[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-5duk: N-terminal structure of putative DNA binding transcription factor... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5duk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | N-terminal structure of putative DNA binding transcription factor from Thermoplasmatales archaeon SCGC AB-539-N05 | ||||||
![]() | putative DNA binding protein | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / putative DNA binding protein | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, C. / Li, H. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: N-terminal structure of putative DNA binding transcription factor from Thermoplasmatales archaeon SCGC AB-539-N05 Authors: Chang, C. / Li, H. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 37.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 27.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 431.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 431.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 8.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
---|---|
Other databases |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 9241.362 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: N-terminal domain (UNP residues 7-80) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: MBGDN05_00160 / Production host: ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.94 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 0.2 M ammonium Sulfate, 0.1M tri-Sodium chitrate, 15% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 19, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.35→50 Å / Num. obs: 8330 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 19.8 % / Biso Wilson estimate: 29.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.128 / Χ2: 1.19 / Net I/av σ(I): 25.26 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 164940 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 119.31 Å2 / Biso mean: 34.7873 Å2 / Biso min: 13.69 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.352→39.465 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4
|