PDB-5e5m: Crystal structure of mouse CTLA-4 in complex with nanobody

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e5m

タイトル

Crystal structure of mouse CTLA-4 in complex with nanobody

要素

CTLA-4 nanobody
Cytotoxic T-lymphocyte protein 4

キーワード

IMMUNE SYSTEM / treatment of metastatic melanomas

機能・相同性

機能・相同性情報

Co-inhibition by CTLA4 / Co-stimulation by CD28 / protein complex involved in cell adhesion / regulation of T cell proliferation / adaptive immune response / external side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Camelidae (哺乳類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.182 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Samanta, D. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse CTLA-4 in complex with nanobody
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Samanta, D. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C.

履歴

登録	2015年10月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月30日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / struct / struct_keywords Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct.pdbx_descriptor / _struct_keywords.text
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e5m.cif.gz	355.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e5m.ent.gz	293.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e5m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5e5m_validation.pdf.gz	494.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5e5m_full_validation.pdf.gz	504.4 KB	表示
XML形式データ	5e5m_validation.xml.gz	32.1 KB	表示
CIF形式データ	5e5m_validation.cif.gz	44.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/5e5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/5e5m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5e03 5e56
類似構造データ	5lto-1 2j8i-d 2lwj-d 2l81-d 2etc-2 5t65-2 2qsj-d 4s10-1 5lt9-1 3aos-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4

B: CTLA-4 nanobody

C: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4

D: CTLA-4 nanobody

E: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4

F: CTLA-4 nanobody

G: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4

H: CTLA-4 nanobody

ヘテロ分子

107 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4

B: CTLA-4 nanobody

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4

D: CTLA-4 nanobody

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4

F: CTLA-4 nanobody

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4

H: CTLA-4 nanobody

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.220, 111.572, 112.881
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cytotoxic T-lymphocyte protein 4 / Cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 4 / CTLA-4 分子量: 12927.545 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ctla4, Cd152 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09793
#2: 抗体	CTLA-4 nanobody 分子量: 13685.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae (哺乳類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: Sodium/Potassium Phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.182→19.969 Å / Num. obs: 98782 / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 7.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8_1069	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 2.182→19.969 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.09 / 位相誤差: 28.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2467	4055	4.1 %
R_work	0.1928	-	-
obs	0.195	98782	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.182→19.969 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6879	0	6	81	6966

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7032
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.08	9567
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.848	2486
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	1114
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1229

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1824-2.2081	0.3594	187	0.3155	3213	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2081-2.2349	0.3695	128	0.3052	3317	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2349-2.2632	0.3636	178	0.3011	3168	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2632-2.2929	0.3563	129	0.2867	3317	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2929-2.3243	0.3687	142	0.2729	3253	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3243-2.3575	0.3537	134	0.2687	3263	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3575-2.3926	0.2803	125	0.2554	3274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3926-2.4299	0.2941	115	0.2594	3301	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4299-2.4697	0.3077	119	0.2459	3296	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4697-2.5122	0.3865	150	0.2558	3259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5122-2.5578	0.3195	151	0.2577	3252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5578-2.6069	0.3589	133	0.2493	3298	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6069-2.66	0.3578	152	0.2396	3237	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.7177	0.2815	150	0.2436	3293	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7177-2.7807	0.2896	137	0.2213	3271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7807-2.8501	0.3251	127	0.2167	3281	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8501-2.9269	0.2872	146	0.2251	3270	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9269-3.0127	0.251	131	0.2272	3310	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0127-3.1096	0.2746	144	0.222	3267	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1096-3.2203	0.2984	147	0.2109	3252	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2203-3.3487	0.2406	125	0.21	3262	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3487-3.5003	0.2474	131	0.1959	3310	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5003-3.6838	0.2333	155	0.1761	3282	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6838-3.913	0.2324	130	0.1758	3272	X-RAY DIFFRACTION	100
3.913-4.2125	0.2253	128	0.157	3264	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2125-4.6316	0.1802	152	0.1333	3279	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6316-5.2909	0.1589	148	0.1258	3260	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2909-6.6253	0.1988	113	0.1564	3301	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6253-19.9693	0.1769	148	0.1603	3105	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.945	0.1067	0.6273	5.4891	2.7201	6.8974	0.1563	-0.2391	0.0061	0.2725	0.0026	-0.226	0.1548	0.0023	-0.1614	0.3034	-0.0445	-0.0343	0.385	0.0289	0.284	23.9934	54.3556	35.4089
2	4.1519	1.6054	0.7999	4.4007	0.2015	2.3612	0.0801	0.6345	-0.3815	-0.7003	0.1226	-0.1923	0.3216	0.2551	-0.1976	0.6375	0.0326	-0.0205	0.4869	-0.0539	0.3634	18.0497	34.065	12.6317
3	5.491	0.7871	2.4618	2.628	-1.5497	3.0452	-0.3856	-0.1051	0.4299	0.2994	0.2562	0.0332	-0.6066	-0.2289	0.141	0.5866	0.0697	-0.0751	0.343	-0.0329	0.4497	-1.4892	22.2063	20.3444
4	2.2757	1.4029	1.8646	6.6328	4.6051	7.9254	0.2855	-0.1217	-0.3482	0.4899	0.0686	0.1511	0.8727	0.3349	-0.3161	0.6073	0.0896	-0.1126	0.4139	0.0171	0.3876	18.0581	22.0501	44.765
5	1.6151	0.3411	0.0239	1.7264	2.382	8.7639	0.0677	0.0749	-0.2506	-0.3174	-0.1093	0.0648	0.4901	-0.0997	0.0207	0.5573	-0.0305	-0.0519	0.3786	0.0455	0.584	-6.8785	49.5814	25.0202
6	1.2055	-0.6035	0.0864	3.7527	0.5186	3.9798	0.037	-0.3381	-0.2124	0.6353	-0.097	0.3124	0.1455	-0.024	0.0702	0.545	-0.0961	0.0253	0.5241	0.1255	0.5192	-1.956	51.764	55.1012
7	4.261	-1.7749	3.2685	1.9317	-1.1682	5.4767	0.0191	-0.1052	-0.0913	0.0524	0.0863	0.0628	0.1104	0.1124	-0.0877	0.5253	0.0214	0.0602	0.4049	-0.0156	0.3412	-17.4625	10.4453	47.2643
8	2.6884	-1.4819	0.332	6.9435	-1.1475	4.709	-0.0395	0.0224	0.3642	0.1336	0.0774	0.0413	-0.5041	-0.3061	-0.0359	0.3405	0.066	-0.0245	0.4197	0.0211	0.4222	-31.586	30.0281	27.4266

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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