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- PDB-5ebc: Crystal structure of EccB1 of Mycobacterium tuberculosis in space... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ebc
タイトルCrystal structure of EccB1 of Mycobacterium tuberculosis in spacegroup P21 (state III)
要素ESX-1 secretion system protein eccB1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / ALPHA-BETA-ALPHA SANDWICH / BETA-SHEET / ATPASE / T7SS / ESX-1 SECRETION SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host innate immune response / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / peptidoglycan-based cell wall / hydrolase activity / extracellular region / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain / Type VII secretion system EccB, repeat 1 domain / TTHA1013/TTHA0281-like / Type VII secretion system EccB, repeat 1 domain / Type VII secretion system EccB / Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain / Type VII secretion system ESX-1, transport TM domain B / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich ...Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain / Type VII secretion system EccB, repeat 1 domain / TTHA1013/TTHA0281-like / Type VII secretion system EccB, repeat 1 domain / Type VII secretion system EccB / Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain / Type VII secretion system ESX-1, transport TM domain B / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ESX-1 secretion system ATPase EccB1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhang, X.L. / Qi, C. / Xie, X.Q. / Li, D.F. / Bi, L.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Crystallographic observation of the movement of the membrane-distal domain of the T7SS core component EccB1 from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Xie, X.Q. / Zhang, X.L. / Qi, C. / Li, D.F. / Fleming, J. / Wang, D.C. / Bi, L.J.
履歴
登録2015年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESX-1 secretion system protein eccB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7452
ポリマ－45,7051
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.610, 120.210, 61.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ESX-1 secretion system protein eccB1 / ESX conserved component B1 / Type VII secretion system protein eccB1 / T7SS protein eccB1


分子量: 45704.742 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 72-480 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: eccB1, Rv3869 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WNR7
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20 mM Tris-Cl pH 7.5, 100 mM magnesium formate, 15% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年8月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→60.1 Å / Num. obs: 8613 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 85.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 88.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.3_928精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3X3M

3x3m


解像度: 3→30.277 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 32.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2863 860 10.02 %Random selection
Rwork0.2315 ---
obs0.237 8579 95.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.612 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.7766 Å20 Å2-5.0038 Å2
2--21.7666 Å20 Å2
3----15.9899 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30.277 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2852 0 1 0 2853
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032925
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8564017
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4681063
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063475
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004523
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.18780.42341410.35031188X-RAY DIFFRACTION89
3.1878-3.43360.36161310.29961219X-RAY DIFFRACTION91
3.4336-3.77860.341390.25771278X-RAY DIFFRACTION96
3.7786-4.3240.2961520.21991337X-RAY DIFFRACTION99
4.324-5.44260.23151460.20071344X-RAY DIFFRACTION99
5.4426-30.27840.25221510.20491353X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.74980.87920.93542.92011.12741.12950.24670.2358-0.5784-0.9607-0.7017-0.2382-0.3474-0.8750.19470.73310.1822-0.04730.6455-0.30620.4773-18.1497-27.2312-60.7523
21.54140.94931.14132.38981.61823.42910.2136-0.3360.0219-0.3026-0.15730.033-0.6780.0130.06870.2499-0.05850.05930.3011-0.03710.2458-7.52924.4987-26.9343
30.66680.2460.1982.5858-1.79973.18170.334-0.0847-0.26250.4481-0.3175-0.1807-0.06640.28870.10970.5479-0.2144-0.12150.58270.19120.4516-5.693212.23037.6596
41.19640.61670.93693.40071.94634.21350.4285-0.17380.133-0.1498-0.61010.17560.3762-0.64440.01640.151-0.0413-0.00210.2269-0.08480.2244-9.7255-8.9705-35.4046
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 0:54)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 55:174)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 175:259)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 260:390)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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