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- PDB-5e03: Crystal structure of mouse CTLA-4 nanobody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5000
タイトルCrystal structure of mouse CTLA-4 nanobody
要素CTLA-4 nanobody
キーワードSIGNALING PROTEIN / IG FOLD / nanobody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Camelidae (哺乳類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.685 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Samanta, D. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse CTLA-4 nanobody
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Samanta, D. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C.
履歴
登録2015年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22016年3月9日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42019年1月30日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct / struct_keywords
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct.pdbx_descriptor / _struct_keywords.text
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CTLA-4 nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7812
ポリマ－13,6851
非ポリマー961
水2,180121
1
A: CTLA-4 nanobody
ヘテロ分子

A: CTLA-4 nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5624
ポリマ－27,3702
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area11010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.147, 42.147, 208.517
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

SO4

21A-347-

HOH

31A-400-

HOH

41A-409-

HOH

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要素

#1: 抗体 CTLA-4 nanobody


分子量: 13685.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae (哺乳類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: lithium sulfate, hepes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.685→19.561 Å / Num. obs: 23330 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.685→1.774 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OHQ

1ohq


解像度: 1.685→19.561 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.68 / 位相誤差: 16.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1893 531 4.03 %
Rwork0.1708 --
obs0.1716 23330 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.685→19.561 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数835 0 5 122 962
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007852
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0731155
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.477297
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078133
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004147
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6851-1.77380.26221320.19793176X-RAY DIFFRACTION100
1.7738-1.88490.22341490.18753186X-RAY DIFFRACTION100
1.8849-2.03030.20691550.17493213X-RAY DIFFRACTION100
2.0303-2.23430.20031310.16443205X-RAY DIFFRACTION100
2.2343-2.5570.18041030.17453215X-RAY DIFFRACTION100
2.557-3.21930.18791330.17593236X-RAY DIFFRACTION100
3.2193-19.5620.16271370.15853159X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.87 Å / Origin y: 11.0131 Å / Origin z: 3.7332 Å
111213212223313233
T0.0604 Å20.0049 Å2-0.0075 Å2-0.0444 Å2-0.0006 Å2--0.0502 Å2
L1.5862 °20.2019 °2-0.171 °2-1.7064 °20.5755 °2--2.4785 °2
S0.0662 Å °-0.0191 Å °-0.0429 Å °0.0863 Å °-0.0307 Å °0.0712 Å °0.1474 Å °-0.0403 Å °-0.0223 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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