PDB-5e6t: Crystal structure of bovine norovirus P domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e6t

タイトル

Crystal structure of bovine norovirus P domain

要素

Capsid

キーワード

VIRAL PROTEIN / Protruding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus Bo/GIII/B309/2003/BEL (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Singh, B.K. / Hansman, G.S.

資金援助

ドイツ,

中国, 2件

引用

ジャーナル: Virology / 年: 2015
タイトル: Structural analysis of bovine norovirus protruding domain.
著者: Singh, B.K. / Koromyslova, A. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2015年10月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e6t.cif.gz	236.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e6t.ent.gz	188.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e6t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5e6t_validation.pdf.gz	430.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5e6t_full_validation.pdf.gz	431.7 KB	表示
XML形式データ	5e6t_validation.xml.gz	23.1 KB	表示
CIF形式データ	5e6t_validation.cif.gz	32.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/5e6t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/5e6t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2zl5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4p2n-2 2zl5-d 4p1v-1 7cd9-d 3cls-d 4dg8-d 3by1-2 4p25-2 7c9n-d 2zl7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid

B: Capsid

ヘテロ分子

63.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.920, 63.860, 87.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 115.060, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	GLY	GLY	chain A	A	A	220 - 507	1 - 288
2	PHE	PHE	chain B	B	B	224 - 507	5 - 288

#1: タンパク質	Capsid 分子量: 31357.143 Da / 分子数: 2 / 断片: P DOMAIN, UNP residues 225-530 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Norovirus Bo/GIII/B309/2003/BEL (ウイルス) プラスミド: MBP-HTSHP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E6Y5B1
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.33 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 3350, Zinc acetate, imidazole

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97924 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月3日

放射

モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97924 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→40.81 Å / Num. obs: 28691 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 26.03 Å² / R_merge F obs: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.139 / R_rim(I) all: 0.155 / Χ²: 0.897 / Net I/σ(I): 10.53 / Num. measured all: 144036

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.2-2.28		4.6	0.779	0.641	2.79	8756	2128	1959	0.756	92.1
2.26-2.32			0.855	0.558	3.63	10731	2082	2076	0.618	99.7
2.32-2.38			0.871	0.544	3.9	10509	2017	2009	0.602	99.6
2.38-2.46			0.889	0.473	4.42	10130	1968	1959	0.524	99.5
2.46-2.54			0.92	0.435	4.7	9593	1888	1881	0.482	99.6
2.54-2.63			0.939	0.354	5.69	9055	1838	1824	0.393	99.2
2.63-2.73			0.934	0.315	6	8096	1785	1772	0.354	99.3
2.73-2.84			0.961	0.276	7.27	8610	1717	1709	0.306	99.5
2.84-2.96			0.979	0.223	8.91	8469	1637	1633	0.246	99.8
2.96-3.11			0.985	0.182	10.63	8146	1561	1554	0.201	99.6
3.11-3.28			0.989	0.147	12.57	7729	1500	1491	0.162	99.4
3.28-3.48			0.991	0.122	14.5	7021	1424	1416	0.135	99.4
3.48-3.72			0.993	0.094	17.28	6560	1337	1333	0.104	99.7
3.72-4.01			0.995	0.083	19.34	6608	1249	1245	0.091	99.7
4.01-4.4			0.997	0.064	23.03	5885	1145	1138	0.071	99.4
4.4-4.91			0.996	0.064	22.86	5229	1052	1047	0.071	99.5
4.91-5.68			0.996	0.063	22.05	4268	907	901	0.071	99.3
5.68-6.95			0.995	0.064	23.05	4133	795	792	0.071	99.6
6.95-9.83			0.997	0.057	24.32	2923	617	606	0.064	98.2
	9.83		0.996	0.054	28.73	1585	356	346	0.06	97.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.04 Å	40.81 Å
Translation	7.04 Å	40.81 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.3	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZL5

2zl5

解像度: 2.27→40.81 Å / FOM work R set: 0.8297 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2412	1311	5 %
R_work	0.1948	24901	-
obs	0.1971	26212	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 92.07 Å² / B_iso mean: 26.05 Å² / B_iso min: 0 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.27→40.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4382	0	8	218	4608
B_iso mean	-	-	54.99	26.66	-
残基数	-	-	-	-	572

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4539
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.783	6211
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	684
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	832
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.869	1599

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2540	X-RAY DIFFRACTION	8.21	TORSIONAL
1	2	B	2540	X-RAY DIFFRACTION	8.21	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2701-2.361	0.2881	146	0.2314	2770	2916	100
2.361-2.4684	0.315	144	0.2311	2734	2878	100
2.4684-2.5985	0.2619	144	0.226	2747	2891	100
2.5985-2.7613	0.3043	144	0.2279	2742	2886	99
2.7613-2.9744	0.2505	146	0.2109	2756	2902	100
2.9744-3.2736	0.2635	144	0.2005	2753	2897	100
3.2736-3.7471	0.2293	146	0.1884	2771	2917	100
3.7471-4.7198	0.2057	147	0.1571	2786	2933	100
4.7198-40.8167	0.2049	150	0.1822	2842	2992	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0714	0.5163	-0.0352	1.4323	-0.1902	1.5627	-0.0243	-0.0496	0.0222	-0.1349	-0.0225	0.1253	0.0249	-0.1025	0.0534	0.0934	0.0268	-0.0169	0.1341	-0.0164	0.0759	90.3892	-8.2301	94.0131
2	1.3813	0.4153	1.2502	1.0993	0.1981	2.1034	-0.0553	-0.0521	0.1329	0.135	-0.0432	0.0844	-0.3363	-0.0443	0.0834	0.1792	0.0189	-0.0069	0.1391	0.0101	0.1138	93.0749	-1.2157	112.3644
3	1.1979	-0.0039	1.3785	4.3998	0.5691	3.1506	-0.0527	-0.5626	0.019	0.3145	-0.0882	0.6263	-0.2872	-0.6026	-0.0513	0.2606	0.0965	0.0265	0.3196	0.0172	0.1057	91.0419	-1.8899	118.4737
4	2.0736	-0.0651	-0.1839	0.8693	-0.2065	1.8988	0.0565	-0.3861	-0.0392	0.2285	-0.0852	0.0354	-0.0983	0.1154	0.0024	0.2098	0.0061	-0.0383	0.1701	0.0333	0.1457	102.8226	-4.8639	114.2682
5	0.7161	0.1566	-0.0146	1.0351	0.6384	3.9167	0.1271	-0.1327	-0.0773	0.0771	-0.1063	-0.2586	-0.7364	0.1995	0.019	0.2207	-0.0171	-0.0359	0.1685	0.0474	0.1775	105.5236	1.2332	113.7582
6	2.2269	0.3497	0.0234	0.7067	0.1249	1.8061	0.0445	-0.0666	-0.1927	0.084	-0.0511	-0.0854	0.2772	-0.0099	0.0211	0.1919	0.0081	-0.0017	0.128	-0.0014	0.1192	94.5766	-12.3167	100.4254
7	0.5787	0.0003	-0.15	2.1819	-0.3586	1.6976	-0.3546	0.3947	0.3234	-0.1114	0.4631	0.5314	0.0235	-0.5211	0.0548	0.2357	-0.0712	-0.0736	0.4504	0.0313	0.2219	80.2618	-8.1535	84.0922
8	1.6351	0.3808	0.6278	0.9039	0.0558	0.2416	-0.0094	0.075	-0.3476	-0.0186	0.0187	-0.0638	0.2319	0.0082	-0.0926	0.1788	-0.0256	0.0079	0.1922	-0.0456	0.1681	89.2058	-15.3611	85.4715
9	2.1776	0.8328	0.6781	1.4831	-0.2428	1.3874	-0.0108	0.3236	-0.156	-0.1325	0.2891	0.5669	0.4511	-0.6386	0.1198	0.1549	-0.0976	-0.0048	0.4971	0.0043	0.3354	79.7893	-16.0697	84.1661
10	2.5961	0.4663	0.2514	1.5915	0.1202	2.2673	0.3087	-0.0982	-0.1925	-0.2144	-0.0592	0.1057	-0.1879	0.0104	-0.201	0.196	0.0769	0.021	0.1629	0.002	0.2026	86.1307	10.5867	100.9326
11	1.5867	-0.6671	-0.9043	1.3561	-0.0969	1.2039	0.2589	-0.0783	0.261	0.0188	-0.0714	-0.1416	-0.2237	-0.0518	-0.117	0.2163	0.0132	-0.0048	0.1091	0.0119	0.1676	97.6585	16.5754	93.7138
12	2.143	0.3082	-0.4685	1.6591	-0.3796	2.3656	0.0289	0.1031	0.0767	-0.0576	0.0065	-0.1872	-0.0851	0.1135	-0.0256	0.192	0.0084	0.0063	0.121	0.0206	0.1364	109.8743	13.2015	92.1644
13	3.1978	-0.5393	-1.3212	2.3137	0.7231	2.3173	0.0616	-0.364	-0.2165	0.1822	-0.0956	-0.3068	0.0316	0.2995	0.0521	0.2294	-0.0025	-0.0552	0.1463	0.0442	0.1595	112.9236	8.9784	98.7241
14	1.8071	-0.1282	1.0272	0.8958	-0.4797	1.9016	-0.072	0.0429	0.4871	0.1378	-0.0863	0.031	-0.4992	0.1395	0.1393	0.3655	0.0199	0.0995	0.2017	-0.0252	0.2782	103.019	25.6784	95.145
15	1.3094	-0.2096	-0.0229	0.7346	0.6196	1.0531	0.25	-0.1039	0.373	-0.03	0.0075	-0.01	-0.107	0.0237	-0.1429	0.2487	-0.0101	0.0963	0.1571	-0.0076	0.2396	93.5286	23.3949	100.9818
16	2.0801	0.3809	0.4987	1.7946	0.6405	2.2668	0.2209	-0.098	-0.2518	-0.1236	0.08	-0.1762	-0.1217	-0.5178	0.0403	0.1961	0.0362	0.0254	0.2195	0.0446	0.1351	85.9688	12.1181	94.0126
17	1.9862	-0.0839	0.1559	2.0272	0.1712	1.7979	0.2956	0.0577	-0.0083	-0.0724	-0.2275	0.5051	-0.1035	-0.3129	-0.0427	0.2741	0.0547	-0.0265	0.2279	0.0554	0.4261	73.6151	15.9049	96.2427
18	0.4972	0.0001	0.2723	0.7934	-0.1538	0.4997	0.1292	0.0659	0.4897	0.3179	0.0772	0.2695	-0.5162	0.0781	0.1596	0.5036	0.1042	0.1183	0.1249	0.0142	0.3141	79.2449	23.8681	102.3545
19	0.4093	-0.2918	-0.186	2.1592	0.0671	1.4179	0.175	0.3064	0.329	-0.2901	-0.1976	0.5248	0.0411	-0.4306	0.3707	0.2752	0.2121	0.0538	0.2598	0.0524	0.2701	72.6187	23.076	95.4901

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 220 through 264 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 265 through 293 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 294 through 313 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 314 through 355 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 356 through 373 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 374 through 441 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 442 through 461 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 462 through 490 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 491 through 507 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 224 through 244 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 245 through 293 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 294 through 355 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 356 through 373 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 374 through 393 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 394 through 425 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 426 through 441 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 442 through 461 )	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 462 through 490 )	B
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 491 through 507 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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