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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5e8m | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of human heparanase | |||||||||
要素 | (Heparanase) x 2 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / glycoside hydrolase / apo / protein / sugar | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 heparanase / heparanase activity / regulation of hair follicle development / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / heparin metabolic process / proteoglycan metabolic process / HS-GAG degradation / positive regulation of hair follicle development / beta-glucuronidase activity / syndecan binding ...heparanase / heparanase activity / regulation of hair follicle development / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / heparin metabolic process / proteoglycan metabolic process / HS-GAG degradation / positive regulation of hair follicle development / beta-glucuronidase activity / syndecan binding / protein transmembrane transport / vascular wound healing / angiogenesis involved in wound healing / establishment of endothelial barrier / positive regulation of osteoblast proliferation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of blood coagulation / lysosomal lumen / cell-matrix adhesion / extracellular matrix / specific granule lumen / lysosome / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / membrane raft / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.75 Å | |||||||||
データ登録者 | Wu, L. / Davies, G.J. | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015 タイトル: Structural characterization of human heparanase reveals insights into substrate recognition. 著者: Wu, L. / Viola, C.M. / Brzozowski, A.M. / Davies, G.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5e8m.cif.gz | 113.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5e8m.ent.gz | 88.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5e8m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5e8m_validation.pdf.gz | 783.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5e8m_full_validation.pdf.gz | 784.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5e8m_validation.xml.gz | 21.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5e8m_validation.cif.gz | 31.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/5e8m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/5e8m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 43733.324 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 158-543 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPSE, HEP, HPA, HPA1, HPR1, HPSE1, HSE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y251, heparanase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 8542.769 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 36-109 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPSE, HEP, HPA, HPA1, HPR1, HPSE1, HSE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y251, heparanase |
-糖 , 2種, 5分子
#3: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 3種, 267分子
#5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 5.5, 0.1 M MgCl2, 17% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.92 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→46.64 Å / Num. obs: 49329 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.847 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.75→46.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.889 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.357 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.75→46.64 Å
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拘束条件 |
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