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万見
- PDB-5e61: Structure of amyloid-forming peptide FGAILSS (residues 23-29) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5.0E+61
タイトルStructure of amyloid-forming peptide FGAILSS (residues 23-29) from islet amyloid polypeptide
要素FGAILSS (residues 23-29) from islet amyloid polypeptide
キーワードde novo protein / membrane protein / amyloid-like protofibril / Protein Fibril
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Soriaga, A.B. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2016
タイトル: Crystal Structures of IAPP Amyloidogenic Segments Reveal a Novel Packing Motif of Out-of-Register Beta Sheets.
著者: Soriaga, A.B. / Sangwan, S. / Macdonald, R. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.
履歴
登録2015年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月20日Group: Database references
改定 1.22016年7月20日Group: Database references
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FGAILSS (residues 23-29) from islet amyloid polypeptide
B: FGAILSS (residues 23-29) from islet amyloid polypeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,3882
ポリマ－1,3882
非ポリマー00
水00
1
A: FGAILSS (residues 23-29) from islet amyloid polypeptide
x 5
B: FGAILSS (residues 23-29) from islet amyloid polypeptide
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,63211
ポリマ－7,63211
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z2
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z2
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z2
crystal symmetry operation1_645x+1,y-1,z2
crystal symmetry operation1_665x+1,y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)8.770, 9.500, 24.740
Angle α, β, γ (deg.)88.22, 80.00, 70.34
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド FGAILSS (residues 23-29) from islet amyloid polypeptide


分子量: 693.790 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 10.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 6.4mg/ml in 20mM Lithium hydroxide and mixed with 0.1M HEPES pH 6.5 and 0.5M Sodium Formate

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→4.38 Å / Num. obs: 647 / % possible obs: 93.36 % / 冗長度: 5.217 % / Rmerge(I) obs: 0.241 / Net I/σ(I): 4.29
反射 シェル解像度: 1.79→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.696 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 72.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.79→4.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 5.8 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21833 65 10 %RANDOM
Rwork0.16661 ---
obs0.17221 582 93.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.919 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å2-0.39 Å20.41 Å2
2---0.6 Å2-0 Å2
3---0.71 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.79→4.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数98 0 0 0 98
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0298
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0297
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg22.022130
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7643221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.168512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.404202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.4851514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.4871.95854
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8971.84753
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.2682.75664
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.4452.83165
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9112.67844
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3052.57943
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.0833.81866
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.717.89491
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.97718.33992
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.788→1.835 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.507 2 -
Rwork0.331 22 -
obs--52.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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