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- PDB-5er3: Crystal structure of ABC transporter system solute-binding protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5er3
タイトルCrystal structure of ABC transporter system solute-binding protein from Rhodopirellula baltica SH 1
要素Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
キーワードsolute-binding protein / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / ABC transporter
機能・相同性: / Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / cell envelope / Periplasmic binding protein-like I / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / carbohydrate binding / metal ion binding / Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
機能・相同性情報
生物種Rhodopirellula baltica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.105 Å
データ登録者Chang, C. / Duke, N. / Endres, M. / Mack, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of ABC transporter system solute-binding protein from Rhodopirellula baltica SH 1
著者: Chang, C. / Duke, N. / Endres, M. / Mack, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2015年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8104
ポリマ－36,5861
非ポリマー2243
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
ヘテロ分子

A: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6208
ポリマ－73,1722
非ポリマー4496
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area26260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.755, 95.576, 46.245
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein


分子量: 36585.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopirellula baltica (strain DSM 10527 / NCIMB 13988 / SH1) (バクテリア)
株: DSM 10527 / NCIMB 13988 / SH1 / 遺伝子: RB10898 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7UK26
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.08 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Calcium Chloride, HEPES, PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97899 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月17日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97899 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 19830 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 24.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.163 / Χ2: 0.823 / Net I/av σ(I): 11.437 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 163470
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.146.60.5849330.7410.2380.6340.83596.3
2.14-2.1870.5869490.8080.2350.6340.88799.4
2.18-2.227.40.5529740.8120.2190.5960.84799.1
2.22-2.267.70.5029730.8650.1930.540.8399.6
2.26-2.318.10.4769950.8870.180.510.864100
2.31-2.378.30.4589550.8930.1710.490.84100
2.37-2.428.50.3919950.9220.1450.4180.821100
2.42-2.498.70.3999680.9180.1460.4260.813100
2.49-2.568.80.3289870.9470.1190.3490.816100
2.56-2.658.80.2829760.9520.1030.3010.829100
2.65-2.748.70.2419930.9640.0880.2570.819100
2.74-2.858.80.2049830.9710.0740.2170.838100
2.85-2.988.70.1679790.9850.0610.1780.817100
2.98-3.148.70.1339980.9880.0480.1420.823100
3.14-3.338.70.11310020.9860.0410.1210.837100
3.33-3.598.50.09310020.9870.0340.0990.824100
3.59-3.958.50.08310040.9910.030.0880.834100
3.95-4.528.40.07610150.990.0280.0820.775100
4.52-5.78.20.0710410.9850.0270.0750.683100
5.7-507.80.08211080.9910.0320.0890.84599.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
SBC-Collectデータ収集
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.105→34.81 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.9 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2076 1672 4.96 %
Rwork0.1764 32068 -
obs0.178 33740 90.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.05 Å2 / Biso mean: 30.5357 Å2 / Biso min: 13.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.105→34.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2331 0 13 98 2442
Biso mean--50.12 31.98 -
残基数----318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052393
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6783247
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051370
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005430
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3051444
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1051-2.16710.2585990.21021798189761
2.1671-2.2370.2406920.20422046213870
2.237-2.31690.2241130.19732375248880
2.3169-2.40970.21211670.2022556272388
2.4097-2.51930.23191620.21322747290995
2.5193-2.65210.26521140.20032934304898
2.6521-2.81820.25121380.211329743112100
2.8182-3.03570.25211440.196329283072100
3.0357-3.34090.23541400.182729443084100
3.3409-3.82390.20051870.157729303117100
3.8239-4.81560.14941410.131129243065100
4.8156-34.8150.17641750.167329123087100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.96421.0083-0.64452.35680.20911.50320.0565-0.01330.16530.14080.00190.3914-0.048-0.0973-0.04090.16720.00070.01150.18840.00410.222118.29522.06559.6976
21.34990.2965-0.27012.2871-1.27071.81270.02930.0479-0.01380.0078-0.116-0.2491-0.04230.16350.06150.1232-0.0112-0.00530.17180.01470.199338.884316.9372-3.5653
31.5025-0.61950.67812.1464-0.65312.6951-0.10640.04170.20240.1833-0.0189-0.1093-0.3943-0.0070.12630.2276-0.0141-0.00090.16580.00010.173332.134928.0372-10.6933
42.76880.17660.51631.69521.09952.4348-0.24250.12680.024-0.37370.1179-0.0084-0.0881-0.03680.11980.23410.01130.00860.20210.00580.171828.631523.1307-21.8209
50.9051-0.79591.49771.7694-0.81312.70580.00790.0248-0.0111-0.0056-0.01550.01720.1433-0.23510.01610.2536-0.00130.02130.2407-0.02030.16930.51614.4465-17.1967
62.25090.0223-0.70382.0039-0.50261.9391-0.03730.2892-0.0161-0.1723-0.028-0.03490.0181-0.05130.03620.199-0.0228-0.01010.19290.00450.181625.6205-2.5472-1.1098
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 47 through 138 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 139 through 200 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 201 through 261 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 262 through 292 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 293 through 309 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 310 through 364 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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