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- PDB-1ptx: CRYSTAL STRUCTURE OF TOXIN II FROM THE SCORPION ANDROCTONUS AUSTR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ptx
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TOXIN II FROM THE SCORPION ANDROCTONUS AUSTRALIS HECTOR REFINED AT 1.3 ANGSTROMS RESOLUTION
要素SCORPION TOXIN II
キーワードTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel inhibitor activity / defense response / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like ...Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-mammal toxin AaH2
類似検索 - 構成要素
生物種Androctonus australis (サソリ)
手法X線回折 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Fontecilla-Camps, J.C. / Housset, D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of toxin II from the scorpion Androctonus australis Hector refined at 1.3 A resolution.
著者: Housset, D. / Habersetzer-Rochat, C. / Astier, J.P. / Fontecilla-Camps, J.C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Evol. / 年: 1989
タイトル: Three-Dimensional Model of the Insect-Directed Scorpion Toxin from Androctonus Australis Hector and its Implication for the Evolution of Scorpion Toxins in General
著者: Fontecilla-Camps, J.C.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1988
タイトル: Orthorhombic Crystals and Three-Dimensional Structure of the Potent Toxin II from the Scorpion Androctonus Australis Hector
著者: Fontecilla-Camps, J.C. / Habersetzer-Rochat, C. / Rochat, H.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1980
タイトル: Three-Dimensional Structure of a Protein from Scorpion Venom: A New Structural Class of Neurotoxin
著者: Fontecilla-Camps, J.C. / Almassy, R.J. / Suddath, F.L. / Watt, D.D. / Bugg, C.E.
履歴
登録1994年9月2日処理サイト: BNL
改定 1.01995年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.classification
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52024年10月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SCORPION TOXIN II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2621
ポリマ－7,2621
非ポリマー00
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.940, 40.680, 29.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SCORPION TOXIN II


分子量: 7262.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Androctonus australis (サソリ) / 参照: UniProt: P01484
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.09 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.8 / 手法: seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15-10 mg/mltoxin11
20.2 M11NH4CH3COO

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. all: 14393 / Num. obs: 13619 / % possible obs: 94.6 % / Rmerge(I) obs: 0.12
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 1.32 Å / % possible obs: 86.1 % / Num. possible: 693 / Num. unique obs: 597

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.3→7 Å / σ(F): 2.5 /
Rfactor反射数
Rwork0.148 -
obs0.148 13501
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数521 0 0 117 638
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.2623
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.7793.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.434
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.475
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR/PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.148
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.030.028
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.050.047
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.020.018
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.150.186
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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