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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5e5h | |||||||||
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タイトル | Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase (AarCH6) bound to acetate and degradation products from the acetyl-CoA analogue dethiaacetyl-CoA | |||||||||
![]() | Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / Tricarboxylic acid cycle / Acidophile / coenzyme analogue | |||||||||
機能・相同性 | ![]() succinyl-CoA:acetate CoA-transferase / acetate catabolic process / propionate metabolic process, methylcitrate cycle / acetyl-CoA hydrolase activity / acetate CoA-transferase activity / succinyl-CoA catabolic process / acetate metabolic process / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / acetyl-CoA metabolic process / transferase activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Mullins, E.A. / Kappock, T.J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Functional Dissection of the Bipartite Active Site of the Class I Coenzyme A (CoA)-Transferase Succinyl-CoA:Acetate CoA-Transferase. 著者: Murphy, J.R. / Mullins, E.A. / Kappock, T.J. #1: ![]() タイトル: Crystal structures of Acetobacter aceti succinyl-coenzyme A (CoA):acetate CoA-transferase reveal specificity determinants and illustrate the mechanism used by class I CoA-transferases. 著者: Mullins, E.A. / Kappock, T.J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 411.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 336.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 56062.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 611分子 ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/0T1.gif)
![](data/chem/img/ACE.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
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![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ACE / | #5: 化合物 | ChemComp-FMT / | #6: 化合物 | ChemComp-IMD / #7: 化合物 | ChemComp-ACT / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.6 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 0.9 M sodium citrate, 0.1 M imidazole, 25 mM 2-mercaptoethanol, 10 mM dethiaacetyl-CoA |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月23日 |
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 55051 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.3 % / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 24.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 12.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Rsym value: 0.64 / % possible all: 97.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4eu9 解像度: 2.052→41.393 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.31 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.052→41.393 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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