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- PDB-5dz5: Crystal structure of Dendroaspis polylepis mambalgin-1 wild-type ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dz5
タイトルCrystal structure of Dendroaspis polylepis mambalgin-1 wild-type in P41212 space group
要素Mambalgin-1
キーワードTOXIN / pain-relieving polypeptide / analgesic / Acid-Sensing Ion Channel / Mambalgin-1 / three-finger-fold
機能・相同性ion channel regulator activity / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / toxin activity / extracellular region / Mainly Beta / Mambalgin-1
機能・相同性情報
生物種Dendroaspis polylepis polylepis (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Stura, E.A. / Tepshi, L. / Mourier, G. / Kessler, P. / Servent, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Mambalgin-1 Pain-relieving Peptide, Stepwise Solid-phase Synthesis, Crystal Structure, and Functional Domain for Acid-sensing Ion Channel 1a Inhibition.
著者: Mourier, G. / Salinas, M. / Kessler, P. / Stura, E.A. / Leblanc, M. / Tepshi, L. / Besson, T. / Diochot, S. / Baron, A. / Douguet, D. / Lingueglia, E. / Servent, D.
履歴
登録2015年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月17日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mambalgin-1
B: Mambalgin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1492
ポリマ－13,1492
非ポリマー00
水1,44180
1
A: Mambalgin-1
B: Mambalgin-1

A: Mambalgin-1
B: Mambalgin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2994
ポリマ－26,2994
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area5280 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area12440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.800, 46.800, 80.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Mambalgin-1 / Mamb-1 / Pi-Dp1


分子量: 6574.644 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Dendroaspis polylepis polylepis (コブラ)
参照: UniProt: P0DKR6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.7 % / 解説: Prismatic
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein: 5 mg/mL in 0.050 M Na Acetate, pH 5.5 Precipitant: 30% PEG600, 0.2 M Imidazole Malate, pH 7.0. Cryoprotectant: 40% CryoSol SM5, 30% PEG 600, 0.1 M mixed (Na acetate, ADA, Bicine) pH 7.0
PH範囲: 5.5-7.0 / Temp details: cooled incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo-nozzle
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月29日 / 詳細: automatic data collection on ESRF Massif1 ID30A-1
放射モノクロメーター: diamond beam splitter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→46.8 Å / Num. all: 6985 / Num. obs: 6981 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rsym value: 0.171 / Net I/σ(I): 9.66
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 7.94 % / Rmerge(I) obs: 1.67 / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PHASER位相決定
XSCALEデータスケーリング
MxCuBEデータ収集
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DO6

5do6


解像度: 1.95→40.467 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2459 349 5 %Random selection
Rwork0.192 ---
obs0.1949 6979 99.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→40.467 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数902 0 0 80 982
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.025942
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9911250
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1361
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.112132
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008164
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.45680.30461700.25243230X-RAY DIFFRACTION100
2.4568-40.47580.22711790.17163400X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.4511 Å / Origin y: 2.721 Å / Origin z: 7.7542 Å
111213212223313233
T0.1421 Å2-0.0044 Å20.0044 Å2-0.2007 Å2-0.0097 Å2--0.1781 Å2
L0.1642 °20.0671 °20.0385 °2-0.0575 °2-0.0645 °2--0.3726 °2
S0.0208 Å °-0.0171 Å °0.031 Å °0.0502 Å °-0.0005 Å °0.0255 Å °0.0052 Å °-0.0349 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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