PDB-5e7d: Crystal Structure of the fifth bromodomain of human PB1 in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e7d

タイトル

Crystal Structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with a hydroxyphenyl ligand

要素

Protein polybromo-1

キーワード

TRANSCRIPTION / Bromodomain / chemical probe / ligand / inhibitor / structural genomics consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of double-strand break repair / nuclear chromosome / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Owen, D. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with a hydroxyphenyl ligand
著者: Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Owen, D. / Knapp, S.

履歴

登録	2015年10月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/5e7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/5e7d	HTTPS FTP

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関連構造データ

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「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (5) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (5) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (5) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

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PDBj /

wwPDB /

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「今月の分子」の関連する項目

#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (5)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (5)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (5)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein polybromo-1

B: Protein polybromo-1

C: Protein polybromo-1

D: Protein polybromo-1

ヘテロ分子

59.4 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Protein polybromo-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Protein polybromo-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Protein polybromo-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Protein polybromo-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	40.790, 135.664, 56.045
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.600, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protein polybromo-1 / hPB1 / BRG1-associated factor 180 / BAF180 / Polybromo-1D / PB1 分子量: 14648.000 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 645-766 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PBRM1, BAF180, PB1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: Q86U86
#2: 化合物	ChemComp-5KL / (2E)-3-(dimethylamino)-1-(2-hydroxyphenyl)prop-2-en-1-one / (E)-1-(2-ヒドロキシフェニル)-3-(ジメチルアミノ)-2-プロペン-1-オン分子量: 191.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₃NO₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.52 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2M Na2SO4 20w/v PEG_3350 10v/v ethylene_glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.52 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年3月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.52 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.4 % / 数: 196359 / R_sym value: 0.069 / D res high: 1.866 Å / D res low: 23.819 Å / Num. obs: 44203 / % possible obs: 87.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
5.91	23.82	1	0.04	0.04	3.4
4.18	5.91	1	0.036	0.036	3.5
3.41	4.18	1	0.037	0.037	3.9
2.96	3.41	1	0.055	0.055	4.6
2.64	2.96	1	0.066	0.066	4.7
2.41	2.64	1	0.106	0.106	4.9
2.24	2.41	1	0.14	0.14	4.6
2.09	2.24	1	0.205	0.205	4.8
1.97	2.09	1	0.349	0.349	4.7
1.87	1.97	1	0.632	0.632	3.8

反射

解像度: 1.866→23.819 Å / Num. all: 44203 / Num. obs: 44203 / % possible obs: 87.7 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 29.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.079 / R_sym value: 0.069 / Net I/av σ(I): 6.492 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 196359

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.87-1.97	3.8	0.632	1	21051	5611	0.369	0.632	2	76.7
1.97-2.09	4.7	0.349	2.2	28913	6127	0.178	0.349	3.9	87.9
2.09-2.24	4.8	0.205	3.7	30577	6424	0.105	0.205	6.5	98.1
2.24-2.41	4.6	0.14	5.4	23759	5129	0.072	0.14	8.6	84.2
2.41-2.64	4.9	0.106	7	26916	5516	0.053	0.106	11.9	99.3
2.64-2.96	4.7	0.066	10.5	21035	4461	0.034	0.066	16.3	87.3
2.96-3.41	4.6	0.055	12	20371	4401	0.029	0.055	22.2	98.5
3.41-4.18	3.9	0.037	15.5	10119	2610	0.021	0.037	27.7	69.3
4.18-5.91	3.5	0.036	11.8	8915	2540	0.022	0.036	27.1	86.3
5.91-23.819	3.4	0.04	9.5	4703	1384	0.024	0.04	25.8	85.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 43.62 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	23.82 Å
Translation	2.5 Å	23.82 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.87→23.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / WR_factor R_free: 0.2411 / WR_factor R_work: 0.1956 / FOM work R set: 0.7919 / SU B: 7.658 / SU ML: 0.112 / SU R Cruickshank DPI: 0.1547 / SU R_free: 0.1512 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2483	1782	4.1 %	RANDOM
R_work	0.2007	-	-	-
obs	0.2026	41808	86.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.17 Å² / B_iso mean: 27.133 Å² / B_iso min: 7.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.57 Å²	0 Å²	-0.31 Å²
2-	-	-1.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.87→23.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3628	0	60	232	3920
B_iso mean	-	-	30.8	33.68	-
残基数	-	-	-	-	444

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	3764
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2585
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.364	2	5069
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.92	3.001	6276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.129	5	442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.741	24.205	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.816	15	710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.625	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	556
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4072
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	725
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.628	3	2235
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.171	3	869
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.278	5	3631
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.742	8	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.896	11	1437

LS精密化シェル

解像度: 1.87→1.918 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.466	130	-
R_work	0.407	3069	-
all	-	3199	-
obs	-	-	87.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8068	0.6701	0.067	3.6233	2.8075	0.8978	-0.021	-0.1156	0.0015	-0.0143	-0.0216	0.0374	0.3168	0.0737	0.0426	0.2612	-0.0015	0.0092	0.0103	0.0273	0.0417	11.7224	6.3855	-0.7252
2	1.3892	-1.3177	0.3348	1.3304	-0.8113	0.8402	-0.1047	-0.0442	0.0936	0.1405	0.0722	-0.0351	0.0137	-0.0438	0.0324	0.0449	-0.0014	0.0083	0.0836	0.0076	0.0687	7.0974	25.4476	6.9681
3	0.3137	0.3278	0.3034	1.5424	0.2555	1.4283	-0.0167	-0.006	0.0769	-0.0661	-0.0385	-0.021	0.141	0.0524	0.0552	0.0507	-0.0002	0.037	0.0831	0.0202	0.062	13.8891	20.7315	-0.0193
4	0.3573	-2.3112	-0.554	6.3603	2.9983	1.288	-0.0405	0.0059	-0.0057	-0.1136	0.0535	0.0452	-0.2252	0.1054	-0.013	0.195	-0.0314	0.0193	0.0166	0.0113	0.0391	32.4997	57.0309	-0.499
5	0.8937	0.8844	-1.0975	1.2594	-0.4752	1.3418	0.0329	0.0862	-0.0811	-0.0108	-0.002	0.0602	-0.1647	-0.0669	-0.0309	0.0179	-0.0054	0.0211	0.1138	0.0157	0.0754	26.92	38.3164	-8.746
6	0.3723	-0.221	-0.2506	3.471	0.4618	1.5711	-0.0412	0.0184	-0.0513	0.2907	0.0071	-0.0775	-0.0975	0.1032	0.0341	0.0513	-0.0059	0.0022	0.0729	0.0103	0.0529	33.864	43.3808	-1.0849
7	0.3386	1.7095	-1.3005	3.7468	-1.2567	2.2531	-0.0641	-0.2083	0.04	-0.1687	0.1068	0.2873	-0.5575	0.1015	-0.0427	0.2592	0.0117	-0.0359	0.0122	0.012	0.0286	25.4588	59.2224	-24.9906
8	0.0406	-0.1929	0.2294	1.2393	-0.2911	1.3732	-0.0563	-0.0288	-0.0866	-0.2044	0.0659	0.105	-0.1889	0.0894	-0.0096	0.114	-0.0271	-0.0083	0.0633	-0.0099	0.0374	28.1164	44.2945	-27.0068
9	-0.752	1.1046	0.4915	9.9989	-5.9672	13.6863	0.0047	0.0025	0.0567	-0.1371	0.1583	0.4298	-0.4337	-0.4794	-0.163	0.1139	0.0523	-0.1684	0.0114	0.0727	0.1824	16.0423	54.5292	-29.6238
10	0.7443	-0.1539	0.9843	2.0461	-0.4224	2.9957	0.0052	0.154	-0.0089	0.2193	0.0719	-0.0594	0.1542	0.3456	-0.077	0.079	0.0312	0.0138	0.1013	-0.019	0.0393	7.4616	18.3031	-33.7119
11	1.4449	-0.2935	-1.2221	4.2903	0.7911	2.4755	-0.115	0.0717	0.2641	0.0261	0.2283	-0.126	-0.0249	0.3726	-0.1133	0.0247	-0.0355	-0.0518	0.1561	-0.0085	0.076	12.8962	31.001	-29.9105
12	0.7499	-0.7161	0.8882	1.7939	0.5118	1.9479	-0.1624	-0.0499	0.1022	0.2956	0.0913	0.0246	0.0129	-0.0488	0.0711	0.0898	0.0186	0.018	0.0656	0.0024	0.0313	2.479	24.9601	-28.6845

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	621 - 639
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	640 - 671
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	672 - 731
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	621 - 640
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	641 - 671
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	672 - 731
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	621 - 646
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	647 - 720
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	721 - 731
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	621 - 660
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	661 - 680
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	681 - 731

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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