-0.1016	0.0619	-0.2305	-0.062	0.2726	-0.0085	-0.0074	0.2603	0.0113	0.2699	12.2588	21.0423	67.4979
3	2.8769	-0.5511	1.0727	3.1034	-0.9417	2.3797	0.1524	0.1988	-0.019	-0.2279	-0.0648	0.0832	0.2805	-0.2133	-0.0523	0.2336	-0.0046	0.0332	0.2943	-0.0321	0.2576	3.2915	15.677	67.3299
4	4.3371	4.2621	2.9945	4.5908	4.119	7.1247	-0.0101	-0.6111	0.2745	0.3556	-0.0006	-0.1947	0.3872	0.5149	0.1388	0.3244	0.0642	-0.0063	0.2623	-0.0156	0.245	9.7529	12.0681	84.9152
5	1.2286	-0.7456	-1.2733	2.721	1.1815	3.6632	0.0076	0.0206	0.061	-0.0948	-0.0752	-0.1003	-0.0698	0.1955	0.0583	0.2454	0.0086	-0.0182	0.2779	0.0084	0.2979	16.7129	16.7251	67.0187
6	6.305	4.0979	-5.1271	4.5232	-5.8047	8.447	0.4219	-0.6234	0.6025	1.402	-0.1885	1.6938	-0.8997	-0.649	-0.0619	0.5979	0.118	0.041	0.4295	-0.0856	0.4951	0.6073	28.9289	85.4921
7	5.3193	3.586	3.7562	2.4752	2.653	2.8797	0.3931	-0.6048	-0.425	1.3567	-0.0662	-0.3359	0.9322	-0.178	-0.4744	0.6596	0.0368	-0.0224	0.5212	-0.0805	0.4232	10.019	30.4146	96.7622

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 37 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 38 through 60 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 61 through 105 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 106 through 112 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 113 through 174 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 175 through 180 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 181 through 199 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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