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Yorodumi- PDB-5e5h: Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase (AarCH6) bound to acetate an... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5e5h | |||||||||
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Title | Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase (AarCH6) bound to acetate and degradation products from the acetyl-CoA analogue dethiaacetyl-CoA | |||||||||
Components | Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / Tricarboxylic acid cycle / Acidophile / coenzyme analogue | |||||||||
Function / homology | Function and homology information acetyl-CoA hydrolase activity / succinyl-CoA:acetate CoA-transferase / acetate catabolic process / propionate metabolic process, methylcitrate cycle / acetate CoA-transferase activity / succinyl-CoA catabolic process / acetate metabolic process / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / acetyl-CoA metabolic process / transferase activity Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Acetobacter aceti (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.052 Å | |||||||||
Authors | Mullins, E.A. / Kappock, T.J. | |||||||||
Citation | Journal: Front Chem / Year: 2016 Title: Functional Dissection of the Bipartite Active Site of the Class I Coenzyme A (CoA)-Transferase Succinyl-CoA:Acetate CoA-Transferase. Authors: Murphy, J.R. / Mullins, E.A. / Kappock, T.J. #1: Journal: Biochemistry / Year: 2012 Title: Crystal structures of Acetobacter aceti succinyl-coenzyme A (CoA):acetate CoA-transferase reveal specificity determinants and illustrate the mechanism used by class I CoA-transferases. Authors: Mullins, E.A. / Kappock, T.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5e5h.cif.gz | 411.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5e5h.ent.gz | 336.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5e5h.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5e5h_validation.pdf.gz | 1002.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5e5h_full_validation.pdf.gz | 1006.9 KB | Display | |
Data in XML | 5e5h_validation.xml.gz | 41.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5e5h_validation.cif.gz | 61.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/5e5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/5e5h | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ddkC 5dw4C 5dw5C 5dw6C 4eu9S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 56062.289 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acetobacter aceti (bacteria) / Strain: 1023 / Gene: AZ09_02565 / Plasmid: pET23a / Details (production host): pJK385 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C41(DE3) / References: UniProt: A0A063X8M7, UniProt: B3EY95*PLUS |
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-Non-polymers , 7 types, 611 molecules
#2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-ACE / | #5: Chemical | ChemComp-FMT / | #6: Chemical | ChemComp-IMD / #7: Chemical | ChemComp-ACT / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.91 Å3/Da / Density % sol: 35.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.2 Details: 0.9 M sodium citrate, 0.1 M imidazole, 25 mM 2-mercaptoethanol, 10 mM dethiaacetyl-CoA |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 23, 2011 |
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→50 Å / Num. obs: 55051 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 13.3 % / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 24.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.09 Å / Redundancy: 12.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Rsym value: 0.64 / % possible all: 97.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 4eu9 Resolution: 2.052→41.393 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 20.31 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.052→41.393 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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