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- PDB-5ds5: Crystal structure the Escherichia coli Cas1-Cas2 complex bound to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ds5
タイトルCrystal structure the Escherichia coli Cas1-Cas2 complex bound to protospacer DNA and Mg
要素
  • (DNA (28-MER)) x 2
  • CRISPR-associated endonuclease Cas1
  • CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
キーワードHydrolase/DNA / Adaptive Immunity / CRISPR-Associated Proteins / CRISPR-Cas Systems / Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats / Integrases / Endodeoxyribonucleases / Endonucleases / DNA binding protein / Hydrolase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CRISPR-cas system / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / DNA damage response / protein homodimerization activity ...CRISPR-cas system / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / DNA damage response / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Cas2 subtype / CRISPR-associated protein (Cas_Cas2CT1978) / CRISPR-associated protein Cas1, ECOLI subtype / CRISPR-associated protein Cas1, type I-E / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / : / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain ...CRISPR-associated protein Cas2 subtype / CRISPR-associated protein (Cas_Cas2CT1978) / CRISPR-associated protein Cas1, ECOLI subtype / CRISPR-associated protein Cas1, type I-E / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / : / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 / CRISPR-associated endonuclease Cas1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Enterobacteria phage M13 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.951 Å
データ登録者Nunez, J.K. / Harrington, L.B. / Kranzusch, P.J. / Engelman, A.N. / Doudna, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Foreign DNA capture during CRISPR-Cas adaptive immunity.
著者: Nunez, J.K. / Harrington, L.B. / Kranzusch, P.J. / Engelman, A.N. / Doudna, J.A.
履歴
登録2015年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月11日Group: Database references
改定 1.22015年12月9日Group: Database references
改定 1.32018年1月17日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cas1
B: CRISPR-associated endonuclease Cas1
C: CRISPR-associated endonuclease Cas1
D: CRISPR-associated endonuclease Cas1
E: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
F: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
G: DNA (28-MER)
H: DNA (28-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,99613
ポリマ－173,8748
非ポリマー1225
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23650 Å2
ΔGint-183 kcal/mol
Surface area57190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.656, 165.928, 167.258
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
12chain E
22chain F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLUGLUchain AAA16 - 27617 - 277
21LEULEUPROPROchain BBB4 - 2805 - 281
31SERSERILEILEchain CCC16 - 27717 - 278
41TRPTRPPROPROchain DDD3 - 2794 - 280
12METMETVALVALchain EEE1 - 942 - 95
22METMETVALVALchain FFF1 - 942 - 95

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
CRISPR-associated endonuclease Cas1


分子量: 33322.496 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: ygbT, cas1, b2755, JW2725 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q46896, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 CRISPR-associated endoribonuclease Cas2


分子量: 11684.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: ygbF, cas2, b2754, JW5438 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P45956, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8680.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterobacteria phage M13 (ファージ)
#4: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8534.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterobacteria phage M13 (ファージ)
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50 mM MES, pH 6.1, 10% isopropanol and 20 mM MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→46.475 Å / Num. obs: 44960 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.95→3.06 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.863 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P6I

4p6i


解像度: 2.951→46.475 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2564 2641 5.87 %10
Rwork0.2335 ---
obs0.2348 44958 99.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.951→46.475 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9572 1142 5 0 10719
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311031
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71815199
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3144156
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0271751
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031753
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4900X-RAY DIFFRACTION12.497TORSIONAL
12B4900X-RAY DIFFRACTION12.497TORSIONAL
13C4900X-RAY DIFFRACTION12.497TORSIONAL
14D4900X-RAY DIFFRACTION12.497TORSIONAL
21E865X-RAY DIFFRACTION12.497TORSIONAL
22F865X-RAY DIFFRACTION12.497TORSIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9513-3.00490.33951240.34372082X-RAY DIFFRACTION95
3.0049-3.06270.35091390.33192198X-RAY DIFFRACTION100
3.0627-3.12520.36471370.3232188X-RAY DIFFRACTION100
3.1252-3.19310.33341370.31392191X-RAY DIFFRACTION100
3.1931-3.26740.35511340.28752235X-RAY DIFFRACTION100
3.2674-3.34910.31081430.2952181X-RAY DIFFRACTION100
3.3491-3.43960.26031380.27322228X-RAY DIFFRACTION100
3.4396-3.54080.31251380.26792191X-RAY DIFFRACTION100
3.5408-3.6550.27571350.25292211X-RAY DIFFRACTION100
3.655-3.78560.28191460.2512233X-RAY DIFFRACTION100
3.7856-3.93710.27761350.24852213X-RAY DIFFRACTION100
3.9371-4.11620.25091410.22012198X-RAY DIFFRACTION100
4.1162-4.33310.23051400.20962249X-RAY DIFFRACTION100
4.3331-4.60430.22421390.19442233X-RAY DIFFRACTION100
4.6043-4.95940.20411440.19072244X-RAY DIFFRACTION100
4.9594-5.45780.2591370.20922254X-RAY DIFFRACTION100
5.4578-6.2460.2331400.21942275X-RAY DIFFRACTION100
6.246-7.86310.21991390.21462300X-RAY DIFFRACTION100
7.8631-46.48080.2151550.19572413X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2608-0.41350.43581.31440.76710.8142-0.0453-0.4719-0.23150.6388-0.30560.4186-0.4227-0.5731-0.03421.0016-0.0326-0.16090.8223-0.04110.559817.9116192.688171.846
21.05290.70450.0111.8469-1.21550.9660.4201-1.18520.42791.5617-0.0473-0.1799-0.379-0.44060.08341.0237-0.2041-0.13580.8895-0.0210.658119.8212196.569369.0445
30.21780.28420.11371.7280.89741.25350.1244-0.13140.62190.184-0.3078-0.3354-0.451-0.0496-0.00010.5814-0.097-0.05910.55090.04740.505421.5184200.014960.2532
40.5281-0.1877-0.66770.88330.68911.0147-0.32640.48610.76120.0102-0.0444-0.67710.12450.72420.00020.6722-0.1575-0.01140.78790.06550.907244.5984215.988853.1032
50.1721-0.2064-0.05772.0738-0.01691.60110.08490.7754-0.6213-0.96170.1404-0.34710.71290.86990.00470.5453-0.0457-0.07871.17050.1541.176857.0223197.384454.9135
61.09071.194-0.00292.13490.71171.09420.12310.48470.0808-0.2511-0.214-0.8905-0.02060.59380.00030.6117-0.0022-0.05840.68460.11760.746740.7065200.738255.0464
70.1653-0.6787-1.21452.59784.77818.8349-0.53150.8128-0.46481.08280.2233-0.51771.75071.8286-0.26610.54940.0649-0.12970.83750.25111.336150.0353184.942463.7125
80.50031.16690.26394.39292.08982.15070.0092-0.2699-0.49490.37320.4046-1.5699-0.03750.45870.10450.75850.0074-0.26730.71450.17730.59339.6067188.96166.3079
90.7375-0.49950.43641.3186-0.69161.8806-0.5568-1.03141.08181.56520.3733-0.7393-1.396-0.9367-0.01480.7107-0.06270.06480.8328-0.23120.960538.3439211.272362.7454
101.10940.55631.49485.21130.57043.61240.09860.00160.01740.252-0.1863-0.0189-0.03180.0814-0.00130.4691-0.0166-0.04120.37310.02670.42714.1025191.228150.6089
115.7185-0.6551.01583.5457-0.24532.06050.14460.1447-0.1014-0.2443-0.17190.1637-0.08240.0282-0.00040.60250.1121-0.01370.5319-0.00090.40548.5128212.672740.4814
121.0040.96570.57851.19050.03251.3104-0.08970.1436-1.53350.04290.3256-1.18361.5077-0.46880.00611.1194-0.05210.12590.8384-0.28941.08831.0247136.47329.2701
130.56070.1650.09810.6483-0.86361.07030.04050.1036-0.6034-0.7117-0.1469-0.62822.11710.1976-0.00120.959-0.00250.16020.7409-0.00490.8478-0.8835139.49435.9079
140.2551-0.3972-0.43622.2812-0.58760.39620.05010.2588-0.4337-0.1884-0.0210.21960.1953-0.0033-0.00030.52270.0761-0.06580.6183-0.17120.5926-2.4535148.76293.476
150.31150.592-0.16442.0066-0.49470.87540.09620.5377-0.086-0.16320.19851.07850.0564-0.2207-0.00390.54880.0127-0.05610.9012-0.11560.9094-25.6543157.7944-11.3333
162.0073-0.66141.7960.3782-0.44591.55230.4258-0.2620.16510.3718-0.11370.6436-0.0026-0.61300.6087-0.08240.1330.8632-0.13880.8516-27.9349154.64145.2647
170.1596-0.1592-0.01120.22830.14830.1912-0.2696-0.8661-0.67851.2332-0.69620.77840.5658-0.5781-0.00230.7429-0.13760.13811.1655-0.06271.1263-30.9279144.376418.5764
180.7535-0.21030.69280.23870.26671.97890.3181-0.5868-0.42680.7876-0.9556-0.17040.5213-1.4326-0.00320.7323-0.2190.0390.71010.00270.8902-20.7361142.677815.3969
190.2724-0.2022-0.10951.11540.10330.82290.21860.4913-0.4136-1.36710.55180.4550.9789-0.12020.00190.5549-0.05890.02160.7976-0.26270.8702-19.6423147.0774-7.5014
200.89610.42730.79852.0719-0.49382.41990.0308-0.00580.01270.07390.10330.32260.1233-0.28770.00010.6322-0.0325-0.05330.4665-0.01780.52694.1143159.77417.4516
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41-0.1594-0.26350.8826-0.8578-0.41950.61230.0439-0.0829-0.28160.0826-0.0863-0.23110.3242-0.1695-0.00180.7979-0.12480.0030.6358-0.12730.670210.3302158.126447.9981
421.70610.2191-0.33343.0064-2.25771.6589-0.122.60340.1991-3.1156-0.0956-1.12661.56610.5336-0.00361.47610.03310.00431.19970.08021.363939.2237187.754751.6264
430.14810.2333-0.17470.2544-0.210.0913-0.0599-0.0956-0.35170.69420.0251-0.09110.6489-0.06220.00040.71790.0584-0.17050.4689-0.00370.538223.0862173.925559.834
440.238-0.19420.26740.03760.12660.97340.1426-1.013-0.7008-0.13920.1943-0.2871-0.8419-1.45430.01050.90010.0302-0.23740.7113-0.01720.69519.3025157.574250.5314
450.1975-0.34020.50040.0521-0.58950.32630.35660.001-0.04730.3728-0.0094-0.28950.1118-0.43430.00010.7174-0.1511-0.03240.56260.03710.6559-4.3712142.392832.7427
460.2143-0.43850.13770.3022-0.02490.02630.3581-0.50891.0541.1585-0.36690.9441-0.9969-1.7503-0.00210.98120.02490.09471.41610.00251.2295-19.5114156.088916.7089
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 40 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 41 through 61 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 62 through 95 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 96 through 133 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 134 through 175 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 176 through 227 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 228 through 242 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 243 through 259 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 260 through 276 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 4 through 95 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 96 through 280 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 16 through 40 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 41 through 61 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 62 through 95 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 96 through 133 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 134 through 227 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 228 through 242 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 243 through 257 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 258 through 277 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 3 through 36 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 37 through 61 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 62 through 78 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 79 through 108 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 109 through 156 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 157 through 175 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 176 through 227 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 228 through 279 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 1 through 21 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 22 through 36 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 37 through 50 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 51 through 67 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 68 through 83 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 84 through 94 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 1 through 9 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 10 through 21 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 22 through 36 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 37 through 50 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 51 through 67 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 68 through 83 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 84 through 94 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'G' and (resid 1 through 23 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'G' and (resid 24 through 28 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'H' and (resid 1 through 7 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'H' and (resid 8 through 15 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'H' and (resid 16 through 23 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'H' and (resid 24 through 28 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る