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万見
- PDB-5e58: Crystal Structure Of Cytochrome P450 2B35 from Desert Woodrat Neo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5.0E+58
タイトルCrystal Structure Of Cytochrome P450 2B35 from Desert Woodrat Neotoma Lepida in complex with 4-(4-chlorophenyl)imidazole
要素Cytochrome P450 family 2 subfamily B
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / CYP2B35 / Neotoma Lepida / Woodrat
機能・相同性
機能・相同性情報


unspecific monooxygenase / aromatase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2B-like / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / 4-(4-CHLOROPHENYL)IMIDAZOLE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Unspecific monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Neotoma lepida (サバクウッドラット)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Shah, M.B. / Stout, C.D. / Halpert, J.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1256840 米国
引用ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2016
タイトル: Structure-Function Analysis of Mammalian CYP2B Enzymes Using 7-Substituted Coumarin Derivatives as Probes: Utility of Crystal Structures and Molecular Modeling in Understanding Xenobiotic Metabolism.
著者: Shah, M.B. / Liu, J. / Huo, L. / Zhang, Q. / Dearing, M.D. / Wilderman, P.R. / Szklarz, G.D. / Stout, C.D. / Halpert, J.R.
履歴
登録2015年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 family 2 subfamily B
B: Cytochrome P450 family 2 subfamily B
C: Cytochrome P450 family 2 subfamily B
D: Cytochrome P450 family 2 subfamily B
E: Cytochrome P450 family 2 subfamily B
F: Cytochrome P450 family 2 subfamily B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)344,15731
ポリマ－336,6156
非ポリマー7,54225
水11,872659
1
A: Cytochrome P450 family 2 subfamily B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0057
ポリマ－56,1031
非ポリマー1,9036
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450 family 2 subfamily B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1685
ポリマ－56,1031
非ポリマー1,0664
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome P450 family 2 subfamily B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1685
ポリマ－56,1031
非ポリマー1,0664
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome P450 family 2 subfamily B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0764
ポリマ－56,1031
非ポリマー9743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Cytochrome P450 family 2 subfamily B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6636
ポリマ－56,1031
非ポリマー1,5605
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Cytochrome P450 family 2 subfamily B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0764
ポリマ－56,1031
非ポリマー9743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.079, 106.066, 106.198
Angle α, β, γ (deg.)64.61, 82.53, 69.93
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A28 - 492
2116B28 - 492
3116C28 - 492
4116D28 - 492
5116E28 - 492
6116F28 - 492

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Cytochrome P450 family 2 subfamily B


分子量: 56102.535 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neotoma lepida (サバクウッドラット)
遺伝子: CYP2B / プラスミド: pKK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: J9JD66
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 683分子

#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-CPZ / 4-(4-CHLOROPHENYL)IMIDAZOLE / 4-(4-クロロフェニル)-1H-イミダゾ-ル


分子量: 178.618 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C9H7ClN2
#5: 化合物 ChemComp-CM5 / 5-CYCLOHEXYL-1-PENTYL-BETA-D-MALTOSIDE / 5-CYCLOHEXYLPENTYL 4-O-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / CYMAL-5 / 5-シクロヘキシルペンチルβ-マルトシド


分子量: 494.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 659 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30% (v/v) PEG400, 0.1M Hepes, 0.2 M NaCl, and 0.2 M calcium acetate, 0.1 M Tris, 15% w/v PEG4000
PH範囲: 7.5-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月25日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal, non fixed exit slit
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 141968 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.238 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 82

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
Blu-Ice1.6.4_486データ収集
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SUO

1suo


解像度: 2.4→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 10.356 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.432 / ESU R Free: 0.299 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 6567 4.9 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.22 128121 94.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.92 Å21.29 Å2-2.35 Å2
2---2 Å21.8 Å2
3---1.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21892 0 467 659 23018
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02223024
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7282.0131246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.72152762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.76622.9681041
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.998153700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3315170
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.23356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02117690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8021.513833
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.511222309
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.32239191
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7264.58937
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3454 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ALOOSE POSITIONAL0.435
2BLOOSE POSITIONAL0.465
3CLOOSE POSITIONAL0.455
4DLOOSE POSITIONAL0.445
5ELOOSE POSITIONAL0.425
6FLOOSE POSITIONAL0.585
1ALOOSE THERMAL13.3710
2BLOOSE THERMAL7.1710
3CLOOSE THERMAL6.3110
4DLOOSE THERMAL8.2210
5ELOOSE THERMAL5.0310
6FLOOSE THERMAL10.8210
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 468 -
Rwork0.292 8083 -
obs--81.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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