PDB-5e1h: Ricin toxin in complex with neutralizing single chain monoclonal ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e1h

タイトル

Ricin toxin in complex with neutralizing single chain monoclonal antibodies (VHHs)

要素

F8(JOB10) VHH antibody
Ricin

キーワード

TOXIN/IMMUNE SYSTEM / Ricin toxin / VHHs / TOXIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Ricinus communis (トウゴマ)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.032 Å

データ登録者

Rudolph, M.J. / Vance, D. / Shoemaker, C. / Mantis, N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2016
タイトル: Structural analysis of nested neutralizing and non-neutralizing B cell epitopes on ricin toxin's enzymatic subunit.
著者: Rudolph, M.J. / Vance, D.J. / Cassidy, M.S. / Rong, Y. / Shoemaker, C.B. / Mantis, N.J.

履歴

登録	2015年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月12日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e1h.cif.gz	168.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e1h.ent.gz	134 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e1h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/5e1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/5e1h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z9kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cwg-2 4lhq-1 6zxw-d 5hzy-d 6o1x-2 1vyt-1 3gb0-d 4lgr-d 5cag-d 3zm7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (15) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (15) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ricin

B: F8(JOB10) VHH antibody

ヘテロ分子

42.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.472, 91.775, 95.143
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-483- HOH
2	1	A-485- HOH

#1: タンパク質	Ricin 分子量: 28903.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: 抗体	F8(JOB10) VHH antibody 分子量: 13653.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM BisTris pH 5.5, 25% PEG 3000, 260 mM NaCl, and 10 mM Tris (2carboxyethyl)phosphine hydrochloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-E / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: -k,-h,-l / Fraction: 0.04

反射

解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 24972 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.148 / R_pim(I) all: 0.092 / R_rim(I) all: 0.152 / Χ²: 0.89 / Net I/av σ(I): 11.396 / Net I/σ(I): 4 / Num. measured all: 148336

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	CC_1/2	Χ²	% possible all	R_pim(I) all	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
2.03-2.07	5.1	1224	0.226	0.507	96.8
2.07-2.1	5.3	1194	0.29	0.517	97.5	0.933
2.1-2.14	5.4	1235	0.553	0.472	99	0.714
2.14-2.19	5.5	1236	0.384	0.503	98.7	0.649
2.19-2.23	5.4	1227	0.398	0.525	98.8	0.671
2.23-2.29	5.5	1217	0.308	0.662	96.8	0.559
2.29-2.34	6.2	1238	0.84	0.547	99.1	0.452
2.34-2.41	6.3	1239	0.846	0.537	99.1	0.424	0.978
2.41-2.48	6.2	1240	0.875	0.571	99.3	0.335	0.765	0.836
2.48-2.56	6.2	1253	0.908	0.609	99.1	0.257	0.585	0.641
2.56-2.65	6.1	1248	0.931	0.621	99	0.208	0.471	0.516
2.65-2.76	5.7	1220	0.94	0.684	97.8	0.163	0.359	0.395
2.76-2.88	6.3	1261	0.976	0.674	99.1	0.12	0.281	0.306
2.88-3.03	6.4	1249	0.981	0.744	99.7	0.095	0.223	0.243
3.03-3.22	6.4	1250	0.987	0.86	99.4	0.074	0.17	0.185
3.22-3.47	6.2	1271	0.987	1.213	99.7	0.062	0.139	0.153
3.47-3.82	6.1	1259	0.992	1.501	98.4	0.049	0.113	0.123
3.82-4.37	6.6	1272	0.993	1.789	99.6	0.039	0.093	0.101
4.37-5.51	6	1281	0.993	1.792	98.1	0.036	0.082	0.09
5.51-50	6	1358	0.992	1.939	98.7	0.038	0.084	0.093

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.03 Å	45.89 Å
Translation	2.03 Å	45.89 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.032→45.888 Å / FOM work R set: 0.7661 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.56 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2567	1272	5.1 %
R_work	0.2041	23685	-
obs	0.2052	24964	98.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.538 Å² / k_sol: 0.342 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.17 Å² / B_iso mean: 43.21 Å² / B_iso min: 14.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.7195 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.7698 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-13.4893 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.032→45.888 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2971	0	3	122	3096
B_iso mean	-	-	64.17	42.43	-
残基数	-	-	-	-	382

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3047
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.048	4143
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	462
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	541
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.487	1087

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0334-2.1147	0.3422	157	0.305	2533	2690	92
2.1147-2.2109	0.3186	150	0.2788	2593	2743	93
2.2109-2.3273	0.2914	132	0.2736	2562	2694	93
2.3273-2.4729	0.3221	101	0.2532	2660	2761	96
2.4729-2.6635	0.2915	149	0.2443	2626	2775	94
2.6635-2.9309	0.2988	139	0.2269	2616	2755	94
2.9309-3.3536	0.2623	152	0.2042	2639	2791	94
3.3536-4.2196	0.224	129	0.1627	2681	2810	95
4.2196-21.1185	0.1951	121	0.1575	2775	2896	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3436	0.0466	1.4227	3.1518	0.4894	4.7659	0.0567	0.3974	-0.1792	-0.53	-0.1026	-0.2436	0.4916	1.1219	0.1174	0.3922	0.1881	0.0692	0.352	0.0691	0.2992	25.2358	35.7413	69.4247
2	3.2571	-0.2519	-1.0862	6.2737	-2.3355	7.0994	0.2338	-0.1111	-0.301	-0.2332	-0.253	-0.074	1.0018	0.0496	0.0115	0.2884	0.0453	0.0254	0.1902	0.0458	0.2133	18.4147	30.4336	83.2551
3	1.2128	0.3119	0.9805	1.6949	-1.4524	6.8715	-0.1653	-0.0883	0.1945	0.1213	0.1319	0.1861	-0.7726	-0.5948	0.0314	0.2744	0.1274	0.0075	0.2049	0.01	0.2467	13.5995	45.8594	72.3286
4	5.3077	1.4158	-0.9475	2.6623	0.5034	4.4194	-0.2097	0.3613	0.1363	-1.2435	-0.4885	-0.7192	-0.0742	-0.1261	0.6577	0.551	-0.1273	-0.0343	0.648	0.1376	0.3406	-7.8515	15.145	106.1133
5	2.0213	0.998	-1.0033	2.0042	-5.0263	8.9601	-0.0057	-0.0092	0.2628	-0.5029	0.5056	0.844	-0.2035	-0.2821	-0.5251	0.309	-0.0891	-0.0736	0.4727	0.0951	0.4908	-7.4751	18.204	99.5701
6	9.2777	2.4771	-1.5334	8.5299	-3.7425	8.2757	0.0373	-0.18	0.557	-0.1695	0.0507	0.3811	-0.5012	-0.2294	-0.1238	0.213	-0.0711	0.057	0.407	0.0222	0.3587	0.564	23.4663	96.9335
7	1.8467	-0.6413	4.4805	0.2286	-1.5574	1.9999	0.1532	-0.4076	0.1747	0.365	-0.1957	-0.2706	-0.4783	0.113	0.0988	0.304	-0.0919	0.0223	0.5436	0.1052	0.3539	6.087	18.492	105.6528
8	6.383	1.1784	0.6422	7.6674	-1.1154	2.0115	-0.2861	-0.0551	-1.0729	-0.867	-0.1272	-0.6736	0.7159	1.4995	0.4201	0.4499	0.1352	0.1387	0.4935	0.1003	0.4679	6.057	13.2223	94.6696
9	5.0878	-0.4685	-0.4594	8.8332	-4.8334	9.7679	-0.0856	0.2114	-0.5609	-1.0328	0.5914	0.6038	0.8978	-0.9362	-0.4646	0.5008	-0.205	-0.0132	0.4836	0.0798	0.3512	-3.696	16.0816	92.8124
10	3.2934	1.1626	-2.9742	9.8786	-3.4761	6.1229	-0.2085	0.0563	-0.4095	-0.5254	0.4341	0.7982	0.7815	-0.7881	-0.2899	0.3699	-0.2252	-0.0255	0.4991	0.1347	0.4356	-4.998	15.4232	97.2903
11	3.07	2.9046	-3.3021	6.1833	-2.8805	7.5757	0.2842	-0.8743	-0.5761	0.4402	-0.7692	-0.5929	0.2393	0.7729	0.4065	0.3282	-0.14	-0.0117	0.6085	0.1603	0.4068	0.6416	13.7418	107.6655
12	6.5001	0.1007	-0.7583	6.3482	-1.1691	5.1661	0.1878	-0.6781	-0.0551	0.2875	-0.2339	-0.1325	-0.4083	0.216	0.0323	0.3952	-0.1166	0.0371	0.4195	0.0953	0.2872	7.1077	26.0939	97.7958
13	7.2906	-1.0035	1.0115	3.0386	-0.3231	4.022	0.195	-0.9493	-0.7358	0.6374	-0.3119	0.048	0.3091	0.067	0.0306	0.1425	-0.3226	-0.0376	0.8382	0.2017	0.4689	-4.4739	11.2282	113.9298

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 5:56)	A	5 - 56
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 57:122)	A	57 - 122
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 123:262)	A	123 - 262
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 2:17)	B	2 - 17
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 18:25)	B	18 - 25
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 26:39)	B	26 - 39
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 40:51)	B	40 - 51
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 52:67)	B	52 - 67
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 68:76)	B	68 - 76
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 77:83)	B	77 - 83
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 84:99)	B	84 - 99
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 100:122)	B	100 - 122
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 123:129)	B	123 - 129

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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