PDB-5e7p: Crystal Structure of MSMEG_0858 (Uniprot A0QQS4), a AAA ATPase.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e7p

タイトル

Crystal Structure of MSMEG_0858 (Uniprot A0QQS4), a AAA ATPase.

要素

Cell division control protein Cdc48

キーワード

HYDROLASE / AAA ATPase / M. Smegmatic / RecA

機能・相同性

機能・相同性情報

cell division / intracellular membrane-bounded organelle / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.507 Å

データ登録者

Unciulac-Carp, M. / Smith, P. / Shuman, S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure and Biochemical Characterization of a Mycobacterium smegmatis AAA-Type Nucleoside Triphosphatase Phosphohydrolase (Msm0858).
著者: Unciuleac, M.C. / Smith, P.C. / Shuman, S.

履歴

登録	2015年10月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2022年4月13日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.3	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e7p.cif.gz	542.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e7p.ent.gz	447.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e7p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5e7p_validation.pdf.gz	497.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5e7p_full_validation.pdf.gz	501.6 KB	表示
XML形式データ	5e7p_validation.xml.gz	2.9 KB	表示
CIF形式データ	5e7p_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/5e7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/5e7p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2h8q-2 6nqv-1 6nqk-2 1zgq-2 2z6x-2 2z6x-1 2ag5-d 4jf9-1 4nbu-d 1yde-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (8) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (8) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Cell division control protein Cdc48

B: Cell division control protein Cdc48

ヘテロ分子

159 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Cell division control protein Cdc48

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
79.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Cell division control protein Cdc48

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
79.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.801, 111.816, 151.705
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Cell division control protein Cdc48 / Conserved ATPase 分子量: 78203.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_0858, MSMEI_0839 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QQS4, vesicle-fusing ATPase

#1: タンパク質

Cell division control protein Cdc48 / Conserved ATPase

分子量: 78203.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_0858, MSMEI_0839 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QQS4, vesicle-fusing ATPase

-
非ポリマー , 5種, 342分子

#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: purified protein 6.5 mg/ml was mixed with equal volume of 0.3 M ammonium tartrate dibasic and 25% polyethylene glycol 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→29.516 Å / Num. obs: 51244 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 37.8 Å² / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_833	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.507→29.516 Å / SU ML: 0.71 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	2603	5.08 %	Random Selection
R_work	0.2059	-	-	-
obs	0.2082	51210	99.69 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 24.699 Å² / k_sol: 0.311 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.9373 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	16.1876 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-11.2503 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.507→29.516 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10412	0	159	332	10903

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	10739
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.77	14684
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.392	3945
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1812
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1901

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5067-2.5523	0.3475	129	0.2903	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5523-2.6013	0.3201	129	0.2896	2514	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6013-2.6544	0.3677	129	0.2734	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6544-2.7121	0.369	126	0.2885	2527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7121-2.7751	0.3575	134	0.2606	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7751-2.8445	0.3306	142	0.2518	2522	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8445-2.9213	0.2794	147	0.2463	2506	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9213-3.0072	0.3065	137	0.2487	2544	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0072-3.1042	0.2838	150	0.2352	2501	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1042-3.215	0.2699	143	0.2163	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
3.215-3.3435	0.2406	130	0.2132	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3435-3.4955	0.2729	139	0.2168	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4955-3.6794	0.2634	147	0.1916	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6794-3.9095	0.237	143	0.1817	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9095-4.2105	0.2088	136	0.1672	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2105-4.6328	0.1867	133	0.15	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6328-5.2998	0.2195	137	0.174	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2998-6.6645	0.245	132	0.228	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6645-29.5178	0.1853	140	0.1715	2741	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0354	0.0391	-0.8851	0.4954	0.0354	1.6777	-0.1776	0.2391	-0.5524	0.0459	0.0135	0.06	0.5529	0.1532	-0.0122	0.2991	0.1295	0.1146	0.3044	-0.1352	0.3158	69.8089	39.9172	69.8504
2	2.5105	-0.8432	0.5949	1.0507	-0.3533	1.9928	-0.0505	0.2497	-0.4115	-0.001	-0.022	0.1489	0.2362	-0.1195	-0.0275	0.1537	-0.0673	0.0492	0.1662	-0.0598	0.1782	47.9392	51.5383	75.0788
3	2.2705	-0.6178	-0.3304	1.2152	0.4525	0.8218	0.0614	0.2567	0.2456	-0.1257	-0.0687	-0.0175	-0.1181	0.2493	-0.009	0.1447	-0.0367	0.0217	0.2291	0.0444	0.1274	70.0114	72.4145	81.4308
4	1.8969	-0.0072	-0.0271	1.142	-0.0045	1.7378	-0.0024	-0.1303	-0.4991	0.0358	0.0184	-0.1293	0.615	-0.3931	0.0216	0.3359	-0.1804	0.0825	0.178	0.1541	0.2113	19.9811	42.1976	119.1348
5	2.6911	0.5327	0.6265	1.2572	0.4314	2.7615	-0.0855	0.0205	-0.2414	-0.0986	0.0328	-0.1733	0.2415	0.2319	-0.0343	0.1896	0.0457	0.0435	0.0526	0.0588	0.1476	40.211	53.6029	111.3859
6	2.6669	0.6035	-0.0256	1.0374	-0.3715	1.6515	-0.0683	-0.3187	0.3002	0.1679	-0.0219	-0.0578	-0.33	-0.4466	-0.1176	0.1711	0.0789	-0.0263	0.0811	-0.0154	0.0798	17.1799	72.3477	105.4128
7	0.0272	-0.0658	0.044	0.3581	0.0254	0.1601	-0.0866	-0.406	-0.6615	0.7175	0.0115	0.2474	0.7622	-0.0724	-0.001	0.4154	0.0166	0.0571	0.3933	0.0503	0.4277	50.3647	47.7133	79.1167
8	0.3923	-0.7925	0.2646	2.5448	0.2066	0.9553	0.1709	0.601	0.2976	-0.4751	-0.0916	0.1344	-0.1773	-0.3431	0.2276	0.372	0.1572	-0.1281	1.05	0.1282	0.7142	75.4387	67.8717	78.7528
9	1.4032	-0.5698	-0.9189	0.5801	0.6753	0.8634	-0.2304	0.2364	-0.8639	-0.5859	-0.0806	-0.3106	0.7014	0.1145	-0.2847	0.4386	0.0435	-0.0018	0.1589	-0.0239	0.3708	36.8026	48.8372	108.8841
10	0.0557	0.3028	-0.0816	1.917	-0.6689	0.3087	0.2575	-0.143	0.4331	0.4016	-0.0547	-0.0518	-0.337	0.182	0.0022	0.3681	0.0442	0.0413	1.0306	-0.3098	0.7441	11.8761	68.8214	108.1598

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 17:184)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 185:483)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 484:744)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 18:218)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 219:471)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 472:744)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and resseq 901
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and resseq 902
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and resseq 901
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and resseq 902

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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