PDB-5dw6: Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase (AarCH6) bound to acetate an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dw6

タイトル

Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase (AarCH6) bound to acetate and the CoA analogue 3'-phosphoadenosine 5'-(O-(N-propyl-R-pantothenamide))pyrophosphate (MX)

要素

Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase

キーワード

TRANSFERASE / Tricarboxylic acid cycle / Acidophile / coenzyme analogue

機能・相同性

機能・相同性情報

succinyl-CoA:acetate CoA-transferase / acetate catabolic process / propionate metabolic process, methylcitrate cycle / acetyl-CoA hydrolase activity / acetate CoA-transferase activity / succinyl-CoA catabolic process / acetate metabolic process / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / acetyl-CoA metabolic process / transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Acetobacter aceti 1023 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.548 Å

データ登録者

Kappock, T.J. / Murphy, J.R.

引用

ジャーナル: Front Chem / 年: 2016
タイトル: Functional Dissection of the Bipartite Active Site of the Class I Coenzyme A (CoA)-Transferase Succinyl-CoA:Acetate CoA-Transferase.
著者: Murphy, J.R. / Mullins, E.A. / Kappock, T.J.

履歴

登録	2015年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.2	2016年7月20日	Group: Data collection
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dw6.cif.gz	418.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dw6.ent.gz	342.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dw6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/5dw6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/5dw6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ddkC 5dw4C 5dw5C 5e5hC 4eu9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4eu5-d 5dw5-d 4eua-d 5ddk-d 4eu7-d 4euc-d 4eu9-d 2nvv-2 4eub-d 2g39-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase

B: Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.425, 110.455, 120.003
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase 分子量: 56046.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acetobacter aceti 1023 (バクテリア) 遺伝子: AZ09_02565 / プラスミド: pET23a / 詳細 (発現宿主): pJK385 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) 参照: UniProt: A0A063X8M7, UniProt: B3EY95*PLUS, succinyl-CoA:acetate CoA-transferase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-0T1 / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3R)-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-4-[[3-oxidanylidene-3-(propylamino)propyl]amino]butyl] hydrogen phosphate / DETHIACOENZYME A 分子量: 749.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₈N₇O₁₆P₃
#4: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 939 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.4 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 0.9 M sodium citrate, 0.1 M imidazole, 25 mM 2-mercaptoethanol, 3 mM MX; drops adjusted to 50 mM sodium acetate (pH 8.2 stock) 3 d prior to cryoprotection

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月12日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.548→50 Å / Num. obs: 130308 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 37.4
反射シェル	解像度: 1.548→1.58 Å / 冗長度: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.32 / R_sym value: 0.601 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4eu9

4eu9

解像度: 1.548→44.823 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1787	6492	4.99 %	Same as 4eu9
R_work	0.1566	-	-	-
obs	0.1577	130205	99.54 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.548→44.823 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7761	0	135	939	8835

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	8174
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.255	11105
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.68	3059
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1227
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1473

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5481-1.5657	0.2372	189	0.21	3586	X-RAY DIFFRACTION	87
1.5657-1.5841	0.2391	218	0.2124	4093	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5841-1.6034	0.2462	194	0.2013	4142	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6034-1.6237	0.2205	223	0.1958	4063	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6237-1.6451	0.2109	205	0.1843	4125	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6451-1.6676	0.2022	207	0.1817	4082	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6676-1.6914	0.2016	231	0.1793	4101	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6914-1.7167	0.2128	204	0.176	4105	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7167-1.7435	0.2091	224	0.1744	4103	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7435-1.7721	0.2209	232	0.1731	4119	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7721-1.8027	0.215	206	0.1728	4067	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8027-1.8354	0.1976	194	0.1708	4162	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8354-1.8707	0.1962	238	0.169	4092	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8707-1.9089	0.1941	208	0.1648	4106	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9089-1.9504	0.1836	226	0.1703	4074	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9504-1.9958	0.1994	216	0.1661	4168	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9958-2.0457	0.1785	217	0.1594	4143	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0457-2.101	0.183	225	0.1586	4101	X-RAY DIFFRACTION	100
2.101-2.1629	0.1868	203	0.1555	4135	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1629-2.2327	0.2032	223	0.1567	4130	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2327-2.3125	0.1901	219	0.1623	4140	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3125-2.405	0.1859	218	0.1596	4154	X-RAY DIFFRACTION	100
2.405-2.5145	0.1823	209	0.1576	4156	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5145-2.647	0.2037	232	0.1625	4139	X-RAY DIFFRACTION	100
2.647-2.8129	0.2128	204	0.1667	4202	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8129-3.03	0.1755	230	0.1604	4144	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.3348	0.156	223	0.1542	4211	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3348-3.8172	0.1431	216	0.1305	4214	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8172-4.8084	0.1285	222	0.1205	4274	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8084-44.8419	0.1595	236	0.1497	4382	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3572	0.1528	0.3825	0.359	0.1254	0.4456	0.0226	-0.196	0.0825	0.0182	-0.0354	-0.0881	-0.0731	0.2346	0.0128	0.1045	-0.0193	-0.0196	0.2644	0.0056	0.1863	17.6251	9.6666	-9.6493
2	0.6819	0.1948	-0.0719	0.2472	0.091	0.4763	-0.008	-0.1852	0.0223	0.0492	-0.0274	-0.068	0.0044	0.1768	0.0273	0.092	0.0095	-0.0218	0.1603	0.0148	0.1306	6.1484	3.9366	-7.2268
3	1.4797	-0.6125	1.0464	0.4496	-0.2361	1.3149	-0.085	-0.0701	0.463	0.0284	-0.0689	0.0207	-0.2297	0.0436	0.1593	0.1481	0.0074	-0.0151	0.1423	-0.0273	0.1725	-15.4724	18.9687	-16.3236
4	4.0589	1.2219	-0.0622	3.4387	-0.7681	2.5653	-0.1072	0.1082	0.2778	-0.0015	-0.0706	-0.0046	-0.208	-0.0502	0.1318	0.1109	0.0115	-0.0328	0.1204	-0.0128	0.1182	-21.0261	13.8722	-12.0811
5	0.451	-0.1201	-0.0949	0.1964	-0.1318	1.577	-0.0214	-0.0576	0.0759	0.0253	-0.0024	-0.012	-0.152	0.0142	0.0176	0.1155	-0.0021	-0.0159	0.0937	-0.0034	0.1471	-11.4839	9.664	-15.0713
6	0.6293	0.0598	-0.0059	0.7444	0.3243	0.511	-0.0287	0.1783	0.1251	-0.1494	-0.0085	0.0258	-0.1275	-0.1513	0.0009	0.1083	0.0102	-0.0209	0.1174	0.0334	0.0954	-19.1738	7.4769	-40.9174
7	0.3999	-0.1016	-0.0824	0.2103	0.207	0.6181	-0.2788	0.3398	-0.1728	0.0189	0.0607	0.1609	0.5116	-0.7811	-0.4933	0.1569	-0.323	0.1188	0.3863	-0.0602	0.1889	-35.9359	-17.8599	-26.0794
8	0.0949	-0.0164	-0.0239	0.4824	0.2232	0.4221	-0.1903	0.002	-0.2229	0.2211	-0.0234	0.1002	0.5452	-0.3406	-0.5657	0.3676	-0.1548	0.1445	0.2038	-0.009	0.1785	-30.4245	-21.6628	-9.8116
9	0.5843	-0.2926	-0.6451	0.5164	-0.0626	1.1046	-0.1524	0.144	-0.2138	0.0669	-0.0763	0.1008	0.4338	-0.1093	0.1049	0.3412	0.0323	0.0755	0.1397	-0.0391	0.2584	-6.5163	-28.8518	-26.7184
10	2.9702	0.5363	0.0078	1.0751	-0.9116	1.2126	-0.0421	0.294	-0.3251	0.0246	0.0986	-0.1041	0.2478	0.0283	-0.0799	0.3107	0.071	0.0225	0.1456	-0.0076	0.2001	-3.6263	-26.625	-17.6363
11	0.3772	-0.0973	-0.0343	0.2449	-0.053	0.1922	-0.0566	0.0145	-0.1215	0.0615	0.0214	-0.0041	0.221	-0.0185	-0.0264	0.2065	-0.0047	0.0252	0.0841	0.0068	0.1482	-10.0602	-20.0891	-23.8526
12	1.436	0.4272	0.4066	1.6517	0.573	1.6711	-0.0201	0.1207	0.002	-0.106	0.0195	-0.1599	0.063	0.156	-0.0078	0.0833	0.0147	0.0389	0.1051	0.0168	0.1042	2.0848	-6.7447	-42.1939

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 76 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 77 through 223 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 224 through 255 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 256 through 283 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 284 through 430 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 431 through 514 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 139 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 140 through 223 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 224 through 255 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 256 through 294 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 295 through 445 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 446 through 505 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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