+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5e9p | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Spirochaeta thermophila X module - CBM64 - wildtype | ||||||
![]() | Cellulase, glycosyl hydrolase family 5, TPS linker, domain X | ||||||
![]() | HYDROLASE / Carbohydrate-binding module 64 / CBM64 / Cellulose and Xylan binding / Type A CBM / Jelly roll | ||||||
Function / homology | ![]() cellulase / metabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schiefner, A. / Skerra, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for cellulose binding by the type A carbohydrate-binding module 64 of Spirochaeta thermophila. Authors: Schiefner, A. / Angelov, A. / Liebl, W. / Skerra, A. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 59.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 42.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 427.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 428 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 7.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 10.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5e9oSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 10025.756 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 456-541 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-MLI / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 56.92 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.4 / Details: 1.5 M Sodium malonate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 24, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.2→30 Å / Num. obs: 34847 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 15.377 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rrim(I) all: 0.042 / Χ2: 0.962 / Net I/σ(I): 28.7 / Num. measured all: 253480 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5e9o Resolution: 1.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.98 / WRfactor Rfree: 0.125 / WRfactor Rwork: 0.1052 / FOM work R set: 0.9418 / SU B: 0.703 / SU ML: 0.014 / SU R Cruickshank DPI: 0.0252 / SU Rfree: 0.0258 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.026 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 158.42 Å2 / Biso mean: 14.336 Å2 / Biso min: 6.37 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.2→30 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
|