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- PDB-5duk: N-terminal structure of putative DNA binding transcription factor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5duk
タイトルN-terminal structure of putative DNA binding transcription factor from Thermoplasmatales archaeon SCGC AB-539-N05
要素putative DNA binding protein
キーワードTRANSCRIPTION / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / putative DNA binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Helix-turn-helix domain / Bacterial regulatory protein, arsR family / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH arsR-type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasmatales archaeon SCGC AB-539-N05 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.352 Å
データ登録者Chang, C. / Li, H. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: N-terminal structure of putative DNA binding transcription factor from Thermoplasmatales archaeon SCGC AB-539-N05
著者: Chang, C. / Li, H. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2015年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative DNA binding protein
B: putative DNA binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4832
ポリマ－18,4832
非ポリマー00
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area8580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.179, 43.179, 194.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 putative DNA binding protein


分子量: 9241.362 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 7-80) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoplasmatales archaeon SCGC AB-539-N05 (古細菌)
遺伝子: MBGDN05_00160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: M7T6A0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.94 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M ammonium Sulfate, 0.1M tri-Sodium chitrate, 15% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月19日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 8330 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 19.8 % / Biso Wilson estimate: 29.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.128 / Χ2: 1.19 / Net I/av σ(I): 25.26 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 164940
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.35-2.399.50.783550.940.2210.8140.87389.6
2.39-2.4311.70.813720.9110.2210.8430.81993.2
2.43-2.4813.80.8163950.9640.2120.8450.87999.7
2.48-2.5315.60.9284260.9620.2310.9580.843100
2.53-2.59190.6763900.9890.1570.6940.89499.7
2.59-2.6520.40.6714030.9840.1510.6880.897100
2.65-2.7121.80.5554130.9960.1210.5690.938100
2.71-2.7922.50.4594070.9930.0990.470.96100
2.79-2.87230.3724160.9950.080.381.02100
2.87-2.9622.80.3213970.9970.0690.3281100
2.96-3.0722.60.2634240.9910.0570.2691.063100
3.07-3.1922.80.1884080.9960.0410.1921.114100
3.19-3.3322.40.1554280.9950.0340.1581.229100
3.33-3.5122.40.1284030.9950.0280.1311.316100
3.51-3.7322.20.1224200.9960.0270.1261.411100
3.73-4.02220.1114390.9960.0250.1131.569100
4.02-4.4221.20.1064280.9960.0240.1091.7399.8
4.42-5.0620.80.1024390.9920.0230.1051.723100
5.06-6.37200.14530.9930.0230.1021.51299.8
6.37-5017.60.0815140.9940.020.0841.28798.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.10pre_2120精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
SBC-Collectデータ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.352→39.465 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.79 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2534 568 4.75 %
Rwork0.2244 11386 -
obs0.2258 7033 81.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 119.31 Å2 / Biso mean: 34.7873 Å2 / Biso min: 13.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.352→39.465 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1074 0 0 36 1110
Biso mean---35.45 -
残基数----127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021096
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4941475
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037161
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003184
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.689677
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3518-2.58840.2968700.28991464153442
2.5884-2.96290.2981510.25992968311986
2.9629-3.73250.28551660.229434773643100
3.7325-39.47080.21611810.200434773658100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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