PDB-5dw5: Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase (AarCH6) bound to the CoA an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dw5

タイトル

Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase (AarCH6) bound to the CoA analogue 3'-phosphoadenosine 5'-(O-(N-propylpantothenamide))pyrophosphate (MX)

要素

Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase

キーワード

TRANSFERASE / Tricarboxylic acid cycle / Acidophile

機能・相同性

機能・相同性情報

succinyl-CoA:acetate CoA-transferase / acetate catabolic process / : / acetyl-CoA hydrolase activity / acetate CoA-transferase activity / succinyl-CoA catabolic process / acetate metabolic process / : / acetyl-CoA metabolic process / transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Acetobacter aceti (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.656 Å

データ登録者

Kappock, T.J. / Murphy, J.R.

引用

ジャーナル: Front Chem / 年: 2016
タイトル: Functional Dissection of the Bipartite Active Site of the Class I Coenzyme A (CoA)-Transferase Succinyl-CoA:Acetate CoA-Transferase.
著者: Murphy, J.R. / Mullins, E.A. / Kappock, T.J.

履歴

登録	2015年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dw5.cif.gz	418.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dw5.ent.gz	341.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dw5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/5dw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/5dw5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ddkC 5dw4C 5dw6C 5e5hC 4eu9S 4eu5 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ddk-d 4eua-d 5dw6-d 2nvv-2 4eu5-d 2nvv-3 4eu3-d 4eub-d 4eu4-d 5dw4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase

B: Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.477, 110.305, 120.144
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase 分子量: 56046.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acetobacter aceti (バクテリア) / 株: 1023 / 遺伝子: AZ09_02565 / プラスミド: pET23a / 詳細 (発現宿主): pJK385 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) 参照: UniProt: A0A063X8M7, UniProt: B3EY95*PLUS, succinyl-CoA:acetate CoA-transferase

#1: タンパク質

Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase

分子量: 56046.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Acetobacter aceti (バクテリア) / 株: 1023 / 遺伝子: AZ09_02565 / プラスミド: pET23a / 詳細 (発現宿主): pJK385 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3)
参照: UniProt: A0A063X8M7, UniProt: B3EY95*PLUS, succinyl-CoA:acetate CoA-transferase

-
非ポリマー , 5種, 895分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-0T1 / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3R)-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-4-[[3-oxidanylidene-3-(propylamino)propyl]amino]butyl] hydrogen phosphate / DETHIACOENZYME A 分子量: 749.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₈N₇O₁₆P₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE 分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 885 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.33 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 0.9 M sodium citrate, 0.1 M imidazole, 25 mM 2-mercaptoethanol, 1 mM MX

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月12日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.656→50 Å / Num. obs: 106546 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 50.19
反射シェル	解像度: 1.656→1.69 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / R_sym value: 0.307 / % possible all: 82.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4eu9

4eu9

解像度: 1.656→44.868 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1737	5344	5.02 %	same as 4eu9
R_work	0.1504	-	-	-
obs	0.1516	106455	99.39 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.656→44.868 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7754	0	122	885	8761

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8131
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.124	11041
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.802	3035
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1217
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1463

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6564-1.6752	0.2076	157	0.1743	2885	X-RAY DIFFRACTION	86
1.6752-1.6949	0.1927	198	0.1704	3332	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6949-1.7156	0.2213	160	0.1661	3360	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7156-1.7373	0.2059	182	0.1643	3360	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7373-1.7601	0.2064	186	0.1687	3323	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7601-1.7842	0.2439	187	0.1651	3351	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7842-1.8097	0.2196	161	0.1668	3388	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8097-1.8368	0.2054	153	0.1722	3377	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8368-1.8655	0.2074	196	0.1706	3311	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8655-1.896	0.1933	176	0.1649	3383	X-RAY DIFFRACTION	100
1.896-1.9287	0.1827	196	0.1601	3345	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9287-1.9638	0.1816	172	0.1548	3385	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9638-2.0016	0.1974	170	0.1586	3352	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0016-2.0424	0.1747	176	0.1549	3373	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0424-2.0868	0.2019	178	0.1524	3343	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0868-2.1354	0.1983	170	0.1574	3398	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1354-2.1888	0.1887	187	0.153	3365	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1888-2.248	0.1902	181	0.1538	3387	X-RAY DIFFRACTION	100
2.248-2.3141	0.1921	179	0.162	3389	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3141-2.3888	0.1753	174	0.1568	3379	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3888-2.4742	0.1889	164	0.1522	3393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4742-2.5732	0.1817	195	0.1567	3385	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5732-2.6903	0.2162	175	0.1596	3426	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6903-2.8321	0.2001	176	0.1674	3379	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8321-3.0095	0.1825	179	0.1604	3431	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0095-3.2419	0.1708	184	0.1594	3415	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2419-3.568	0.1598	180	0.141	3436	X-RAY DIFFRACTION	100
3.568-4.084	0.1326	177	0.1265	3462	X-RAY DIFFRACTION	100
4.084-5.1442	0.1147	190	0.1148	3493	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1442-44.8843	0.17	185	0.1563	3505	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9311	0.333	-0.2017	0.0185	-0.0497	1.2627	0.0208	-0.1818	0.1273	0.0012	-0.031	-0.1045	-0.0965	0.3213	0.0025	0.1367	-0.0197	-0.025	0.2567	-0.0039	0.2157	17.633	9.8804	-9.5524
2	0.7527	0.1952	0.0263	0.3999	0.1309	0.7114	-0.0058	-0.1597	0.0056	0.0482	-0.0205	-0.0636	0.0195	0.1303	0.0224	0.1405	0.0075	-0.0214	0.1879	0.0093	0.1849	6.0957	3.9819	-7.1846
3	0.8318	-0.6793	1.2906	0.9584	-0.3823	1.6954	-0.0502	0.0198	0.5032	0.0484	-0.1092	-0.0146	-0.2555	0.1641	0.1696	0.1824	0.0065	-0.0162	0.172	-0.0332	0.2107	-15.4468	19.0764	-16.4092
4	5.9041	2.0911	-0.3625	5.5868	-1.4071	3.6632	-0.0636	0.0154	0.2846	0.1052	-0.1353	-0.0953	-0.2063	-0.0532	0.1819	0.1197	0.0255	-0.0349	0.1257	-0.0298	0.1189	-21.0706	14.0141	-12.1371
5	0.3389	-0.0709	-0.0597	0.2157	-0.0808	1.7212	-0.0141	-0.0523	0.0697	0.0243	-0.0001	0.0049	-0.1764	0.0216	0.0169	0.1659	-0.0012	-0.0086	0.1473	-0.0006	0.2041	-11.4224	9.8319	-15.097
6	0.8506	0.239	-0.133	1.1908	0.5756	1.131	-0.0353	0.1885	0.1448	-0.2078	-0.0201	0.0478	-0.1831	-0.1818	0.0202	0.1596	0.0167	-0.0358	0.1577	0.0434	0.1492	-19.2411	7.4511	-40.9627
7	1.2917	0.093	-1.3045	0.7967	-0.625	2.1513	-0.2576	0.423	-0.1987	-0.0442	0.1304	0.1372	0.5029	-0.7903	-0.0061	0.2156	-0.1711	0.0352	0.3768	-0.0526	0.205	-35.9337	-17.5242	-26.1838
8	1.4703	0.007	-0.5384	0.787	0.1555	1.343	-0.1787	0.0216	-0.2594	0.2657	-0.0116	0.1027	0.5432	-0.3126	0.0825	0.3493	-0.0944	0.0923	0.2061	-0.0043	0.1933	-30.4627	-21.5179	-9.7602
9	2.3776	-0.5603	-1.9086	0.5019	0.243	1.6053	-0.1658	0.4994	-0.5006	0.1275	0.0077	0.0135	0.5111	-0.1295	0.1896	0.3606	0.0127	0.0448	0.1423	-0.0054	0.2802	-6.5626	-28.7175	-26.702
10	3.8424	1.0313	-0.099	1.4926	0.3462	1.8189	-0.1287	0.2318	-0.4567	0.0437	0.157	-0.1912	0.3138	0.1126	-0.0573	0.3495	0.0615	0.0304	0.1591	0.0001	0.2417	-3.7034	-26.5209	-17.5525
11	0.8321	-0.0546	-0.3822	0.1968	-0.0209	0.9099	-0.085	-0.0053	-0.1703	0.0672	0.0047	-0.0025	0.2585	-0.0435	0.022	0.2238	-0.0054	0.0182	0.093	0.0021	0.1821	-10.1435	-19.9587	-23.8602
12	1.5129	0.2235	0.5083	1.8334	0.4335	1.8244	-0.0251	0.1413	0.0172	-0.1267	0.0367	-0.169	0.0268	0.1533	-0.0241	0.1256	0.0053	0.041	0.1548	0.0093	0.1538	1.9361	-7.0039	-42.3725

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 76 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 77 through 223 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 224 through 255 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 256 through 283 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 284 through 430 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 431 through 514 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 3 through 139 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 140 through 223 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 224 through 255 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 256 through 294 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 295 through 445 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 446 through 505 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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