PDB-5e2j: Crystal structure of single mutant thermostable endoglucanase (D4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e2j

タイトル

Crystal structure of single mutant thermostable endoglucanase (D468A) from Alicyclobacillus acidocaldarius

要素

Endoglucanase

キーワード

HYDROLASE / cellulose hydrolase beta-1 / 4 endoglucanase

機能・相同性

機能・相同性情報

cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Alicyclobacillus acidocaldarius (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Hsiao, Y.Y. / Wang, H.J. / Tseng, C.P.

引用

ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2016
タイトル: Polarity Alteration of a Calcium Site Induces a Hydrophobic Interaction Network and Enhances Cel9A Endoglucanase Thermostability.
著者: Wang, H.J. / Hsiao, Y.Y. / Chen, Y.P. / Ma, T.Y. / Tseng, C.P.

履歴

登録	2015年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月20日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e2j.cif.gz	439.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e2j.ent.gz	360.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e2j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/5e2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/5e2j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ez8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3rx5-d 3ez8-d 6dmf-9 4gxq-3 3rx7-d 4gxq-2 1rq5-d 6f73-2 2ijg-d 3drf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Endoglucanase

B: Endoglucanase

ヘテロ分子

126 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.421, 144.374, 158.704
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Endoglucanase 分子量: 62834.289 Da / 分子数: 2 / 変異: D468A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidocaldarius (バクテリア) 遺伝子: celA / プラスミド: pET23a(+) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) star / 参照: UniProt: Q9AJS0, cellulase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 25 MM MES BUFFER, PH 5, 45% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / タイプ: OTHER / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月28日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 73207 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.3 % / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 26.96
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BALBES		位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EZ8

3ez8

解像度: 2.1→19.96 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 25.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	5675	7.77 %
R_work	0.202	-	-
obs	0.205	73040	97.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8191	0	28	398	8617

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	8464
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.708	11578
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.081	2999
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.027	1244
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1522

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1238	0.3503	173	0.3328	2148	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1238-2.1488	0.3572	172	0.3253	2146	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1488-2.175	0.3321	199	0.3099	2127	X-RAY DIFFRACTION	95
2.175-2.2025	0.3302	180	0.2936	2149	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2025-2.2314	0.3306	192	0.2874	2168	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2314-2.2619	0.281	198	0.2742	2156	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2619-2.2942	0.2975	195	0.2762	2185	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2942-2.3284	0.3029	179	0.2649	2204	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3284-2.3647	0.3112	198	0.2516	2199	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3647-2.4034	0.2459	173	0.2381	2244	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4034-2.4448	0.2557	173	0.2358	2215	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4448-2.4892	0.2854	165	0.2346	2235	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4892-2.537	0.24	180	0.2445	2225	X-RAY DIFFRACTION	97
2.537-2.5886	0.3064	197	0.2463	2206	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5886-2.6448	0.298	178	0.2419	2275	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6448-2.7062	0.2709	170	0.2396	2252	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7062-2.7737	0.295	217	0.2397	2263	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7737-2.8485	0.2727	180	0.2337	2244	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8485-2.9321	0.2769	179	0.2229	2301	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9321-3.0264	0.2562	194	0.2345	2271	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0264-3.1342	0.2552	195	0.2179	2262	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1342-3.2591	0.2549	188	0.2185	2318	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2591-3.4068	0.2553	184	0.2171	2268	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4068-3.5854	0.2425	188	0.1946	2321	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5854-3.8086	0.2258	207	0.1864	2295	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8086-4.1003	0.2049	196	0.1712	2306	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1003-4.5086	0.2092	207	0.1675	2297	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5086-5.1512	0.1994	178	0.16	2343	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1512-6.4534	0.2146	223	0.1845	2337	X-RAY DIFFRACTION	99
6.4534-19.9625	0.1681	217	0.1394	2405	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 34.3153 Å / Origin y: 20.4793 Å / Origin z: 37.9418 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3078 Å²	-0.0576 Å²	0.0272 Å²	-	0.3322 Å²	0.0153 Å²	-	-	0.3298 Å²
L	0.6834 °²	-0.6397 °²	0.1532 °²	-	1.2677 °²	-0.4616 °²	-	-	0.5471 °²
S	-0.1646 Å °	-0.1911 Å °	-0.1168 Å °	0.181 Å °	0.1334 Å °	-0.0844 Å °	0.0982 Å °	-0.1636 Å °	0.0213 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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