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万見
- PDB-5ebg: Crystal structure of bovine CD8aa homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ebg
タイトルCrystal structure of bovine CD8aa homodimer
要素T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / bovine / CD8alpha / homodimer / immunology
機能・相同性
機能・相同性情報


cytotoxic T cell differentiation / T cell mediated immunity / membrane => GO:0016020 / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD8 alpha subunit / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...CD8 alpha subunit / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Liu, Y. / Li, X. / Zhang, N. / Qi, J. / Xia, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
973ProjectNO. 2013CB835302 中国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: The structural basis of chicken, swine and bovine CD8 alpha alpha dimers provides insight into the co-evolution with MHC I in endotherm species.
著者: Liu, Y. / Li, X. / Qi, J. / Zhang, N. / Xia, C.
履歴
登録2015年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
B: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8802
ポリマ－25,8802
非ポリマー00
水6,575365
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area620 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12870 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)74.415, 74.415, 143.285
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-297-

HOH

21A-356-

HOH

31A-396-

HOH

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要素

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain


分子量: 12939.822 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 25-139 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CD8A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31783
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH6.5, 20% v/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 21811 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.6 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 41
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 15.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.364 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.5_2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CD8

1cd8


解像度: 1.8→32.223 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0.26 / 位相誤差: 19.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2171 1110 5.09 %
Rwork0.1979 --
obs0.1988 21811 96.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.258 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1122 Å20 Å20 Å2
2---1.1122 Å2-0 Å2
3---2.2244 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.223 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1806 0 0 365 2171
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1592514
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.769683
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08275
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004325
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7998-1.88170.28151220.20352405X-RAY DIFFRACTION92
1.8817-1.98090.20161290.19912458X-RAY DIFFRACTION94
1.9809-2.1050.24211370.19252525X-RAY DIFFRACTION97
2.105-2.26750.2581430.20432560X-RAY DIFFRACTION97
2.2675-2.49560.22891460.22052556X-RAY DIFFRACTION97
2.4956-2.85650.23481490.21952621X-RAY DIFFRACTION98
2.8565-3.59810.19271550.18132681X-RAY DIFFRACTION99
3.5981-32.22780.17721290.17962895X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0446-0.043-0.00390.06040.05040.1097-0.018-0.0274-0.02590.01360.0162-0.00860.08040.02230.02890.0566-0.00310.00350.06580.01140.058-21.514512.66576.1613
20.0265-0.0383-0.01310.05440.01190.0546-0.0515-0.0686-0.0201-0.08930.00530.0259-0.0642-0.0287-0.03530.0607-0.00740.00820.0680.00630.0722-27.262525.31395.514
30.1005-0.0514-0.00120.1750.08420.1030.02750.29880.106-0.25590.06860.15830.0914-0.24420.00610.18380.0033-0.00870.15950.02240.1313-33.84319.4769-4.8562
40.1324-0.0488-0.02860.42780.010.1786-0.02460.00970.02740.03640.01240.10910.05680.0067-0.1230.0665-0.00740.00350.06290.00950.0684-24.361318.36084.9514
50.1530.0472-0.01370.1038-0.00770.1104-0.0384-0.01620.040.02420.02460.02990.05060.0497-0.02010.08450.0083-0.0090.08430.01860.0763-15.965413.492928.3346
60.22460.0606-0.02090.02360.02280.0983-0.1216-0.0690.03110.12440.0609-0.04940.10450.0146-0.03440.10850.01420.02240.1276-0.01270.0925-4.575217.718632.7233
70.0631-0.0659-0.02840.18020.01250.07860.00640.04460.1211-0.10510.03880.0099-0.00590.01530.03890.0698-0.0079-0.00740.10010.00790.0813-8.40523.850923.3015
80.506-0.21950.09160.16220.05740.1152-0.0521-0.04050.06390.00470.1133-0.04230.02730.16750.01230.07890.0077-0.01310.10850.00740.0714-7.30913.730729.8663
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 2:33)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 34:53)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 54:68)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 69:115)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 2:25)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 26:47)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 48:83)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 84:115)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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