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万見
- PDB-5ed8: Crystal structure of CC2-SUN of mouse SUN2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ed8
タイトルCrystal structure of CC2-SUN of mouse SUN2
要素MKIAA0668 protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SUN domain / nuclear membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


: / nuclear migration along microfilament / nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / nuclear envelope organization / lamin binding / nuclear inner membrane / centrosome localization ...: / nuclear migration along microfilament / nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / nuclear envelope organization / lamin binding / nuclear inner membrane / centrosome localization / protein-membrane adaptor activity / meiotic cell cycle / condensed nuclear chromosome / nuclear envelope / nuclear membrane / chromosome, telomeric region / endosome membrane / positive regulation of cell migration / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
SUN domain-containing protein 2 / SUN domain-containing protein 1-5 / SUN coiled coil domain 2 / SUN2 helix-turn-helix domain / SUN domain profile. / SUN domain / Sad1 / UNC-like C-terminal / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MKIAA0668 protein / SUN domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Nie, S. / Ke, H.M. / Gao, F. / Ren, J.Q. / Wang, M.Z. / Huo, L. / Gong, W.M. / Feng, W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Coiled-Coil Domains of SUN Proteins as Intrinsic Dynamic Regulators
著者: Nie, S. / Ke, H. / Gao, F. / Ren, J. / Wang, M. / Huo, L. / Gong, W. / Feng, W.
履歴
登録2015年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月20日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MKIAA0668 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0752
ポリマ－30,0511
非ポリマー241
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12800 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)63.374, 63.374, 192.786
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 MKIAA0668 protein


分子量: 30050.902 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 433-694 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: mKIAA0668 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6A022, UniProt: Q8BJS4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.13 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 1.4M Na2HPO4/ KH2PO4 / PH範囲: 6.4-7.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 14373 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4 % / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ収集
SHELXCD位相決定
PHASER位相決定
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→32.94 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2545 670 4.92 %
Rwork0.2136 12940 -
obs0.2157 13610 94.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 164.72 Å2 / Biso min: 37.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→32.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1870 0 1 76 1947
Biso mean--42.95 71.24 -
残基数----245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031931
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7292628
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003345
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.632692
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5002-2.69320.35361320.2988226486
2.6932-2.9640.34471500.2686249794
2.964-3.39250.24121300.2177261297
3.3925-4.27280.2191240.1954270498
4.27280.24291340.2032286398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.91392.29163.05224.249-1.10643.7478-0.36490.408-0.5173-0.25210.31691.27421.1361-1.25080.05960.6354-0.13680.01061.2346-0.31980.9949Chain A group 148.046425.029588.0383
24.36770.4177-3.99891.3592-0.18778.13160.38690.246-0.775-0.6031-0.19920.49670.3414-0.0069-0.14420.3677-0.0569-0.03590.5958-0.19560.5326Chain A group 249.177422.926875.0975
36.16860.3028-0.40096.02530.00297.21440.1567-0.0271-0.2379-0.01250.01360.15050.1903-0.0663-0.15520.2283-0.0246-0.0470.4075-0.05120.3166Chain A group 353.774118.165859.0268
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 454 through 499 )A
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 500 through 574 )A
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 575 through 698 )A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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