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- PDB-5e6g: Crystal Structure of De Novo Designed Protein CA01 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e6g
タイトルCrystal Structure of De Novo Designed Protein CA01
要素De novo designed protein CA01
キーワードDE NOVO PROTEIN / Computational Design / Protein Engineering
機能・相同性PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Jacobs, T.M. / Williams, T. / Kuhlman, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM073960 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Design of structurally distinct proteins using strategies inspired by evolution.
著者: Jacobs, T.M. / Williams, B. / Williams, T. / Xu, X. / Eletsky, A. / Federizon, J.F. / Szyperski, T. / Kuhlman, B.
履歴
登録2015年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: De novo designed protein CA01
B: De novo designed protein CA01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4356
ポリマ－31,0612
非ポリマー3744
水2,306128
1
A: De novo designed protein CA01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6252
ポリマ－15,5301
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: De novo designed protein CA01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8104
ポリマ－15,5301
非ポリマー2793
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: De novo designed protein CA01
B: De novo designed protein CA01
ヘテロ分子

A: De novo designed protein CA01
B: De novo designed protein CA01
ヘテロ分子

A: De novo designed protein CA01
B: De novo designed protein CA01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,30518
ポリマ－93,1836
非ポリマー1,12212
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area11900 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area28430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.537, 116.537, 57.215
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

PO4

21B-201-

PO4

31B-201-

PO4

41A-339-

HOH

51A-358-

HOH

61B-327-

HOH

71B-354-

HOH

詳細Monomer according to SEC/MALS

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要素

#1: タンパク質 De novo designed protein CA01


分子量: 15530.472 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris:HCL, pH 8.5 - 1.0M Ammonium Phosphate Dibasic

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データ収集

回折平均測定温度: 63 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→58.27 Å / Num. obs: 17000 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/σ(I): 13.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.09→37.85 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.28 / 位相誤差: 25.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 1596 5.11 %
Rwork0.2 --
obs0.202 31223 90.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→37.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1830 0 22 128 1980
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031876
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6162521
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.964728
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026265
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002334
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.086-2.15330.3871480.33242201X-RAY DIFFRACTION75
2.1533-2.23030.34371400.31032701X-RAY DIFFRACTION92
2.2303-2.31960.31951550.30732689X-RAY DIFFRACTION90
2.3196-2.42510.26791390.23152772X-RAY DIFFRACTION92
2.4251-2.55290.28351500.21682741X-RAY DIFFRACTION93
2.5529-2.71280.23231560.19942776X-RAY DIFFRACTION93
2.7128-2.92220.21751420.1992776X-RAY DIFFRACTION93
2.9222-3.21620.26021320.19762795X-RAY DIFFRACTION93
3.2162-3.68120.2381380.17622770X-RAY DIFFRACTION92
3.6812-4.63660.16861430.15762691X-RAY DIFFRACTION90
4.6366-37.85170.19741530.1782715X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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