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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5edj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Neisseria meningitidis iron-regulated outer membrane lipoprotein FrpD | ||||||
![]() | FrpC operon protein | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / Iron-regulated protein FrpD / FrpC-binding protein / novel fold / membrane protein | ||||||
機能・相同性 | RTX iron-regulated FrpC / RTX iron-regulated protein FrpC / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / RTX iron-regulated protein (frpC) / FrpC operon protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sviridova, E. / Bumba, L. / Rezacova, P. / Sebo, P. / Kuta Smatanova, I. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of the interaction between the putative adhesion-involved and iron-regulated FrpD and FrpC proteins of Neisseria meningitidis. 著者: Sviridova, E. / Rezacova, P. / Bondar, A. / Veverka, V. / Novak, P. / Schenk, G. / Svergun, D.I. / Kuta Smatanova, I. / Bumba, L. #1: ジャーナル: Acta Crystallographica Section F / 年: 2010 タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic characterization of the iron-regulated outer membrane lipoprotein FrpD from Neisseria meningitidis 著者: Sviridova, E. / Bumba, L. / Rezacova, P. / Prochazkova, K. / Kavan, D. / Bezoushka, K. / Kuty, M. / Sebo, P. / Kuta Smatanova, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 87.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27027.986 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 43-271 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Fragment FrpD43-271, where: 1. the sequence position present in the structure is 44-267; 2. LE sequence at the C-terminus is a cloning artifact 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: LA50_03295 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 2 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 13418 / Num. obs: 13324 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 33.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 22.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.9 % / % possible all: 95.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5EDF 解像度: 2.3→30.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 15.477 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.071 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.3→30.65 Å
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拘束条件 |
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