PDB-5dt6: Crystal structure of the Drosophila GluR1A ligand binding domain ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dt6

タイトル

Crystal structure of the Drosophila GluR1A ligand binding domain complex with glutamate

要素

Glutamate receptor 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

Activation of AMPA receptors / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Cargo concentration in the ER / Synaptic adhesion-like molecules / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / COPII-mediated vesicle transport / glutamate receptor activity / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / monoatomic cation transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.598 Å

データ登録者

Dharkar, P. / Mayer, M.L.

引用

ジャーナル: Neuron / 年: 2016
タイトル: Novel Functional Properties of Drosophila CNS Glutamate Receptors.
著者: Li, Y. / Dharkar, P. / Han, T.H. / Serpe, M. / Lee, C.H. / Mayer, M.L.

履歴

登録	2015年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月21日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dt6.cif.gz	173.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dt6.ent.gz	139.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dt6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dt6_validation.pdf.gz	453.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dt6_full_validation.pdf.gz	455 KB	表示
XML形式データ	5dt6_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	5dt6_validation.cif.gz	21.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/5dt6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/5dt6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dtbC 5ehmC 5ehsC 5ictC 1s50S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3zep-4 4qt1-d 2c69-d 4d1x-d 6x8e-1 4qps-2 4hvd-d 2wmw-d 4rmz-1 4j97-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (9) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (9)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (2)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate receptor 1

ヘテロ分子

30.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.396, 58.351, 100.179
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glutamate receptor 1 / Glutamate receptor I / dGLUR-I / Kainate-selective glutamate receptor 分子量: 30566.738 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 474-594; unp residues 739-880 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: GluRIA, Glu-RI, CG8442 / プラスミド: pet22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: Q03445
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Sample buffer 150 NaCl, 10 Tris pH 8.5, 2 glutamate, 1 EDTA, 10% glycerol Reservoir 13% PEG 8K, 100 Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 46081 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 26.4
反射シェル	解像度: 1.54→1.57 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1S50

1s50

解像度: 1.598→29.176 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1753	2064	4.97 %	Random
R_work	0.1535	-	-	-
obs	0.1546	41563	98.42 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.598→29.176 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2138	0	22	245	2405

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	2248
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.448	3036
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.936	854
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	320
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	394

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.598-1.6351	0.226	128	0.2223	2551	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6351-1.676	0.2175	147	0.1954	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.676-1.7213	0.22	140	0.1873	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7213-1.772	0.1656	129	0.1765	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.772-1.8292	0.198	142	0.1656	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8292-1.8945	0.205	131	0.1616	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8945-1.9704	0.2167	157	0.1628	2628	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9704-2.06	0.1983	128	0.1546	2646	X-RAY DIFFRACTION	99
2.06-2.1686	0.1703	142	0.1431	2621	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1686-2.3044	0.172	141	0.1432	2627	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3044-2.4823	0.1722	136	0.1486	2641	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4823-2.7319	0.1663	145	0.1514	2622	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7319-3.1268	0.1551	137	0.157	2652	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1268-3.9379	0.1626	135	0.1458	2632	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9379-29.1803	0.1697	126	0.1448	2710	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3142	-0.2585	0.0886	0.4314	0.0408	0.4266	-0.0378	-0.1657	0.1487	-0.0264	0.0514	-0.0762	0.0616	-0.0301	0.0019	0.1563	-0.008	-0.0166	0.2017	0.0013	0.1694	14.9047	-9.0765	9.4984
2	0.751	-0.0358	0.2249	0.1943	-0.0983	0.2717	-0.0405	-0.0223	0.0186	-0.0169	-0.0031	-0.0057	0.0127	0.0588	0	0.1551	0.0037	-0.0068	0.1579	-0.0047	0.1544	10.0851	-9.1344	3.1486
3	0.6801	0.0233	-0.0575	0.257	-0.0661	0.1224	-0.0312	0.074	0.0272	-0.0197	0.0429	0.0049	-0.0253	-0.0325	-0	0.1694	-0.0131	-0.0055	0.1558	0.0207	0.1516	6.5977	-4.875	-6.9631
4	0.2238	-0.0314	-0.1958	0.0699	-0.0903	0.3058	0.0321	0.3786	0.1282	-0.1802	0.0964	-0.0432	0.0339	-0.2349	0.0494	0.2347	-0.0112	0.0112	0.3058	0.1252	0.1786	11.5909	4.6746	-21.507
5	0.4345	0.1201	-0.2446	0.6424	-0.433	0.9061	0.0132	0.0816	0.1314	0.0204	-0.0366	-0.0812	-0.1061	0.0122	-0.0936	0.1476	-0.0125	-0.0073	0.1279	0.0525	0.1662	15.7042	3.4424	-11.3444
6	0.0726	-0.0206	0.0386	0.1616	0.0874	0.2031	-0.0676	-0.0463	0.2132	-0.0236	0.0538	0.0999	-0.0887	-0.1157	0	0.188	0.0189	-0.0009	0.1568	-0.0399	0.2357	2.3248	3.2134	8.3854
7	0.0012	0.003	-0.0076	0.0084	0.0012	0.0108	-0.0349	0.1261	0.1471	-0.1911	-0.0732	0.0755	-0.0743	-0.0204	-0.0001	0.7508	-0.2947	0.052	0.6591	-0.1037	0.3821	18.5279	13.6526	5.253

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:36)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 37:72)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 73:127)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 128:162)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 163:236)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 237:260)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 261:266)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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