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- PDB-5e1j: Structure of voltage-gated two-pore channel TPC1 from Arabidopsis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e1j
タイトルStructure of voltage-gated two-pore channel TPC1 from Arabidopsis thaliana
要素Two pore calcium channel protein 1
キーワードMETAL TRANSPORT / two-pore channel / voltage-gated / calcium modulation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of jasmonic acid biosynthetic process / seed germination / regulation of stomatal movement / plant-type vacuole / vacuole / vacuolar membrane / monoatomic ion channel complex / voltage-gated calcium channel activity / calcium-mediated signaling / calcium ion transport ...regulation of jasmonic acid biosynthetic process / seed germination / regulation of stomatal movement / plant-type vacuole / vacuole / vacuolar membrane / monoatomic ion channel complex / voltage-gated calcium channel activity / calcium-mediated signaling / calcium ion transport / calcium ion binding / Golgi apparatus / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Two pore calcium channel protein 1, plant / Voltage-dependent channel domain superfamily / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Two pore calcium channel protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.308 Å
データ登録者Guo, J. / Zeng, W. / Chen, Q. / Lee, C. / Chen, L. / Yang, Y. / Jiang, Y.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM079179 米国
Welch FoundationI-1578 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structure of the voltage-gated two-pore channel TPC1 from Arabidopsis thaliana.
著者: Guo, J. / Zeng, W. / Chen, Q. / Lee, C. / Chen, L. / Yang, Y. / Cang, C. / Ren, D. / Jiang, Y.
履歴
登録2015年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月6日Group: Database references
改定 1.22016年3月23日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Two pore calcium channel protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,90311
ポリマ－85,7241
非ポリマー1,17910
水724
1
A: Two pore calcium channel protein 1
ヘテロ分子

A: Two pore calcium channel protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,80522
ポリマ－171,4472
非ポリマー2,35820
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area9680 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area66250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.430, 158.850, 217.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-801-

BA

21A-803-

BA

31A-904-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Two pore calcium channel protein 1 / Calcium channel protein 1 / AtCCH1 / Fatty acid oxygenation up-regulated protein 2 / Voltage- ...Calcium channel protein 1 / AtCCH1 / Fatty acid oxygenation up-regulated protein 2 / Voltage-dependent calcium channel protein TPC1 / AtTPC1


分子量: 85723.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TPC1, CCH1, FOU2, At4g03560, F9H3.19, T5L23.5 / プラスミド: pPICZ / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1163 / 参照: UniProt: Q94KI8
#2: 化合物
ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 26% PEG400, 150 mM BaCl2, 100mM HEPES / PH範囲: 5.5-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月25日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 34119 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 6.5 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 36.1
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 78.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.308→39.712 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 36.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3321 1741 5.1 %Random selection
Rwork0.3247 ---
obs0.3251 22635 77.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 91.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.308→39.712 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4949 0 10 4 4963
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065097
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8546894
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6811758
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03803
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005849
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.308-3.40550.357140.3768331X-RAY DIFFRACTION9
3.4055-3.51540.3778560.3841970X-RAY DIFFRACTION28
3.5154-3.64090.4133800.3751734X-RAY DIFFRACTION49
3.6409-3.78660.35331240.36322334X-RAY DIFFRACTION66
3.7866-3.95880.3361650.36092874X-RAY DIFFRACTION83
3.9588-4.16730.29871880.353354X-RAY DIFFRACTION97
4.1673-4.4280.26921950.32363485X-RAY DIFFRACTION100
4.428-4.76940.32572040.28953463X-RAY DIFFRACTION100
4.7694-5.24840.33441810.30613480X-RAY DIFFRACTION100
5.2484-6.00560.34871830.37483496X-RAY DIFFRACTION100
6.0056-7.55790.40141780.35223518X-RAY DIFFRACTION100
7.5579-39.71530.3111730.27413339X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8221-0.9697-0.41880.78250.38080.19030.2559-1.2094-1.48290.3226-0.3980.11990.3121-0.05070.11840.6668-0.1187-0.05272.04190.62791.8308-34.5956-25.078226.0597
23.00250.01980.03551.28350.06051.20870.314-0.5767-1.12420.26910.0045-0.14410.4323-0.2139-0.04820.41750.0645-0.1590.5105-0.2070.742-27.5427-17.27538.253
30.22730.02760.26850.3959-0.05261.11040.1712-0.3113-0.13390.3821-0.0295-0.18920.1561-0.1691-0.0930.9684-0.3414-0.38941.4557-0.30840.6085-21.77580.212137.7422
40.54030.3850.20341.16030.04630.93490.0847-0.164-0.08880.120.094-0.6370.13180.3367-0.34160.24970.0548-0.18430.4432-0.36870.5208-13.5933-9.62066.3042
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 32:91 )A32 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 92:398 )A92 - 398
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 399:547 )A399 - 547
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 548:686 )A548 - 686

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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