PDB-5e5h: Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase (AarCH6) bound to acetate an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e5h

タイトル

Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase (AarCH6) bound to acetate and degradation products from the acetyl-CoA analogue dethiaacetyl-CoA

要素

Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase

キーワード

TRANSFERASE / Tricarboxylic acid cycle / Acidophile / coenzyme analogue

機能・相同性

機能・相同性情報

succinyl-CoA:acetate CoA-transferase / acetate catabolic process / propionate metabolic process, methylcitrate cycle / acetyl-CoA hydrolase activity / acetate CoA-transferase activity / succinyl-CoA catabolic process / acetate metabolic process / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / acetyl-CoA metabolic process / transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Acetobacter aceti (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.052 Å

データ登録者

Mullins, E.A. / Kappock, T.J.

引用

ジャーナル: Front Chem / 年: 2016
タイトル: Functional Dissection of the Bipartite Active Site of the Class I Coenzyme A (CoA)-Transferase Succinyl-CoA:Acetate CoA-Transferase.
著者: Murphy, J.R. / Mullins, E.A. / Kappock, T.J.

履歴

登録	2015年10月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2016年5月18日	ID: 4FAC
改定 1.0	2016年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e5h.cif.gz	411.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e5h.ent.gz	336.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e5h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/5e5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/5e5h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ddkC 5dw4C 5dw5C 5dw6C 4eu9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4eu3-d 4eu9-d 4eud-d 5dw4-d 2nvv-2 4eu5-d 1ft1-d 4eua-d 4eu6-d 5dw6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase

B: Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.192, 109.844, 119.682
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase 分子量: 56062.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acetobacter aceti (バクテリア) / 株: 1023 / 遺伝子: AZ09_02565 / プラスミド: pET23a / 詳細 (発現宿主): pJK385 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: A0A063X8M7, UniProt: B3EY95*PLUS

#1: タンパク質

Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase

分子量: 56062.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Acetobacter aceti (バクテリア) / 株: 1023 / 遺伝子: AZ09_02565 / プラスミド: pET23a / 詳細 (発現宿主): pJK385 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: A0A063X8M7, UniProt: B3EY95*PLUS

-
非ポリマー , 7種, 611分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-0T1 / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3R)-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-4-[[3-oxidanylidene-3-(propylamino)propyl]amino]butyl] hydrogen phosphate / DETHIACOENZYME A 分子量: 749.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₈N₇O₁₆P₃
#4: 化合物	ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド分子量: 44.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O
#5: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#6: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#7: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 598 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 0.9 M sodium citrate, 0.1 M imidazole, 25 mM 2-mercaptoethanol, 10 mM dethiaacetyl-CoA

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月23日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 55051 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.3 % / R_sym value: 0.125 / Net I/σ(I): 24.4
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 12.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / R_sym value: 0.64 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4eu9

4eu9

解像度: 2.052→41.393 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1937	2740	4.99 %	same as 4fac
R_work	0.1511	-	-	-
obs	0.1533	54907	97.8 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.052→41.393 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7749	0	125	598	8472

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	8108
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.376	10999
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.967	3015
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1212
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1459

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0521-2.0875	0.2379	132	0.1802	2552	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0875-2.1254	0.2084	126	0.1718	2515	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1254-2.1663	0.2319	135	0.1675	2573	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1663-2.2105	0.2603	134	0.1627	2527	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2105-2.2586	0.2234	141	0.1715	2555	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2586-2.3111	0.2208	131	0.1755	2536	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3111-2.3689	0.24	136	0.1611	2553	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3689-2.433	0.2296	125	0.1571	2542	X-RAY DIFFRACTION	97
2.433-2.5045	0.2149	137	0.1604	2547	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5045-2.5854	0.2289	135	0.1593	2557	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5854-2.6778	0.2305	136	0.1659	2571	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6778-2.7849	0.2458	127	0.1677	2589	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7849-2.9117	0.2081	147	0.1644	2609	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9117-3.0651	0.2005	140	0.1681	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0651-3.2571	0.1946	141	0.1579	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2571-3.5085	0.2024	138	0.148	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5085-3.8613	0.1577	140	0.1302	2670	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8613-4.4195	0.1519	143	0.1169	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4195-5.5659	0.1395	147	0.1275	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5659-41.4018	0.161	149	0.1501	2867	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9691	0.3735	0.3248	0.2868	-0.0446	0.7699	-0.0091	-0.1374	0.162	0.0624	-0.0362	-0.0966	-0.1195	0.3215	0.0292	0.1201	-0.032	-0.0291	0.2567	-0.0001	0.207	17.5589	9.9309	-9.3236
2	1.0431	0.1382	0.0235	0.4473	0.0562	0.9296	0.0057	-0.187	0.0034	0.0719	-0.0366	-0.0527	0.0124	0.1785	0.0265	0.1005	0.0057	-0.0099	0.1447	0.0126	0.1418	6.1379	3.9269	-7.319
3	1.7279	-0.715	1.9926	0.3421	-0.5423	2.4908	-0.1484	0.1298	0.6238	0.0322	-0.0525	0.0559	-0.2474	0.1291	0.1929	0.1685	0.0359	-0.0227	0.1605	-0.048	0.2382	-15.3334	18.9716	-16.5691
4	5.9285	1.6428	0.1866	5.8682	-1.2952	4.0653	-0.1321	0.2226	0.4408	0.0647	-0.1501	-0.0468	-0.3727	0.0055	0.2498	0.1468	0.0143	-0.0501	0.1658	-0.0012	0.1419	-20.9443	13.8814	-12.3142
5	0.5255	-0.1622	-0.0254	0.152	0.0837	2.1443	-0.0185	-0.0563	0.0907	0.0257	-0.0035	-0.0055	-0.1623	0.0146	0.0177	0.1131	-0.0137	-0.0157	0.105	0.0063	0.1643	-11.4353	9.7469	-15.0934
6	0.997	0.1993	-0.2477	0.9558	0.4793	0.8678	-0.0617	0.204	0.1263	-0.1531	-0.0151	0.0567	-0.1033	-0.1564	0.0363	0.1302	0.0094	-0.0408	0.1587	0.0442	0.1397	-18.9629	7.1713	-40.5595
7	1.1837	0.1668	-0.7715	0.5107	-0.6081	1.1232	-0.2265	0.3674	-0.1496	-0.0073	0.0755	0.1604	0.4994	-0.7115	-0.0325	0.2277	-0.235	0.0662	0.4167	-0.0806	0.2064	-35.9272	-17.7282	-25.9629
8	1.3894	0.5951	-0.512	1.1199	0.2291	0.86	-0.218	-0.0781	-0.1762	0.2769	-0.0117	0.1272	0.5199	-0.3381	0.0286	0.3758	-0.1295	0.1036	0.2469	-0.0113	0.1817	-30.4344	-21.5017	-9.7506
9	1.335	-0.4654	-1.0689	0.3303	0.1398	1.0779	-0.5238	0.4368	-0.6221	0.1681	0.1401	0.0715	0.7765	-0.1234	0.1958	0.413	0.0505	0.1205	0.0743	0.0105	0.3098	-6.4725	-29.077	-26.5209
10	5.7287	0.8602	-1.0759	2.7576	-0.2444	1.6804	-0.2013	0.4373	-0.4668	0.2718	0.2195	-0.072	0.2684	0.1649	-0.0293	0.3405	0.0617	0.0193	0.1454	-0.0016	0.2069	-3.5195	-26.5961	-17.4148
11	0.7729	-0.0389	-0.2261	0.4378	0.2766	0.6967	-0.0675	0.0225	-0.1904	0.1198	-0.0224	0.0256	0.319	-0.0146	0.0103	0.2327	-0.009	0.0298	0.073	0.005	0.1844	-10.0601	-20.1011	-23.6642
12	1.3972	0.5797	0.7125	1.8969	0.5444	1.4971	-0.0416	0.1649	-0.0282	-0.1248	0.0384	-0.1727	0.0249	0.2093	-0.0104	0.0922	0.0057	0.0377	0.1489	0.0088	0.1259	2.0235	-7.0813	-42.3438

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 76 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 77 through 223 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 224 through 255 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 256 through 283 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 284 through 430 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 431 through 512 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 139 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 140 through 223 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 224 through 255 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 256 through 294 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 295 through 445 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 446 through 505 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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