PDB-5dyf: The crystal structure of Aminopeptidase N in complex with N-benzy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dyf

タイトル

The crystal structure of Aminopeptidase N in complex with N-benzyl-1,2-diaminoethylphosphonic acid

要素

Aminopeptidase N

キーワード

hydrolase/hydrolase inhibitor / AminopeptidaseN / Inhibitor complex / N-benzyl-1 / 2-diaminoethylphosphonic acid / hydrolase-hydrolase inhibitor complex / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

alanyl aminopeptidase activity / membrane alanyl aminopeptidase / metallopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.854 Å

データ登録者

Nocek, B. / Joachimiak, A. / Vassiliou, S. / Berlicki, L. / Mucha, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of Aminopeptidase N in complex with N-benzyl-1,2-diaminoethylphosphonic acid
著者: Nocek, B. / Joachimiak, A. / Vassiliou, S. / Berlicki, L. / Mucha, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2015年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dyf.cif.gz	517.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dyf.ent.gz	430.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dyf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/5dyf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/5dyf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gtqS 4qir S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pw4-d 4quo-d 4qme-d 4xmw-d 4pvb-d 4pu2-d 4qir-d 2gtq-d 4fys-d 5y1w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: APC105593

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Aminopeptidase N

ヘテロ分子

100 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	224.644, 224.644, 57.938
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Aminopeptidase N 分子量: 98690.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B (strain MC58) (髄膜炎菌) 株: MC58 / 遺伝子: pepN, NMB1416 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JYV4, membrane alanyl aminopeptidase

-
非ポリマー , 6種, 754分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-5HR / [(1R)-1-amino-2-(benzylamino)ethyl]phosphonic acid 分子量: 230.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₂O₃P
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 737 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.24 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.0 M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月15日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.854→28.65 Å / Num. obs: 119960 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1888	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2GTQ

2gtq

解像度: 1.854→28.65 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.65 / 位相誤差: 19.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1744	6037	5.03 %	Random selection
R_work	0.1459	-	-	-
obs	0.1474	119960	94.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.854→28.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6803	0	95	737	7635

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	7105
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.915	9663
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.961	2583
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	1061
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1262

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8535-1.8746	0.2649	85	0.2193	1767	X-RAY DIFFRACTION	30
1.8746-1.8967	0.2476	109	0.2242	2081	X-RAY DIFFRACTION	36
1.8967-1.9198	0.2646	139	0.2212	2531	X-RAY DIFFRACTION	43
1.9198-1.9441	0.2603	134	0.2104	2750	X-RAY DIFFRACTION	47
1.9441-1.9697	0.1953	151	0.2021	2871	X-RAY DIFFRACTION	49
1.9697-1.9966	0.2317	145	0.1933	2959	X-RAY DIFFRACTION	50
1.9966-2.0251	0.222	140	0.1751	2921	X-RAY DIFFRACTION	50
2.0251-2.0554	0.1912	159	0.1734	2938	X-RAY DIFFRACTION	50
2.0554-2.0875	0.1996	161	0.1682	2904	X-RAY DIFFRACTION	50
2.0875-2.1217	0.1871	136	0.1625	2945	X-RAY DIFFRACTION	50
2.1217-2.1583	0.1961	139	0.1596	2961	X-RAY DIFFRACTION	50
2.1583-2.1975	0.1826	168	0.166	2883	X-RAY DIFFRACTION	50
2.1975-2.2397	0.1665	154	0.1646	2953	X-RAY DIFFRACTION	50
2.2397-2.2854	0.1951	147	0.162	2935	X-RAY DIFFRACTION	50
2.2854-2.3351	0.1636	152	0.1629	2951	X-RAY DIFFRACTION	50
2.3351-2.3894	0.1855	169	0.1626	2973	X-RAY DIFFRACTION	51
2.3894-2.4491	0.1929	150	0.1646	3071	X-RAY DIFFRACTION	52
2.4491-2.5153	0.1771	194	0.1524	3356	X-RAY DIFFRACTION	57
2.5153-2.5893	0.1912	202	0.1573	3639	X-RAY DIFFRACTION	63
2.5893-2.6728	0.1888	190	0.1531	4226	X-RAY DIFFRACTION	71
2.6728-2.7683	0.1565	256	0.1549	4698	X-RAY DIFFRACTION	80
2.7683-2.879	0.2109	265	0.1626	5223	X-RAY DIFFRACTION	89
2.879-3.0099	0.1863	281	0.1608	5539	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0099-3.1684	0.2067	346	0.154	5615	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1684-3.3666	0.2006	278	0.1405	5856	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3666-3.6261	0.1547	314	0.1135	5701	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6261-3.9901	0.1296	305	0.1075	5695	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9901-4.5655	0.1186	340	0.1029	5621	X-RAY DIFFRACTION	97
4.5655-5.7444	0.1645	298	0.1298	5824	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7444-28.6565	0.1894	330	0.1773	5536	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1323	-0.2056	-0.3865	1.0723	0.4748	1.8018	-0.0652	-0.0297	-0.0775	0.0501	-0	-0.1207	0.2496	0.2282	0.037	0.1817	0.0349	0.0404	0.1085	0.0387	0.1439	28.6947	-50.474	-8.3706
2	0.3206	-0.0656	-0.0317	0.5775	0.1247	1.2432	-0.0419	0.0185	-0.0512	-0.0095	-0.0246	0.0633	0.2112	-0.1934	0.0467	0.1793	-0.0413	0.0401	0.1234	-0.0056	0.1342	2.8302	-47.9927	-15.2997
3	1.9869	-0.1327	0.2098	1.7692	0.167	1.1175	-0.0959	-0.008	-0.1138	-0.1974	-0.1107	0.6253	0.151	-0.5834	0.148	0.2814	-0.1226	-0.041	0.4542	-0.0813	0.3538	-17.0927	-50.033	-36.2755
4	0.8271	-0.1201	-0.1539	1.3318	0.5512	1.5463	0.0296	0.1067	0.0213	-0.1387	-0.1022	0.1891	-0.149	-0.4677	0.0498	0.1738	0.0739	-0.0325	0.2423	-0.0176	0.219	-11.6932	-22.4453	-25.0556
5	1.7237	-0.1373	-0.2081	1.4021	-0.2372	2.2558	-0.0117	-0.0319	0.2016	-0.0555	0.001	-0.0926	-0.0733	0.0172	0.0188	0.1639	0.0106	0.0018	0.0568	-0.0005	0.1675	9.7545	-17.7504	-17.7358
6	2.1881	-0.9131	0.9173	1.5996	0.0362	2.8328	0.0129	0.0977	-0.0159	-0.1318	-0.0343	-0.0539	-0.1665	0.0935	0.0406	0.1703	-0.0175	0.0344	0.0755	0.0182	0.1323	17.2872	-28.7344	-34.8558

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 190 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 191 through 451 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 452 through 555 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 556 through 723 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 724 through 789 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 790 through 867 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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