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万見
- PDB-5dz6: Acyl transferase from Bacillaene PKS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dz6
タイトルAcyl transferase from Bacillaene PKS
要素Polyketide biosynthesis malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase PksC
キーワードTRANSFERASE / polyketide synthase / acyltrasferase
機能・相同性
機能・相同性情報


[acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase / Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase, FabD-type / : / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. ...Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase / Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase, FabD-type / : / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Polyketide biosynthesis malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase PksC
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Till, M. / Race, P.R.
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Architectural hierarchy of trans-acting enoyl reductases from polyunsaturated fatty acid and trans-acyltransferase polyketide synthases
著者: Till, M. / Burton, N.J. / Akrill, T.D. / van der Kamp, M.W. / Baker, G.E. / Byrne, M.J. / Owen, R.L. / Willis, C.L. / Race, P.R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2011
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of the bacillaene synthase trans-acting acyltransferase PksC.
著者: Cuskin, F. / Solovyova, A.S. / Lewis, R.J. / Race, P.R.
履歴
登録2015年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide biosynthesis malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase PksC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9398
ポリマ－32,4481
非ポリマー4917
水5,459303
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area13500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.190, 70.430, 76.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Polyketide biosynthesis malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase PksC / AT


分子量: 32448.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
遺伝子: pksC, BSU17100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O34825, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase

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非ポリマー , 6種, 310分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 3350, 0.2M sodium bromide, 0.1M bistris propane pH 9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9699 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9699 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→37.09 Å / Num. all: 71820 / Num. obs: 51033 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.44→1.51 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Rsym value: 0.306 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3g87

3g87


解像度: 1.44→37.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.2009 / WRfactor Rwork: 0.1769 / FOM work R set: 0.9072 / SU B: 0.876 / SU ML: 0.035 / SU R Cruickshank DPI: 0.0626 / SU Rfree: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1849 2686 5.1 %RANDOM
Rwork0.1627 ---
obs0.1638 50147 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.51 Å2 / Biso mean: 12.465 Å2 / Biso min: 2.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.44→37.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2281 0 21 306 2608
Biso mean--20.32 21.73 -
残基数----288
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.022471
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5451.9773350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1775322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.60825.31113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.6615463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.044157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1590.2362
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0211875
LS精密化 シェル解像度: 1.436→1.473 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 192 -
Rwork0.223 3430 -
all-3622 -
obs--99.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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