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万見
- PDB-5ed7: Crystal Structure of HSV-1 UL21 C-terminal Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ed7
タイトルCrystal Structure of HSV-1 UL21 C-terminal Domain
要素Tegument protein UL21
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性Herpesvirus UL21 / Herpesvirus UL21 / viral tegument / host cell cytoplasm / host cell nucleus / Tegument protein UL21
機能・相同性情報
生物種Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Metrick, C.M. / Heldwein, E.E.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F31 GM115121 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103403 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10 RR029205 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2016
タイトル: Novel Structure and Unexpected RNA-Binding Ability of the C-Terminal Domain of Herpes Simplex Virus 1 Tegument Protein UL21.
著者: Metrick, C.M. / Heldwein, E.E.
履歴
登録2015年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tegument protein UL21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5697
ポリマ－27,3561
非ポリマー2136
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.273, 54.273, 180.757
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Tegument protein UL21


分子量: 27356.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (strain 17) (ヘルペスウイルス)
株: 17 / 遺伝子: UL21 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta BL21(DE3) / 参照: UniProt: P10205
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, sodium citrate, NDSB 256, sodium fluoride / PH範囲: 3.5-4.0 / Temp details: ambient

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 50.6 % / 数: 371602 / Rsym value: 0.181 / D res high: 2.876 Å / D res low: 185.082 Å / Num. obs: 7347 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
9.1185.0810.0680.06838
6.449.110.0690.06946.7
5.256.4410.1170.11753.2
4.555.2510.1510.15149.9
4.074.5510.1990.19954.3
3.724.0710.3510.35152.6
3.443.7210.5650.56553.9
3.223.4410.9550.95556.4
3.033.2211.6271.62753.8
2.883.0312.4812.48139.8
反射解像度: 2.72→54.27 Å / Num. obs: 7854 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 71.09 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 20.6 / Num. measured all: 52609
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.72-2.857.20.9232.4717310020.7590.36499.7
9.02-54.275.20.01866.5138926610.00899.6

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
SCALA0.1.27データスケーリング
SHELX位相決定
RESOLVEモデル構築
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.72→51.98 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2343 360 4.61 %
Rwork0.2177 --
obs0.2184 7813 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→51.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1933 0 6 2 1941
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021977
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4082690
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.5551181
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036303
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004351
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.72-3.11360.32211050.27772409X-RAY DIFFRACTION100
3.1136-3.92260.27261340.23812440X-RAY DIFFRACTION100
3.9226-51.98990.20041210.19722604X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 48.5178 Å / Origin y: 12.235 Å / Origin z: 74.5435 Å
111213212223313233
T0.5763 Å2-0.0131 Å2-0.009 Å2-0.388 Å20.0039 Å2--0.5255 Å2
L2.7569 °2-1.7509 °2-0.3735 °2-2.0587 °20.5455 °2--3.4024 °2
S-0.257 Å °-0.1324 Å °0.0467 Å °0.2973 Å °0.1467 Å °-0.1655 Å °0.0572 Å °0.3141 Å °0.1266 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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