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- PDB-5ebv: Crystal structure of acetyltransferase Eis from Mycobacterium tub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ebv
タイトルCrystal structure of acetyltransferase Eis from Mycobacterium tuberculosis in complex with inhibitor 11c and CoA
要素Enhanced intracellular survival protein
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE / Aminoglycoside / Resistance / Tuberculosis / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


effector-mediated defense to host-produced reactive oxygen species / symbiont-mediated perturbation of host inflammatory response / symbiont-mediated suppression of host defense-related programmed cell death / aminoglycoside antibiotic catabolic process / aminoglycoside N-acetyltransferase activity / symbiont-mediated perturbation of host innate immune response / Suppression of autophagy / symbiont-mediated perturbation of host programmed cell death / bacterial extracellular vesicle / N-acetyltransferase activity ...effector-mediated defense to host-produced reactive oxygen species / symbiont-mediated perturbation of host inflammatory response / symbiont-mediated suppression of host defense-related programmed cell death / aminoglycoside antibiotic catabolic process / aminoglycoside N-acetyltransferase activity / symbiont-mediated perturbation of host innate immune response / Suppression of autophagy / symbiont-mediated perturbation of host programmed cell death / bacterial extracellular vesicle / N-acetyltransferase activity / biological process involved in interaction with host / host cell cytoplasmic vesicle / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / host extracellular space / response to antibiotic / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-acetyltransferase Eis / Enhanced intracellular survival protein domain / Eis-like, acetyltransferase domain / : / Sterol carrier protein domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily ...N-acetyltransferase Eis / Enhanced intracellular survival protein domain / Eis-like, acetyltransferase domain / : / Sterol carrier protein domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5LR / COENZYME A / N-acetyltransferase Eis
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gajadeera, C.S. / Hou, C. / Garneau-Tsodikova, S. / Tsodikov, O.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI090048 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Potent Inhibitors of Acetyltransferase Eis Overcome Kanamycin Resistance in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Willby, M.J. / Green, K.D. / Gajadeera, C.S. / Hou, C. / Tsodikov, O.V. / Posey, J.E. / Garneau-Tsodikova, S.
履歴
登録2015年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月6日Group: Database references
改定 1.22016年6月29日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enhanced intracellular survival protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2324
ポリマ－45,9991
非ポリマー1,2333
水3,441191
1
A: Enhanced intracellular survival protein
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)283,39224
ポリマ－275,9956
非ポリマー7,39818
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area26530 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area86990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.168, 175.168, 122.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Enhanced intracellular survival protein


分子量: 45999.113 Da / 分子数: 1 / 変異: C204A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: eis, Rv2416c, MTCY253.04 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFK7
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-5LR / 5-(4-chlorophenyl)-~{N}-[3-(3,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-2-yl)propyl]-4-methyl-1,1-bis(oxidanylidene)-1,2-thiazol-3-amine


分子量: 429.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24ClN3O2S
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.67 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Reservoir: Tris-HCl pH 8.5 adjusted at room temperature (100 mM), PEG 8,000 (10-15% w/v), and (NH4)2SO4 (0.4 M)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 36628 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.5 % / Net I/σ(I): 21.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.972 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2149 1840 5 %RANDOM
Rwork0.19304 ---
obs0.19418 34661 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.813 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.71 Å2-0.86 Å20 Å2
2---1.71 Å20 Å2
3---5.56 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3047 0 49 191 3287
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0193165
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023003
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3721.9794310
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75636854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6345394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.4221.348141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.55615481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3071540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.2477
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02758
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.613.3231582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6093.3231581
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8124.9711974
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8124.9721975
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8633.6411583
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8623.6441584
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1525.3552337
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.78527.1023493
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.79926.9363453
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 131 -
Rwork0.27 2528 -
obs--99.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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