PDB-5e2e: Crystal Structure of Beta-lactamase Precursor BlaA from Yersinia ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e2e

タイトル

Crystal Structure of Beta-lactamase Precursor BlaA from Yersinia enterocolitica

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / beta-lactamase / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia enterocolitica serotype O:8 / biotype 1B

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Kim, Y. / Joachimiak, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Beta-lactamase Precursor BlaA from Yersinia enterocolitica
著者: Kim, Y. / Joachimiak, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2015年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月13日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e2e.cif.gz	209.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e2e.ent.gz	177.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e2e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5e2e_validation.pdf.gz	297.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5e2e_full_validation.pdf.gz	301.7 KB	表示
XML形式データ	5e2e_validation.xml.gz	1 KB	表示
CIF形式データ	5e2e_validation.cif.gz	7.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/5e2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/5e2e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6cyu-d 6cyq-3 7k2x-6 3q07-1 5zg6-1 6v83-d 2ax8-d 5tw6-d 4c75-3 2y91-2 1dja-d 5vth-d 6d7i-d 2axa-d 6v7t-2 5u53-d 6d18-d 3g34-2 6cyq-4 4dds-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC115017

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

その他のデータベース

TargetTrack: MCSG-APC115017

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (4) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

58.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

登録者が定義した集合体
29.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

登録者が定義した集合体
29.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.116, 93.513, 122.219
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 29144.145 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-294 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica serotype O:8 / biotype 1B (strain NCTC 13174 / 8081) (腸炎エルシニア) 株: NCTC 13174 / 8081 / 遺伝子: blaA, YE2019 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A1JML9, beta-lactamase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Beta-lactamase

分子量: 29144.145 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-294 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Yersinia enterocolitica serotype O:8 / biotype 1B (strain NCTC 13174 / 8081) (腸炎エルシニア)
株: NCTC 13174 / 8081 / 遺伝子: blaA, YE2019 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A1JML9, beta-lactamase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1 M CHES:NaOH pH 9.5, 20% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97927 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30.72 Å / Num. obs: 38874 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 20.2 Å² / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.753 / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10PRE-2104	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→30.72 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.55 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.243	1799	4.82 %	Random selection
R_work	0.197	-	-	-
obs	0.199	37357	96.1 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3942	0	0	248	4190

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4013
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.906	5454
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.538	2437
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	632
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	710

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9005-1.9519	0.3159	97	0.269	1918	X-RAY DIFFRACTION	69
1.9519-2.0093	0.312	112	0.2423	2418	X-RAY DIFFRACTION	86
2.0093-2.0742	0.2937	143	0.2354	2691	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0742-2.1483	0.2804	144	0.2225	2776	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1483-2.2343	0.2769	157	0.2209	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2343-2.3359	0.2625	152	0.2069	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3359-2.459	0.2339	154	0.2071	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.459-2.613	0.2562	153	0.1962	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.613-2.8147	0.2508	140	0.2051	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8147-3.0977	0.2664	143	0.2043	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0977-3.5453	0.2446	131	0.1932	2899	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5453-4.4645	0.1996	139	0.1644	2906	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4645-30.7197	0.1952	134	0.1738	3020	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.48	-0.1996	-0.1641	1.5956	0.4979	1.6973	0.0223	-0.5993	0.1279	0.5521	0.0607	-0.0984	-0.012	0.5297	-0.0046	0.3312	-0.0551	0.0186	0.3414	-0.0385	0.0913	2.7165	-27.4025	50.7414
2	1.9843	-1.043	0.1407	1.7243	0.4106	2.1774	-0.1492	0.0679	-0.0941	0.0499	-0.0364	0.173	0.6074	0.4027	0.1636	0.1993	0.0854	0.0217	0.1689	0.009	0.1748	3.3081	-43.8352	30.3401
3	0.6294	0.0562	-0.2124	2.1069	0.8402	2.3887	0.037	-0.2258	-0.133	0.4167	0.1427	-0.1948	0.3663	0.7331	-0.0912	0.2262	0.0712	-0.0336	0.3558	0.003	0.1418	3.2126	-33.2623	46.4632
4	0.6995	0.0009	0.5418	0.5416	0.0467	1.4573	0.1513	-0.3576	0.036	0.0679	0.206	-0.242	-0.0415	0.3304	0.5017	0.3597	-0.2918	-0.0325	0.7613	-0.2368	0.276	11.9034	-19.9603	47.3349
5	1.5008	0.0276	-0.1863	2.1817	-0.6982	0.8283	0.2241	-0.8249	-0.3548	0.4723	0.016	-0.1256	0.098	-0.0484	0.044	0.2288	-0.1041	-0.0691	0.2807	0.1008	0.2116	18.3967	-72.7003	48.9904
6	0.3658	0.5871	0.5457	1.8528	0.4245	1.1036	-0.0414	-0.0099	0.2945	-0.1048	-0.0035	-0.0149	-0.3757	0.1558	0.0377	0.2245	-0.0645	0.0844	0.0916	0.0182	0.468	22.483	-48.0279	30.3898
7	1.2285	-0.3665	0.6118	1.2765	-0.1054	0.8184	0.0594	0.0788	0.2689	-0.2066	-0.1749	-0.1788	-0.0242	0.0867	-0.0632	0.1334	-0.0273	0.0626	0.0708	-0.0751	0.184	19.6991	-58.8263	31.196
8	1.9911	0.2287	0.0661	1.4407	-0.187	0.6135	0.1923	-0.7423	-0.1353	0.0786	-0.1796	-0.3202	-0.0174	0.0807	-0.2476	0.1183	-0.0427	-0.0031	0.1939	-0.1674	0.1224	22.9787	-65.3197	43.4906
9	1.9313	0.2528	1.3253	0.8087	-0.1286	2.0117	0.1862	-0.8801	-0.3551	0.1036	0.0264	0.1136	-0.0367	-0.476	0.1992	0.1201	-0.0716	0.002	0.2724	0.0091	0.113	9.7268	-68.7379	46.7127
10	2.4832	0.2645	0.3049	1.7296	0.1502	2.4238	0.2768	-0.5934	-0.598	0.0626	0.0869	-0.0742	0.2439	-0.2265	0.1903	0.2081	-0.1171	-0.0824	0.2737	0.1056	0.2805	9.0305	-79.4207	45.717

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 6 THROUGH 63 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 64 THROUGH 119 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 120 THROUGH 242 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 243 THROUGH 265 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 6 THROUGH 62 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 63 THROUGH 75 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 76 THROUGH 132 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 133 THROUGH 189 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 190 THROUGH 242 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 243 THROUGH 265 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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