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- PDB-5dz2: Geosmin synthase from Streptomyces coelicolor N-terminal domain c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dz2
タイトルGeosmin synthase from Streptomyces coelicolor N-terminal domain complexed with three Mg2+ ions and alendronic acid
要素Germacradienol/geosmin synthase
キーワードLYASE / terpene / cyclase / geosmin / germacradienol
機能・相同性
機能・相同性情報


geosmin synthase / germacradienol synthase / (-)-germacrene D synthase / germacradienol synthase activity / germacrene-D synthase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene cyclase-like 2 / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ALENDRONATE / Germacradienol/geosmin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.111 Å
データ登録者Harris, G.G. / Lombardi, P.M. / Pemberton, T.A. / Matsui, T. / Weiss, T.M. / Cole, K.E. / Koksal, M. / Murphy, F.V. / Vedula, L.S. / Chou, W.K.W. ...Harris, G.G. / Lombardi, P.M. / Pemberton, T.A. / Matsui, T. / Weiss, T.M. / Cole, K.E. / Koksal, M. / Murphy, F.V. / Vedula, L.S. / Chou, W.K.W. / Cane, D.E. / Christianson, D.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM56838 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Structural Studies of Geosmin Synthase, a Bifunctional Sesquiterpene Synthase with alpha alpha Domain Architecture That Catalyzes a Unique Cyclization-Fragmentation Reaction Sequence.
著者: Harris, G.G. / Lombardi, P.M. / Pemberton, T.A. / Matsui, T. / Weiss, T.M. / Cole, K.E. / Koksal, M. / Murphy, F.V. / Vedula, L.S. / Chou, W.K. / Cane, D.E. / Christianson, D.W.
履歴
登録2015年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月23日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Germacradienol/geosmin synthase
B: Germacradienol/geosmin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,17810
ポリマ－76,5342
非ポリマー6448
水2,612145
1
A: Germacradienol/geosmin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5895
ポリマ－38,2671
非ポリマー3224
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Germacradienol/geosmin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5895
ポリマ－38,2671
非ポリマー3224
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.213, 67.213, 345.388
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-575-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Germacradienol/geosmin synthase / ScGS


分子量: 38266.891 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-338) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: cyc2, SCO6073, SC9B1.20 / プラスミド: pET22bMV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9X839, germacradienol synthase, (-)-germacrene D synthase, geosmin synthase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-212 / ALENDRONATE / (4-AMINO-1-HYDROXY-1-PHOSPHONO-BUTYL)PHOSPHONIC ACID / アレンドロナ-ト


分子量: 249.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H13NO7P2 / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.73 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M sodium acetate trihydrate, pH 7.0, 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月1日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→50 Å / Num. obs: 46408 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 14.64
反射 シェル解像度: 2.11→2.18 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.918 / Mean I/σ(I) obs: 1.68 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5DW7

5dw7


解像度: 2.111→48.172 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2497 2275 4.92 %
Rwork0.2074 --
obs0.2096 46193 98.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.111→48.172 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5053 0 34 145 5232
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9147231
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4231907
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035768
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005938
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1107-2.15650.36821190.30622607X-RAY DIFFRACTION96
2.1565-2.20670.34061210.28672699X-RAY DIFFRACTION99
2.2067-2.26190.30671490.28012729X-RAY DIFFRACTION99
2.2619-2.3230.38731580.27292704X-RAY DIFFRACTION100
2.323-2.39140.30151320.25652755X-RAY DIFFRACTION100
2.3914-2.46860.2981450.22942708X-RAY DIFFRACTION99
2.4686-2.55680.28681450.21922731X-RAY DIFFRACTION99
2.5568-2.65920.26691180.22182757X-RAY DIFFRACTION99
2.6592-2.78020.29351340.23112768X-RAY DIFFRACTION99
2.7802-2.92680.28381620.2282697X-RAY DIFFRACTION98
2.9268-3.11010.3071510.22972742X-RAY DIFFRACTION99
3.1101-3.35020.2551530.21852743X-RAY DIFFRACTION98
3.3502-3.68720.24381330.20022747X-RAY DIFFRACTION97
3.6872-4.22050.1971310.17192732X-RAY DIFFRACTION95
4.2205-5.31630.18691500.172777X-RAY DIFFRACTION96
5.3163-48.1850.22691740.1913022X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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