+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5e9o | ||||||
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Title | Spirochaeta thermophila X module - CBM64 - mutant G504A | ||||||
Components | Cellulase, glycosyl hydrolase family 5, TPS linker, domain X | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Carbohydrate-binding module 64 / CBM64 / Cellulose and Xylan binding / Type A CBM / Jelly roll | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Spirochaeta thermophila (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Schiefner, A. / Skerra, A. | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2016 Title: Structural basis for cellulose binding by the type A carbohydrate-binding module 64 of Spirochaeta thermophila. Authors: Schiefner, A. / Angelov, A. / Liebl, W. / Skerra, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5e9o.cif.gz | 158.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5e9o.ent.gz | 128.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5e9o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/5e9o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/5e9o | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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4 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 10039.781 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 456-541 / Mutation: G504A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Spirochaeta thermophila (bacteria) / Gene: STHERM_c20620 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: E0RQU0 #2: Chemical | ChemComp-I3C / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.16 Å3/Da / Density % sol: 61.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 / Details: 1.6 M Sodium malonate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 1.8 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 28, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.8 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→35 Å / Num. obs: 57408 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 33.079 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.653 / Net I/σ(I): 21.7 / Num. measured all: 612788 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: SAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.1→34.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.2009 / WRfactor Rwork: 0.1627 / FOM work R set: 0.8702 / SU B: 7.373 / SU ML: 0.107 / SU R Cruickshank DPI: 0.1698 / SU Rfree: 0.1554 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.155 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 97.16 Å2 / Biso mean: 30.607 Å2 / Biso min: 13.19 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→34.18 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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