PDB-5ecf: Ligand binding domain 1 of Penicillium marneffei MP1 protein comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ecf

タイトル

Ligand binding domain 1 of Penicillium marneffei MP1 protein complexed with arachidonic acids

要素

Cell wall antigen

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / LBD1 / arachidonic acid

機能・相同性

Cell wall mannoprotein 1 / Hydrophobic surface binding protein A / fungal-type cell wall / lipid binding / extracellular region / ARACHIDONIC ACID / Cell wall mannoprotein 1 / Cell wall mannoprotein 1

機能・相同性情報

生物種

Talaromyces marneffei PM1 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Lam, W.H. / Zhang, H. / Hao, Q.

引用

ジャーナル: Infect. Immun. / 年: 2019
タイトル: Talaromyces marneffeiMp1 protein, a novel virulence factor, carries two arachidonic acid-binding domains to suppress inflammatory responses in hosts
著者: Lam, W.H. / Sze, K.H. / Ke, Y. / Tse, M.K. / Zhang, H. / Woo, P.C.Y. / Lau, S.K.P. / Lau, C.C.Y. / Xu, S. / Lai, P.M. / Zhou, T. / Antonyuk, S.V. / Kao, R.Y.T. / Yuen, K.Y. / Hao, Q.

履歴

登録	2015年10月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2019年3月6日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_sites / cell / chem_comp / citation / citation_author / database_2 / diffrn_detector / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / entry / exptl / exptl_crystal / exptl_crystal_grow / pdbx_database_related / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_phasing_MR / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / pdbx_version / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct / struct_asym / struct_conf / struct_keywords / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen / symmetry Item: _atom_sites.entry_id / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] ..._atom_sites.entry_id / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB / _cell.angle_beta / _cell.entry_id / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.database_code / _diffrn_detector.pdbx_collection_date / _diffrn_detector.type / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entry.id / _exptl.entry_id / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _pdbx_database_related.db_id / _pdbx_database_related.details / _pdbx_database_status.entry_id / _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_version.entry_id / 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_struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _symmetry.Int_Tables_number / _symmetry.entry_id / _symmetry.space_group_name_H-M
改定 2.1	2019年4月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 2.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ecf.cif.gz	539.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ecf.ent.gz	447.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ecf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/5ecf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/5ecf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5e7xSC 6j6fC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qqy-d 6tqr-4 6mf9-2 6zvo-3 2hz8-d 6uv7-2 2cm6-2 6jsa-d 4icx-2 2ksf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cell wall antigen

B: Cell wall antigen

C: Cell wall antigen

D: Cell wall antigen

E: Cell wall antigen

F: Cell wall antigen

G: Cell wall antigen

H: Cell wall antigen

I: Cell wall antigen

J: Cell wall antigen

ヘテロ分子

160 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Cell wall antigen

登録者が定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Cell wall antigen

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Cell wall antigen

登録者が定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Cell wall antigen

登録者が定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Cell wall antigen

登録者が定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Cell wall antigen

登録者が定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Cell wall antigen

登録者が定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Cell wall antigen

登録者が定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
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9

I: Cell wall antigen

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
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10

J: Cell wall antigen

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.675, 104.274, 108.103
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.440, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	7 - 155
2	1	B	7 - 155
1	2	A	7 - 154
2	2	C	7 - 154
1	3	A	7 - 154
2	3	D	7 - 154
1	4	A	6 - 154
2	4	E	6 - 154
1	5	A	9 - 153
2	5	F	9 - 153
1	6	A	6 - 154
2	6	G	6 - 154
1	7	A	7 - 154
2	7	H	7 - 154
1	8	A	7 - 154
2	8	I	7 - 154
1	9	A	9 - 154
2	9	J	9 - 154
1	10	B	7 - 154
2	10	C	7 - 154
1	11	B	7 - 154
2	11	D	7 - 154
1	12	B	7 - 154
2	12	E	7 - 154
1	13	B	9 - 153
2	13	F	9 - 153
1	14	B	7 - 154
2	14	G	7 - 154
1	15	B	7 - 154
2	15	H	7 - 154
1	16	B	7 - 154
2	16	I	7 - 154
1	17	B	9 - 154
2	17	J	9 - 154
1	18	C	7 - 155
2	18	D	7 - 155
1	19	C	7 - 154
2	19	E	7 - 154
1	20	C	9 - 153
2	20	F	9 - 153
1	21	C	7 - 154
2	21	G	7 - 154
1	22	C	7 - 155
2	22	H	7 - 155
1	23	C	7 - 155
2	23	I	7 - 155
1	24	C	9 - 154
2	24	J	9 - 154
1	25	D	7 - 154
2	25	E	7 - 154
1	26	D	9 - 153
2	26	F	9 - 153
1	27	D	7 - 154
2	27	G	7 - 154
1	28	D	7 - 155
2	28	H	7 - 155
1	29	D	7 - 155
2	29	I	7 - 155
1	30	D	9 - 154
2	30	J	9 - 154
1	31	E	9 - 153
2	31	F	9 - 153
1	32	E	6 - 155
2	32	G	6 - 155
1	33	E	7 - 154
2	33	H	7 - 154
1	34	E	7 - 154
2	34	I	7 - 154
1	35	E	9 - 154
2	35	J	9 - 154
1	36	F	9 - 153
2	36	G	9 - 153
1	37	F	9 - 153
2	37	H	9 - 153
1	38	F	9 - 153
2	38	I	9 - 153
1	39	F	9 - 154
2	39	J	9 - 154
1	40	G	7 - 154
2	40	H	7 - 154
1	41	G	7 - 154
2	41	I	7 - 154
1	42	G	9 - 154
2	42	J	9 - 154
1	43	H	7 - 155
2	43	I	7 - 155
1	44	H	9 - 154
2	44	J	9 - 154
1	45	I	9 - 154
2	45	J	9 - 154

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Cell wall antigen 分子量: 15894.177 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 12-162 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Talaromyces marneffei PM1 (菌類) / プラスミド: His-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A093VKV7, UniProt: A8HBN5*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ACD / ARACHIDONIC ACID 分子量: 304.467 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.74 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: PEG 4000, sodium acetate, ammonium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.99187 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99187 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 42305 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Χ²: 0.884 / Net I/av σ(I): 12.603 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 153960

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.6-2.69	2.8	0.39	3114	0.844	69.7
2.69-2.8	3	0.308	3800	0.781	85.5
2.8-2.93	3.5	0.261	4302	0.82	96.4
2.93-3.08	3.7	0.202	4407	0.846	98.7
3.08-3.28	3.9	0.142	4420	0.883	98.8
3.28-3.53	3.8	0.103	4395	1.011	98.8
3.53-3.88	3.8	0.078	4446	0.979	98.9
3.88-4.45	3.8	0.062	4421	0.893	99
4.45-5.6	3.9	0.062	4480	0.909	99.3
5.601-50	3.8	0.05	4520	0.805	98.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.6 Å	47.67 Å
Translation	2.6 Å	47.67 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
REFMAC	5.8.0123	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5E7X

5e7x

解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / WR_factor R_free: 0.3028 / WR_factor R_work: 0.2651 / FOM work R set: 0.7523 / SU B: 39.787 / SU ML: 0.371 / SU R Cruickshank DPI: 0.8708 / SU R_free: 0.4105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.871 / ESU R Free: 0.41 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2901	2129	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2559	-	-	-
obs	0.2577	40029	94.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.01 Å² / B_iso mean: 38.161 Å² / B_iso min: 23.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.11 Å²	0 Å²	-0.21 Å²
2-	-	-1.94 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10917	0	88	19	11024
B_iso mean	-	-	32.2	36.6	-
残基数	-	-	-	-	1476

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	11182
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.017	0.02	11318
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.073	1.991	15158
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.468	3	26154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.26	5	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.694	27.72	421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.771	15	1940
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.975	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.017	0.021	12748
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.016	0.02	2193

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	17142	0.11
1	2	B	17142	0.11
2	1	A	16752	0.13
2	2	C	16752	0.13
3	1	A	16982	0.12
3	2	D	16982	0.12
4	1	A	16252	0.15
4	2	E	16252	0.15
5	1	A	15776	0.15
5	2	F	15776	0.15
6	1	A	16780	0.14
6	2	G	16780	0.14
7	1	A	16418	0.14
7	2	H	16418	0.14
8	1	A	16266	0.14
8	2	I	16266	0.14
9	1	A	14628	0.16
9	2	J	14628	0.16
10	1	B	16732	0.13
10	2	C	16732	0.13
11	1	B	16990	0.12
11	2	D	16990	0.12
12	1	B	16416	0.14
12	2	E	16416	0.14
13	1	B	15696	0.15
13	2	F	15696	0.15
14	1	B	16460	0.14
14	2	G	16460	0.14
15	1	B	16532	0.14
15	2	H	16532	0.14
16	1	B	16322	0.14
16	2	I	16322	0.14
17	1	B	14388	0.17
17	2	J	14388	0.17
18	1	C	16906	0.13
18	2	D	16906	0.13
19	1	C	16172	0.15
19	2	E	16172	0.15
20	1	C	15664	0.15
20	2	F	15664	0.15
21	1	C	16380	0.15
21	2	G	16380	0.15
22	1	C	16378	0.15
22	2	H	16378	0.15
23	1	C	16080	0.16
23	2	I	16080	0.16
24	1	C	14384	0.17
24	2	J	14384	0.17
25	1	D	16278	0.16
25	2	E	16278	0.16
26	1	D	15842	0.15
26	2	F	15842	0.15
27	1	D	16448	0.14
27	2	G	16448	0.14
28	1	D	16616	0.13
28	2	H	16616	0.13
29	1	D	16128	0.15
29	2	I	16128	0.15
30	1	D	14520	0.16
30	2	J	14520	0.16
31	1	E	15832	0.15
31	2	F	15832	0.15
32	1	E	16456	0.15
32	2	G	16456	0.15
33	1	E	16258	0.15
33	2	H	16258	0.15
34	1	E	16240	0.16
34	2	I	16240	0.16
35	1	E	14222	0.17
35	2	J	14222	0.17
36	1	F	15718	0.16
36	2	G	15718	0.16
37	1	F	15648	0.15
37	2	H	15648	0.15
38	1	F	15808	0.15
38	2	I	15808	0.15
39	1	F	14556	0.16
39	2	J	14556	0.16
40	1	G	16182	0.15
40	2	H	16182	0.15
41	1	G	16036	0.15
41	2	I	16036	0.15
42	1	G	14122	0.18
42	2	J	14122	0.18
43	1	H	16486	0.14
43	2	I	16486	0.14
44	1	H	14126	0.17
44	2	J	14126	0.17
45	1	I	14152	0.17
45	2	J	14152	0.17

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.376	121	-
R_work	0.334	2098	-
all	-	2219	-
obs	-	-	67.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9973	-0.6612	1.0447	1.3301	-1.2618	3.3451	-0.0276	0.1738	-0.1004	-0.0874	-0.0333	-0.1394	0.1814	0.2766	0.061	0.0461	0.0205	0.0513	0.0754	-0.0102	0.0793	-0.0838	-0.9736	-23.7305
2	3.5227	-2.2806	0.0901	2.0355	-0.0465	0.6085	-0.1123	-0.0993	0.1239	0.0163	0.0143	-0.0562	-0.0936	-0.0791	0.098	0.0601	-0.0482	-0.034	0.1382	0.0072	0.025	24.9412	18.9751	-36.3984
3	3.0818	-1.8951	0.2747	2.5546	0.2023	0.4912	0.09	-0.0834	-0.0654	-0.0721	-0.0438	0.165	0.2258	-0.0071	-0.0462	0.2904	-0.0931	0.001	0.2738	-0.0039	0.0477	-8.789	-31.7585	-33.2646
4	1.322	-0.7994	-0.5766	4.6519	1.599	1.8728	0.0281	-0.0789	-0.0556	-0.0438	0.1475	-0.3367	-0.1218	0.1489	-0.1756	0.0159	-0.0417	0.005	0.1661	0.0036	0.0429	-7.3366	12.9191	3.1901
5	5.0982	1.9916	0.7078	1.6059	0.467	1.2377	-0.0009	-0.1039	0.2309	-0.025	-0.0007	0.0759	-0.085	0.0075	0.0016	0.2103	-0.0147	0.0915	0.1072	-0.0236	0.1276	30.5841	-24.5855	-20.2221
6	2.2527	-1.2065	0.9819	3.8056	-1.2301	1.6535	-0.0243	0.2119	0.0278	-0.0351	0.0773	0.1504	-0.3409	-0.1952	-0.053	0.1475	0.013	-0.0372	0.3243	-0.0177	0.1394	33.3489	14.8952	-8.8781
7	3.5171	0.3954	2.3269	0.5773	0.0426	3.7958	0.2392	-0.0633	-0.1372	0.0546	-0.0818	0.0957	0.162	-0.1674	-0.1574	0.1519	0.0127	0.0166	0.1697	0.011	0.2258	29.2712	-1.9365	18.3865
8	3.1643	2.0403	0.1946	3.4051	-0.1524	2.5063	0.0891	-0.2989	0.3534	0.2146	-0.1396	0.2326	-0.2552	-0.053	0.0504	0.1009	0.0405	0.0092	0.0943	-0.0227	0.0425	-1.8587	28.2137	-22.8598
9	1.2968	0.7996	0.2267	4.4642	0.1532	2.4025	-0.0286	0.075	0.0705	-0.271	0.0826	0.003	0.0178	-0.2192	-0.054	0.0857	-0.075	0.0182	0.2374	-0.0552	0.0268	5.0695	6.0992	-53.7009
10	2.1854	-0.0328	0.1575	3.5112	0.7297	2.3595	-0.0585	0.2069	-0.2498	-0.3481	-0.0566	0.0078	0.2897	0.1055	0.1151	0.2996	0.035	-0.0313	0.3038	0.0441	0.0728	39.7845	5.6511	-57.9148

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	31 - 181
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	32 - 181
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	32 - 180
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	32 - 180
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	31 - 180
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	34 - 179
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	31 - 180
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	32 - 180
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	32 - 180
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	34 - 179

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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