PDB-5ds0: Crystal structure of TET aminopeptidase from marine sediment arch...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ds0

タイトル

Crystal structure of TET aminopeptidase from marine sediment archaeon Thaumarchaeota archaeon SCGC AB-539-E09

要素

Peptidase M42

キーワード

HYDROLASE / single cell genomics / M42 peptidase family / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

aminopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumarchaeota archaeon SCGC AB-539-E09 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Michalska, K. / Chhor, G. / Mootz, J. / Endres, M. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Steen, A. / Lloyd, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of TET aminopeptidase from marine sediment archaeon Thaumarchaeota archaeon SCGC AB-539-E09
著者: Michalska, K. / Chhor, G. / Mootz, J. / Endres, M. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Steen, A. / Lloyd, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2015年9月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ds0.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ds0.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ds0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ds0_validation.pdf.gz	527.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ds0_full_validation.pdf.gz	554.5 KB	表示
XML形式データ	5ds0_validation.xml.gz	136.2 KB	表示
CIF形式データ	5ds0_validation.cif.gz	184.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/5ds0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/5ds0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1vheS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6r8n-d 6f3k-1 6nw5-1 4wwv-1 1vhe-2 4p6y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC111735

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidase M42

B: Peptidase M42

C: Peptidase M42

D: Peptidase M42

E: Peptidase M42

F: Peptidase M42

G: Peptidase M42

H: Peptidase M42

I: Peptidase M42

J: Peptidase M42

K: Peptidase M42

L: Peptidase M42

ヘテロ分子

481 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.638, 165.372, 125.789
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.87, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	PHE	PHE	A	A	3 - 358	3 - 358
2	1	ALA	ALA	PHE	PHE	B	B	3 - 358	3 - 358
1	2	SER	SER	THR	THR	A	A	1 - 359	1 - 359
2	2	SER	SER	THR	THR	C	C	1 - 359	1 - 359
1	3	SER	SER	THR	THR	A	A	1 - 359	1 - 359
2	3	SER	SER	THR	THR	D	D	1 - 359	1 - 359
1	4	SER	SER	THR	THR	A	A	1 - 359	1 - 359
2	4	SER	SER	THR	THR	E	E	1 - 359	1 - 359
1	5	SER	SER	THR	THR	A	A	1 - 359	1 - 359
2	5	SER	SER	THR	THR	F	F	1 - 359	1 - 359
1	6	SER	SER	THR	THR	A	A	1 - 359	1 - 359
2	6	SER	SER	THR	THR	G	G	1 - 359	1 - 359
1	7	SER	SER	THR	THR	A	A	1 - 359	1 - 359
2	7	SER	SER	THR	THR	H	H	1 - 359	1 - 359
1	8	ASP	ASP	PHE	PHE	A	A	4 - 358	4 - 358
2	8	ASP	ASP	PHE	PHE	I	I	4 - 358	4 - 358
1	9	SER	SER	THR	THR	A	A	1 - 359	1 - 359
2	9	SER	SER	THR	THR	J	J	1 - 359	1 - 359
1	10	SER	SER	THR	THR	A	A	1 - 359	1 - 359
2	10	SER	SER	THR	THR	K	K	1 - 359	1 - 359
1	11	ALA	ALA	PHE	PHE	A	A	3 - 358	3 - 358
2	11	ALA	ALA	PHE	PHE	L	L	3 - 358	3 - 358
1	12	ALA	ALA	PHE	PHE	B	B	3 - 358	3 - 358
2	12	ALA	ALA	PHE	PHE	C	C	3 - 358	3 - 358
1	13	ALA	ALA	PHE	PHE	B	B	3 - 358	3 - 358
2	13	ALA	ALA	PHE	PHE	D	D	3 - 358	3 - 358
1	14	ALA	ALA	PHE	PHE	B	B	3 - 358	3 - 358
2	14	ALA	ALA	PHE	PHE	E	E	3 - 358	3 - 358
1	15	ALA	ALA	THR	THR	B	B	3 - 359	3 - 359
2	15	ALA	ALA	THR	THR	F	F	3 - 359	3 - 359
1	16	ALA	ALA	THR	THR	B	B	3 - 359	3 - 359
2	16	ALA	ALA	THR	THR	G	G	3 - 359	3 - 359
1	17	ALA	ALA	THR	THR	B	B	3 - 359	3 - 359
2	17	ALA	ALA	THR	THR	H	H	3 - 359	3 - 359
1	18	ASP	ASP	THR	THR	B	B	4 - 359	4 - 359
2	18	ASP	ASP	THR	THR	I	I	4 - 359	4 - 359
1	19	ALA	ALA	THR	THR	B	B	3 - 359	3 - 359
2	19	ALA	ALA	THR	THR	J	J	3 - 359	3 - 359
1	20	ALA	ALA	THR	THR	B	B	3 - 359	3 - 359
2	20	ALA	ALA	THR	THR	K	K	3 - 359	3 - 359
1	21	ALA	ALA	THR	THR	B	B	3 - 359	3 - 359
2	21	ALA	ALA	THR	THR	L	L	3 - 359	3 - 359
1	22	SER	SER	THR	THR	C	C	1 - 359	1 - 359
2	22	SER	SER	THR	THR	D	D	1 - 359	1 - 359
1	23	SER	SER	THR	THR	C	C	1 - 359	1 - 359
2	23	SER	SER	THR	THR	E	E	1 - 359	1 - 359
1	24	SER	SER	THR	THR	C	C	1 - 359	1 - 359
2	24	SER	SER	THR	THR	F	F	1 - 359	1 - 359
1	25	SER	SER	THR	THR	C	C	1 - 359	1 - 359
2	25	SER	SER	THR	THR	G	G	1 - 359	1 - 359
1	26	SER	SER	THR	THR	C	C	1 - 359	1 - 359
2	26	SER	SER	THR	THR	H	H	1 - 359	1 - 359
1	27	ASP	ASP	PHE	PHE	C	C	4 - 358	4 - 358
2	27	ASP	ASP	PHE	PHE	I	I	4 - 358	4 - 358
1	28	SER	SER	THR	THR	C	C	1 - 359	1 - 359
2	28	SER	SER	THR	THR	J	J	1 - 359	1 - 359
1	29	SER	SER	THR	THR	C	C	1 - 359	1 - 359
2	29	SER	SER	THR	THR	K	K	1 - 359	1 - 359
1	30	ALA	ALA	THR	THR	C	C	3 - 359	3 - 359
2	30	ALA	ALA	THR	THR	L	L	3 - 359	3 - 359
1	31	SER	SER	THR	THR	D	D	1 - 359	1 - 359
2	31	SER	SER	THR	THR	E	E	1 - 359	1 - 359
1	32	SER	SER	THR	THR	D	D	1 - 359	1 - 359
2	32	SER	SER	THR	THR	F	F	1 - 359	1 - 359
1	33	SER	SER	THR	THR	D	D	1 - 359	1 - 359
2	33	SER	SER	THR	THR	G	G	1 - 359	1 - 359
1	34	SER	SER	THR	THR	D	D	1 - 359	1 - 359
2	34	SER	SER	THR	THR	H	H	1 - 359	1 - 359
1	35	ASP	ASP	PHE	PHE	D	D	4 - 358	4 - 358
2	35	ASP	ASP	PHE	PHE	I	I	4 - 358	4 - 358
1	36	SER	SER	THR	THR	D	D	1 - 359	1 - 359
2	36	SER	SER	THR	THR	J	J	1 - 359	1 - 359
1	37	SER	SER	THR	THR	D	D	1 - 359	1 - 359
2	37	SER	SER	THR	THR	K	K	1 - 359	1 - 359
1	38	ALA	ALA	PHE	PHE	D	D	3 - 358	3 - 358
2	38	ALA	ALA	PHE	PHE	L	L	3 - 358	3 - 358
1	39	SER	SER	THR	THR	E	E	1 - 359	1 - 359
2	39	SER	SER	THR	THR	F	F	1 - 359	1 - 359
1	40	SER	SER	THR	THR	E	E	1 - 359	1 - 359
2	40	SER	SER	THR	THR	G	G	1 - 359	1 - 359
1	41	SER	SER	THR	THR	E	E	1 - 359	1 - 359
2	41	SER	SER	THR	THR	H	H	1 - 359	1 - 359
1	42	ASP	ASP	PHE	PHE	E	E	4 - 358	4 - 358
2	42	ASP	ASP	PHE	PHE	I	I	4 - 358	4 - 358
1	43	SER	SER	THR	THR	E	E	1 - 359	1 - 359
2	43	SER	SER	THR	THR	J	J	1 - 359	1 - 359
1	44	SER	SER	THR	THR	E	E	1 - 359	1 - 359
2	44	SER	SER	THR	THR	K	K	1 - 359	1 - 359
1	45	ALA	ALA	PHE	PHE	E	E	3 - 358	3 - 358
2	45	ALA	ALA	PHE	PHE	L	L	3 - 358	3 - 358
1	46	SER	SER	THR	THR	F	F	1 - 359	1 - 359
2	46	SER	SER	THR	THR	G	G	1 - 359	1 - 359
1	47	SER	SER	THR	THR	F	F	1 - 359	1 - 359
2	47	SER	SER	THR	THR	H	H	1 - 359	1 - 359
1	48	ASP	ASP	PHE	PHE	F	F	4 - 358	4 - 358
2	48	ASP	ASP	PHE	PHE	I	I	4 - 358	4 - 358
1	49	SER	SER	THR	THR	F	F	1 - 359	1 - 359
2	49	SER	SER	THR	THR	J	J	1 - 359	1 - 359
1	50	SER	SER	THR	THR	F	F	1 - 359	1 - 359
2	50	SER	SER	THR	THR	K	K	1 - 359	1 - 359
1	51	ALA	ALA	PHE	PHE	F	F	3 - 358	3 - 358
2	51	ALA	ALA	PHE	PHE	L	L	3 - 358	3 - 358
1	52	SER	SER	THR	THR	G	G	1 - 359	1 - 359
2	52	SER	SER	THR	THR	H	H	1 - 359	1 - 359
1	53	ASP	ASP	PHE	PHE	G	G	4 - 358	4 - 358
2	53	ASP	ASP	PHE	PHE	I	I	4 - 358	4 - 358
1	54	SER	SER	THR	THR	G	G	1 - 359	1 - 359
2	54	SER	SER	THR	THR	J	J	1 - 359	1 - 359
1	55	SER	SER	THR	THR	G	G	1 - 359	1 - 359
2	55	SER	SER	THR	THR	K	K	1 - 359	1 - 359
1	56	ALA	ALA	PHE	PHE	G	G	3 - 358	3 - 358
2	56	ALA	ALA	PHE	PHE	L	L	3 - 358	3 - 358
1	57	ASP	ASP	PHE	PHE	H	H	4 - 358	4 - 358
2	57	ASP	ASP	PHE	PHE	I	I	4 - 358	4 - 358
1	58	SER	SER	THR	THR	H	H	1 - 359	1 - 359
2	58	SER	SER	THR	THR	J	J	1 - 359	1 - 359
1	59	SER	SER	THR	THR	H	H	1 - 359	1 - 359
2	59	SER	SER	THR	THR	K	K	1 - 359	1 - 359
1	60	ALA	ALA	PHE	PHE	H	H	3 - 358	3 - 358
2	60	ALA	ALA	PHE	PHE	L	L	3 - 358	3 - 358
1	61	ASP	ASP	PHE	PHE	I	I	4 - 358	4 - 358
2	61	ASP	ASP	PHE	PHE	J	J	4 - 358	4 - 358
1	62	ASP	ASP	PHE	PHE	I	I	4 - 358	4 - 358
2	62	ASP	ASP	PHE	PHE	K	K	4 - 358	4 - 358
1	63	ASP	ASP	PHE	PHE	I	I	4 - 358	4 - 358
2	63	ASP	ASP	PHE	PHE	L	L	4 - 358	4 - 358
1	64	SER	SER	THR	THR	J	J	1 - 359	1 - 359
2	64	SER	SER	THR	THR	K	K	1 - 359	1 - 359
1	65	ALA	ALA	PHE	PHE	J	J	3 - 358	3 - 358
2	65	ALA	ALA	PHE	PHE	L	L	3 - 358	3 - 358
1	66	ALA	ALA	PHE	PHE	K	K	3 - 358	3 - 358
2	66	ALA	ALA	PHE	PHE	L	L	3 - 358	3 - 358

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Peptidase M42 分子量: 39834.535 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thaumarchaeota archaeon SCGC AB-539-E09 (古細菌) 遺伝子: MCGE09_00274 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: M7T295
#2: 化合物	... ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M magnesium formate, 15% PEG3350, 2.6 mM CoCl2, 2.6 mM L-Phe-AMC, cryo 25% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月24日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 116464 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.161 / Net I/σ(I): 10.81
反射シェル	解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VHE

1vhe

解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 28.658 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.312 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20612	1842	1.6 %	RANDOM
R_work	0.19287	-	-	-
obs	0.19308	113231	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.343 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.28 Å²	0 Å²	0.03 Å²
2-	-	-1.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32683	0	114	0	32797

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	33359
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	32671
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.369	1.987	45116
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.224	3	75374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.437	5	4253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.37	24.331	1376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.798	15	5362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.216	15	216
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	5176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	37315
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	6977
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.54	2.786	17081
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.539	2.786	17080
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.678	4.171	21311
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.678	4.171	21312
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.048	3.056	16278
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.047	3.056	16278
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.357	4.47	23806
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.87	21.686	34917
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.87	21.686	34917
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	21862	0.07
1	2	B	21862	0.07
2	1	A	22224	0.07
2	2	C	22224	0.07
3	1	A	21931	0.07
3	2	D	21931	0.07
4	1	A	22123	0.06
4	2	E	22123	0.06
5	1	A	22066	0.07
5	2	F	22066	0.07
6	1	A	22027	0.07
6	2	G	22027	0.07
7	1	A	22188	0.07
7	2	H	22188	0.07
8	1	A	22078	0.06
8	2	I	22078	0.06
9	1	A	22144	0.06
9	2	J	22144	0.06
10	1	A	22079	0.06
10	2	K	22079	0.06
11	1	A	21432	0.08
11	2	L	21432	0.08
12	1	B	21855	0.07
12	2	C	21855	0.07
13	1	B	21818	0.07
13	2	D	21818	0.07
14	1	B	21819	0.07
14	2	E	21819	0.07
15	1	B	22010	0.07
15	2	F	22010	0.07
16	1	B	21804	0.07
16	2	G	21804	0.07
17	1	B	21941	0.07
17	2	H	21941	0.07
18	1	B	21847	0.06
18	2	I	21847	0.06
19	1	B	21914	0.06
19	2	J	21914	0.06
20	1	B	21846	0.07
20	2	K	21846	0.07
21	1	B	21614	0.08
21	2	L	21614	0.08
22	1	C	22100	0.07
22	2	D	22100	0.07
23	1	C	22264	0.06
23	2	E	22264	0.06
24	1	C	22215	0.06
24	2	F	22215	0.06
25	1	C	22159	0.06
25	2	G	22159	0.06
26	1	C	22334	0.05
26	2	H	22334	0.05
27	1	C	22035	0.06
27	2	I	22035	0.06
28	1	C	22220	0.06
28	2	J	22220	0.06
29	1	C	22097	0.06
29	2	K	22097	0.06
30	1	C	21709	0.07
30	2	L	21709	0.07
31	1	D	22188	0.06
31	2	E	22188	0.06
32	1	D	21996	0.08
32	2	F	21996	0.08
33	1	D	21898	0.07
33	2	G	21898	0.07
34	1	D	21937	0.07
34	2	H	21937	0.07
35	1	D	21805	0.06
35	2	I	21805	0.06
36	1	D	21936	0.07
36	2	J	21936	0.07
37	1	D	22024	0.07
37	2	K	22024	0.07
38	1	D	21786	0.07
38	2	L	21786	0.07
39	1	E	22095	0.07
39	2	F	22095	0.07
40	1	E	22112	0.06
40	2	G	22112	0.06
41	1	E	22085	0.07
41	2	H	22085	0.07
42	1	E	21991	0.06
42	2	I	21991	0.06
43	1	E	22193	0.06
43	2	J	22193	0.06
44	1	E	22187	0.06
44	2	K	22187	0.06
45	1	E	21687	0.07
45	2	L	21687	0.07
46	1	F	22147	0.06
46	2	G	22147	0.06
47	1	F	22155	0.06
47	2	H	22155	0.06
48	1	F	21843	0.06
48	2	I	21843	0.06
49	1	F	22169	0.06
49	2	J	22169	0.06
50	1	F	22187	0.07
50	2	K	22187	0.07
51	1	F	21773	0.07
51	2	L	21773	0.07
52	1	G	22201	0.06
52	2	H	22201	0.06
53	1	G	21939	0.06
53	2	I	21939	0.06
54	1	G	22167	0.06
54	2	J	22167	0.06
55	1	G	22004	0.07
55	2	K	22004	0.07
56	1	G	21792	0.07
56	2	L	21792	0.07
57	1	H	22000	0.06
57	2	I	22000	0.06
58	1	H	22237	0.06
58	2	J	22237	0.06
59	1	H	22065	0.06
59	2	K	22065	0.06
60	1	H	21604	0.07
60	2	L	21604	0.07
61	1	I	21887	0.06
61	2	J	21887	0.06
62	1	I	21962	0.06
62	2	K	21962	0.06
63	1	I	21598	0.07
63	2	L	21598	0.07
64	1	J	22087	0.06
64	2	K	22087	0.06
65	1	J	21754	0.07
65	2	L	21754	0.07
66	1	K	21686	0.07
66	2	L	21686	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	140	-
R_work	0.306	8261	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0354	-4.2493	-1.3603	28.0464	-3.6064	9.7569	-0.0018	-0.1912	0.1655	0.7431	0.4649	-0.4284	-0.652	0.5251	-0.4631	0.0887	-0.0088	0.0338	0.2657	-0.0921	0.2298	41.1775	119.1447	78.7272
2	1.1145	-0.3206	-1.2646	0.37	0.8216	2.42	0.0651	-0.2463	0.076	0.0536	0.0859	-0.1299	0.1525	0.2926	-0.151	0.1985	-0.0071	-0.0439	0.2631	-0.0958	0.163	42.3902	100.1608	79.8895
3	1.5524	-0.1356	-0.5597	0.7208	0.5864	1.1265	-0.0463	0.0326	0.0471	-0.185	0.0456	0.0309	0.2166	0.0715	0.0007	0.2924	-0.03	0.0109	0.1983	-0.064	0.1229	41.7226	94.2082	50.9456
4	0.5287	-0.0148	-0.426	0.1088	0.1767	1.109	0.0726	-0.087	0.1482	0.106	0.038	-0.094	0.076	0.1291	-0.1106	0.1913	-0.0105	-0.0494	0.2126	-0.0931	0.1724	38.3459	101.9526	74.5464
5	3.6343	-1.2226	-4.8219	20.4499	6.8902	7.7877	0.5535	0.3219	-0.6854	0.7463	-1.1182	-0.9814	-0.507	-0.7061	0.5648	0.2128	-0.0309	-0.1202	0.3661	0.1867	0.3929	15.7088	102.7332	61.8552
6	1.9106	0.0486	0.169	2.7231	-0.8179	0.3411	0.0623	-0.2453	0.0047	-0.2475	0.0537	0.1012	0.1128	-0.0875	-0.1159	0.2281	-0.0474	0.0266	0.2408	-0.0148	0.1328	20.5882	99.3396	80.3879
7	1.6177	-0.0339	-0.8237	1.1498	-0.7743	3.6537	0.0188	-0.1778	0.2134	0.0089	0.0147	0.0049	-0.2077	0.0341	-0.0335	0.1687	-0.0076	-0.0254	0.1677	-0.0998	0.1002	26.251	106.6287	81.1431
8	0.4494	-0.5012	0.1655	0.5857	-0.0758	0.6495	-0.1589	-0.0089	0.0477	0.2364	0.0497	-0.0261	0.1155	0.0838	0.1093	0.4044	-0.051	0.041	0.2396	0.0559	0.0354	11.1672	77.3488	91.7402
9	0.7523	-0.9962	0.529	1.9928	0.4944	2.557	-0.0795	0.1707	0.153	0.0648	-0.2182	-0.1152	-0.1315	0.0375	0.2977	0.2101	-0.0853	0.0124	0.2284	0.006	0.0901	2.5306	91.154	65.765
10	0.4061	-0.2852	0.6928	0.6434	-0.1293	1.4743	-0.0849	-0.0109	-0.0134	0.262	0.0183	0.1199	0.0268	0.0134	0.0666	0.2891	-0.0828	0.0558	0.2131	0.069	0.0768	10.755	73.3868	86.5907
11	2.4906	1.325	1.2903	0.7055	0.6858	0.6795	0.1594	-0.6031	0.439	0.0771	-0.332	0.2309	0.119	-0.3116	0.1726	0.2174	0.076	-0.0753	0.3905	0.003	0.4125	9.7085	60.5534	64.2068
12	2.2156	-0.0286	-0.276	1.2242	-0.1609	1.77	0.0263	0.1223	-0.318	0.0648	0.0727	-0.1155	0.1824	0.0244	-0.099	0.3191	-0.0307	-0.0185	0.1267	0.0618	0.1506	18.384	57.2499	79.9343
13	1.4157	-0.0703	2.9125	0.335	1.0293	10.1588	-0.0661	-0.0191	-0.0378	0.007	-0.0078	0.044	-0.107	-0.107	0.074	0.1937	-0.0159	-0.0225	0.2049	0.0502	0.1216	24.6747	71.404	79.9901
14	1.2689	-0.3196	0.6477	1.0143	0.6885	1.1556	0.0011	0.0186	-0.0548	0.3258	-0.0221	0.0453	0.227	-0.0365	0.0209	0.3439	-0.0875	-0.0175	0.1949	0.0995	0.1051	14.9827	62.7164	86.128
15	10.6729	1.7155	10.6061	7.0129	-6.8489	21.4003	-0.6319	-0.2782	0.9832	-0.4963	0.1708	0.5596	-0.1226	-0.5411	0.4611	0.177	0.1094	-0.02	0.1481	-0.0174	0.2428	-28.3547	106.8054	10.2057
16	0.8913	-0.1377	0.2645	1.1904	1.0105	1.0569	0.0349	-0.1249	0.0056	0.0027	-0.1767	0.1974	-0.0417	-0.1923	0.1418	0.1884	0.0738	0.033	0.2858	-0.0245	0.2004	-32.4354	97.619	25.2994
17	0.7482	0.1475	0.6711	0.9383	0.7641	1.1396	0.1529	-0.1761	0.0363	-0.0612	-0.1479	-0.1159	0.0608	-0.0855	-0.005	0.1741	0.0077	0.0355	0.3276	0.0475	0.1321	-5.3654	103.2062	35.7051
18	0.9447	0.3247	-0.0726	0.4197	0.1608	0.1233	0.1173	-0.0961	0.0753	-0.0227	-0.1101	0.0569	-0.0371	-0.0636	-0.0071	0.1931	0.0634	-0.0044	0.2644	0.0331	0.136	-20.3117	97.2032	25.964
19	15.6275	5.1929	4.5877	6.3282	-4.013	8.0116	0.0349	1.116	-1.0913	1.264	0.254	-0.4042	-1.4907	0.4588	-0.289	0.3619	-0.0414	-0.0253	0.1196	0.0089	0.2996	-2.21	82.7519	15.5547
20	0.7755	0.6821	-0.0387	1.7233	-1.0721	1.5903	0.07	0.0156	-0.0765	-0.0829	-0.1005	0.0681	-0.0599	-0.0174	0.0305	0.1868	0.0542	-0.0197	0.1878	-0.0061	0.1482	-22.2348	79.6234	17.595
21	3.2013	2.4444	0.1767	2.4694	0.7538	0.7088	0.0339	0.0902	-0.1197	-0.1486	-0.0953	-0.0305	-0.1031	-0.0899	0.0614	0.1568	0.1005	-0.0635	0.2452	0.0361	0.132	-24.9607	87.5712	13.7595
22	8.6176	-8.2644	-3.665	12.5638	11.0265	13.7416	0.0999	-0.1586	-0.6327	-0.1099	-0.203	0.4924	-0.0774	-0.5542	0.1031	0.1578	0.0102	0.0503	0.208	-0.0106	0.1228	-28.172	91.5439	77.9273
23	0.7156	-0.0992	0.0301	1.1242	-0.1539	0.0518	0.0589	-0.0914	-0.1308	0.0817	0.0313	0.2419	0.0153	-0.0452	-0.0903	0.1586	-0.0764	0.0741	0.2997	-0.0121	0.2499	-29.2699	81.3533	61.8449
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25	1.3184	-0.3325	-0.0016	0.4568	-0.0277	0.0091	0.0275	-0.0205	-0.1344	0.0943	-0.0168	0.0343	-0.0224	-0.0369	-0.0108	0.1636	-0.0128	0.0981	0.3164	-0.0752	0.1493	-24.497	86.4379	61.7103
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71	0.9938	-0.4365	0.3564	1.2112	-0.9856	0.8375	-0.0461	0.1887	0.046	0.0918	-0.0265	-0.1781	-0.137	0.0257	0.0726	0.3293	-0.0763	0.1558	0.1515	-0.0297	0.1653	42.3089	101.6555	3.0333
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79	0.208	-0.1981	0.5917	1.6569	0.1742	2.0694	-0.0793	0.051	0.0344	-0.3963	-0.0081	-0.1092	-0.393	0.1755	0.0874	0.4583	-0.0164	0.0678	0.034	0.0435	0.1409	18.0479	132.3505	16.129
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83	4.8292	4.8819	-1.6828	6.1823	-5.0072	9.3703	-0.1549	0.1258	-0.1108	-0.3786	0.0204	-0.1204	0.6529	0.238	0.1345	0.2328	0.0923	0.0873	0.053	-0.0129	0.2644	23.7679	118.6349	27.0808
84	1.4337	1.1207	0.0246	1.4259	-0.4754	0.7713	0.0164	-0.0389	0.1332	0.0923	0.079	0.1127	-0.1834	-0.0287	-0.0954	0.2815	0.0552	0.0987	0.086	-0.0597	0.1666	14.6681	128.5588	30.9349

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	9 - 78
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	79 - 138
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	139 - 242
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	243 - 251
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	252 - 319
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	320 - 359
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	3 - 76
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	77 - 149
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	150 - 241
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	242 - 251
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	252 - 294
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	295 - 308
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	309 - 359
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	1 - 8
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	9 - 62
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	63 - 128
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	129 - 242
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	243 - 251
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	252 - 319
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22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	1 - 8
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	9 - 77
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	78 - 149
25	X-RAY DIFFRACTION	25	D	150 - 241
26	X-RAY DIFFRACTION	26	D	242 - 251
27	X-RAY DIFFRACTION	27	D	252 - 320
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	321 - 359
29	X-RAY DIFFRACTION	29	E	1 - 8
30	X-RAY DIFFRACTION	30	E	9 - 69
31	X-RAY DIFFRACTION	31	E	70 - 133
32	X-RAY DIFFRACTION	32	E	134 - 242
33	X-RAY DIFFRACTION	33	E	243 - 251
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36	X-RAY DIFFRACTION	36	F	1 - 11
37	X-RAY DIFFRACTION	37	F	12 - 116
38	X-RAY DIFFRACTION	38	F	117 - 129
39	X-RAY DIFFRACTION	39	F	130 - 240
40	X-RAY DIFFRACTION	40	F	241 - 253
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43	X-RAY DIFFRACTION	43	G	1 - 8
44	X-RAY DIFFRACTION	44	G	9 - 78
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46	X-RAY DIFFRACTION	46	G	150 - 241
47	X-RAY DIFFRACTION	47	G	242 - 253
48	X-RAY DIFFRACTION	48	G	254 - 308
49	X-RAY DIFFRACTION	49	G	309 - 359
50	X-RAY DIFFRACTION	50	H	1 - 69
51	X-RAY DIFFRACTION	51	H	70 - 118
52	X-RAY DIFFRACTION	52	H	119 - 128
53	X-RAY DIFFRACTION	53	H	129 - 240
54	X-RAY DIFFRACTION	54	H	241 - 253
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83	X-RAY DIFFRACTION	83	L	295 - 307
84	X-RAY DIFFRACTION	84	L	308 - 359

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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