[日本語] English
万見
- PDB-5dt9: Crystal structure of a putative D-Erythronate-4-Phosphate Dehydro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dt9
タイトルCrystal structure of a putative D-Erythronate-4-Phosphate Dehydrogenase from Vibrio cholerae
要素Erythronate-4-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / structural genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / NAD binding / dehydrogenase / erythronate-4-phosphate dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


4-phosphoerythronate dehydrogenase / 4-phosphoerythronate dehydrogenase activity / 'de novo' pyridoxal 5'-phosphate biosynthetic process / pyridoxine biosynthetic process / NAD binding / protein dimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Erythronate-4-phosphate dehydrogenase, dimerisation domain / Erythronate-4-phosphate dehydrogenase / Erythronate-4-phosphate dehydrogenase, dimerisation domain / PdxB, dimerisation domain superfamily / Domain of unknown function (DUF3410) / : / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain ...Erythronate-4-phosphate dehydrogenase, dimerisation domain / Erythronate-4-phosphate dehydrogenase / Erythronate-4-phosphate dehydrogenase, dimerisation domain / PdxB, dimerisation domain superfamily / Domain of unknown function (DUF3410) / : / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Erythronate-4-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.663 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a putative D-Erythronate-4-Phosphate Dehydrogenase from Vibrio cholerae
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2015年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Erythronate-4-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,27414
ポリマ－42,5791
非ポリマー1,69513
水2,774154
1
A: Erythronate-4-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Erythronate-4-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,54828
ポリマ－85,1582
非ポリマー3,39026
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area7980 Å2
ΔGint-269 kcal/mol
Surface area32800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.775, 145.775, 62.031
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-645-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Erythronate-4-phosphate dehydrogenase


分子量: 42578.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: pdxB, VC_2108 / プラスミド: pCPD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KQ92, 4-phosphoerythronate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1M Hepes pH 7.5, 2% PEG400, 1 mM Glutamic acid

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→25 Å / Num. obs: 18676 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 14.39
反射 シェル解像度: 2.66→2.71 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.462 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIXphenix.phaser位相決定
Cootモデル構築
PHENIXphenix.autobuildモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OET

3oet


解像度: 2.663→25 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2403 1526 5.05 %Random selection
Rwork0.1929 ---
obs0.1953 17063 91.36 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.663→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2927 0 96 154 3177
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3854201
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4041126
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038477
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003533
LS精密化 シェル解像度: 2.6635→2.7494 Å / Rfactor Rfree: 0.3454 / Rfactor Rwork: 0.2765
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8577-0.1396-1.34313.3093-0.19325.5285-0.02470.24790.02450.041-0.10340.2809-0.067-0.06580.12710.3261-0.01560.04190.3109-0.02640.5309-0.722356.9456.3211
22.8140.00870.48942.9459-0.13731.7735-0.1744-0.52610.2480.46580.126-0.2017-0.00520.10680.03910.42650.1537-0.05890.4694-0.05450.493730.140847.489716.7691
32.9887-1.8052-0.51142.07680.48930.5577-0.0945-0.003-0.56430.06170.01740.21820.17210.08920.07120.35880.059-0.0370.38160.02860.481518.947139.09953.0575
43.11140.685-0.56456.4534-1.03734.589-0.2359-0.2665-0.47580.17180.17350.64990.6881-0.45960.09150.47710.12230.12250.54130.06110.626119.222126.8928.7609
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 4:95)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 96:272)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 273:350)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 351:382)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る