PDB-5edj: Crystal structure of the Neisseria meningitidis iron-regulated ou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5edj

タイトル

Crystal structure of the Neisseria meningitidis iron-regulated outer membrane lipoprotein FrpD

要素

FrpC operon protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Iron-regulated protein FrpD / FrpC-binding protein / novel fold / membrane protein

機能・相同性

RTX iron-regulated FrpC / RTX iron-regulated protein FrpC / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / RTX iron-regulated protein (frpC) / FrpC operon protein

機能・相同性情報

生物種

Neisseria meningitidis MC58 (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Sviridova, E. / Bumba, L. / Rezacova, P. / Sebo, P. / Kuta Smatanova, I.

資金援助

チェコ, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural basis of the interaction between the putative adhesion-involved and iron-regulated FrpD and FrpC proteins of Neisseria meningitidis.
著者: Sviridova, E. / Rezacova, P. / Bondar, A. / Veverka, V. / Novak, P. / Schenk, G. / Svergun, D.I. / Kuta Smatanova, I. / Bumba, L.

履歴

登録	2015年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5edj.cif.gz	113.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5edj.ent.gz	87.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5edj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5edj_validation.pdf.gz	420.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5edj_full_validation.pdf.gz	422.3 KB	表示
XML形式データ	5edj_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	5edj_validation.cif.gz	15.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/5edj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/5edj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5edfSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zk7-2 4xz6-1 1esz-d 1ik6-d 524 1n2z-1 5z2j-d 5jzn-2 4h0f-1 5uy0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: FrpC operon protein

27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.390, 115.390, 38.812
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

#1: タンパク質	FrpC operon protein / RTX iron-regulated protein (frpC) / Iron-regulated protein FrpD 分子量: 27027.986 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 43-271 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Fragment FrpD43-271, where: 1. the sequence position present in the structure is 44-267; 2. LE sequence at the C-terminus is a cloning artifact 由来: (組換発現) Neisseria meningitidis MC58 (髄膜炎菌) 遺伝子: LA50_03295 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08840, UniProt: Q9K129*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 13418 / Num. obs: 13324 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 33.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 22.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.9 % / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5EDF

5edf

解像度: 2.3→30.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 15.477 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24931	668	5 %	RANDOM
R_work	0.18287	-	-	-
obs	0.18619	12627	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.071 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.13 Å²	-0.07 Å²	0 Å²
2-	-	-0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→30.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1849	0	0	130	1979

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1899
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.267	1.934	2579
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.553	5	223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.267	25	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.512	15	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.814	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1497
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.833	6	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.28	10	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.605	6	781
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.358	12	757
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	39	-
R_work	0.241	855	-
obs	-	-	94.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1116	0.7005	0.4385	3.4903	0.8416	2.6187	0.0241	-0.0637	0.1457	0.1312	-0.023	-0.1687	-0.0693	0.0707	-0.0011	0.19	0.0284	0.0085	0.1572	0.0357	0.1491	-25.626	42.027	1.616
2	1.5426	0.2248	-1.2619	4.009	1.0403	3.3353	-0.0315	-0.046	-0.0599	0.343	-0.0977	0.1966	0.0865	-0.1919	0.1292	0.2375	-0.0014	0.0049	0.1724	0.038	0.1196	-29.708	29.95	3.121
3	3.2455	0.8327	-1.8749	7.1169	1.0123	6.0037	-0.1834	-0.165	-0.2355	-0.5889	0.3065	-0.2869	0.2014	0.4422	-0.1231	0.223	-0.0902	-0.0066	0.1874	-0.0267	0.1329	-31.527	6.201	-13.464
4	2.9645	-0.356	0.9184	4.2939	-0.9034	6.9585	0.1835	0.0513	-0.1076	-0.0721	-0.1693	0.2143	0.5856	0.2266	-0.0142	0.2302	-0.0598	0.0271	0.1332	0.0207	0.1557	-30.887	5.513	-5.594
5	0.5747	-1.7774	1.6548	10.3074	-10.4131	10.796	-0.1534	-0.0126	-0.0027	0.2636	-0.2966	-0.3869	-0.0937	0.1156	0.45	0.399	-0.1099	0.021	0.2603	0.0365	0.2258	-28.291	8.124	3.862
6	1.4133	1.7388	0.8398	6.2621	0.1839	1.0971	-0.0075	0.1287	0.0605	0.2058	0.023	0.3951	-0.0264	-0.178	-0.0156	0.2237	-0.0276	0.051	0.2105	0.0079	0.1279	-32.746	22.734	-3.684

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	44 - 94
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	95 - 153
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	154 - 173
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	174 - 200
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	201 - 220
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	221 - 267

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