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- PDB-3o9u: Effector domain of influenza A/PR/8/34 NS1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o9u
タイトルEffector domain of influenza A/PR/8/34 NS1
要素Nonstructural protein 1
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Inhibition of IFN-beta / Inhibition of PKR / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / RIPK1-mediated regulated necrosis / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / protein serine/threonine kinase inhibitor activity ...Inhibition of IFN-beta / Inhibition of PKR / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / RIPK1-mediated regulated necrosis / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / Viral mRNA Translation / ISG15 antiviral mechanism / PKR-mediated signaling / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / host cell nucleus / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus non-structural protein, effector domain / Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / Nucleotidyltransferase; domain 5 / S15/NS1, RNA-binding / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural protein 1 / Non-structural protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kerry, P.S. / Lewis, A. / Hale, B.G. / Hass, C. / Taylor, M.A. / Randall, R.E. / Russell, R.J.M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: A Transient Homotypic Interaction Model for the Influenza A Virus NS1 Protein Effector Domain.
著者: Kerry, P.S. / Ayllon, J. / Taylor, M.A. / Hass, C. / Lewis, A. / Garcia-Sastre, A. / Randall, R.E. / Hale, B.G. / Russell, R.J.
履歴
登録2010年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Nonstructural protein 1
A: Nonstructural protein 1
C: Nonstructural protein 1
D: Nonstructural protein 1
E: Nonstructural protein 1
F: Nonstructural protein 1
G: Nonstructural protein 1
H: Nonstructural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,9258
ポリマ－135,9258
非ポリマー00
水00
1
B: Nonstructural protein 1
E: Nonstructural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9812
ポリマ－33,9812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Nonstructural protein 1
C: Nonstructural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9812
ポリマ－33,9812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: Nonstructural protein 1
G: Nonstructural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9812
ポリマ－33,9812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
F: Nonstructural protein 1
H: Nonstructural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9812
ポリマ－33,9812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.124, 114.124, 199.289
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN B AND (RESSEQ 89:202 )
211CHAIN A AND (RESSEQ 89:202 )
311CHAIN C AND (RESSEQ 89:202 )
411CHAIN D AND (RESSEQ 89:202 )
511CHAIN E AND (RESSEQ 89:202 )
611CHAIN F AND (RESSEQ 89:202 )
711CHAIN G AND (RESSEQ 89:202 )
811CHAIN H AND (RESSEQ 89:202 )

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要素

#1: タンパク質
Nonstructural protein 1


分子量: 16990.639 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: NS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9S2D8, UniProt: P03496*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.37 %

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.2→19.87 Å / Num. obs: 23538

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.6.1_357) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→19.87 Å / σ(F): 1.89 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2221 1222 5.19 %
Rwork0.1745 --
obs0.1748 23538 97.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.271 Å2 / ksol: 0.261 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.7585 Å2-0 Å2-0 Å2
2--4.7585 Å20 Å2
3----9.5171 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→19.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7247 0 0 0 7247
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087359
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1659962
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.82776
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061182
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031269
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B891X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12A891X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
13C891X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
14D891X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.046
15E891X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.042
16F891X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.041
17G891X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
18H891X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.041
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.35940.3561360.28512643X-RAY DIFFRACTION89
3.3594-3.53550.28161440.24512776X-RAY DIFFRACTION94
3.5355-3.75560.23451390.21792804X-RAY DIFFRACTION95
3.7556-4.04330.24471800.19732791X-RAY DIFFRACTION94
4.0433-4.44590.20831350.16852836X-RAY DIFFRACTION95
4.4459-5.07960.18851760.14752801X-RAY DIFFRACTION94
5.0796-6.36380.2541550.16522839X-RAY DIFFRACTION95
6.3638-19.70870.16381430.12182813X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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