[日本語] English
万見
- PDB-5drq: Crystal structure of the Pseudomonas aeruginosa LpxC/LPC-040 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5drq
タイトルCrystal structure of the Pseudomonas aeruginosa LpxC/LPC-040 complex
要素UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / LpxC / Lipid A / Inhibitor / Gram-negative bacteria / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
lpxc deacetylase, domain 1 / lpxc deacetylase, domain 2 / lpxc deacetylase, domain 1 / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, C-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, N-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglycosamine deacetylase / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5EM / NITRATE ION / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Lee, C.-J. / Najeeb, J. / Zhou, P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI055588 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094475 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Drug design from the cryptic inhibitor envelope.
著者: Lee, C.J. / Liang, X. / Wu, Q. / Najeeb, J. / Zhao, J. / Gopalaswamy, R. / Titecat, M. / Sebbane, F. / Lemaitre, N. / Toone, E.J. / Zhou, P.
履歴
登録2015年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,46633
ポリマ－33,1471
非ポリマー2,31932
水4,738263
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.433, 74.001, 88.629
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase / Protein EnvA / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase


分子量: 33146.617 Da / 分子数: 1 / 変異: C40S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: lpxC, envA, PA4406 / プラスミド: PET21B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P47205, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-5EM / N-[(2S)-3-amino-1-(hydroxyamino)-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-4-[4-(4-aminophenyl)buta-1,3-diyn-1-yl]benzamide


分子量: 390.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H22N4O3
#4: 化合物...
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate, 2.4 - 2.6 M ammonium nitrate,
PH範囲: 4.8 - 5.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→50 Å / Num. obs: 46824 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 1.356 / Net I/av σ(I): 37.24 / Net I/σ(I): 19.8 / Num. measured all: 309789
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.63-1.666.30.40323141.08399.6
1.66-1.696.40.34222971.105100
1.69-1.726.40.28923331.106100
1.72-1.756.50.25723161.117100
1.75-1.796.50.21623001.146100
1.79-1.836.50.18223071.188100
1.83-1.886.50.15423351.21499.9
1.88-1.936.50.13223291.25499.9
1.93-1.986.60.11923101.53399.8
1.98-2.056.60.09323131.29699.7
2.05-2.126.70.07623051.3399.6
2.12-2.26.70.0723421.34599.5
2.2-2.36.10.07822982.15698.5
2.3-2.426.70.06123481.4499.7
2.42-2.576.90.05523571.35399.9
2.57-2.7770.0523361.377100
2.77-3.047.10.04723781.448100
3.04-3.487.10.04223831.492100
3.48-4.376.40.0423851.60598.3
4.37-506.70.0425381.51699.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P3E

3p3e


解像度: 1.63→17.871 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2028 2187 5.04 %
Rwork0.1695 41183 -
obs0.1712 43370 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 70.66 Å2 / Biso mean: 26.5891 Å2 / Biso min: 13.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.63→17.871 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2272 0 147 263 2682
Biso mean--37.62 36.58 -
残基数----296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092496
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1633359
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006457
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.681893
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6305-1.66590.29321410.25932399254094
1.6659-1.70460.26091500.226325382688100
1.7046-1.74720.24991370.198325892726100
1.7472-1.79440.21181210.184425432664100
1.7944-1.84720.20081410.180925642705100
1.8472-1.90670.22071380.178725442682100
1.9067-1.97480.23031200.185926042724100
1.9748-2.05380.19791400.167925622702100
2.0538-2.14710.1941140.153826052719100
2.1471-2.26010.20121460.160525782724100
2.2601-2.40140.18881460.163925772723100
2.4014-2.58630.17891140.175726082722100
2.5863-2.84560.23281320.184726072739100
2.8456-3.25520.21011530.18352593274699
3.2552-4.09310.18441360.14612619275599
4.0931-17.87230.19081580.15852653281196
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0712.10120.98024.6024-0.99613.3853-0.13290.1120.0557-0.21280.29310.02990.0226-0.1689-0.13740.11030.05810.00810.1212-0.02690.15669.64752.8522-3.5555
22.99680.4383-1.65461.4791-1.31663.68410.00380.0511-0.1571-0.2908-0.01780.08940.29830.04530.03080.2174-0.0038-0.0220.1369-0.01580.137914.7959-2.4726-8.6146
34.3619-0.92660.17557.17880.73127.92560.13480.04960.01420.0092-0.0316-0.43640.13560.3483-0.14160.11020.02390.00180.1443-0.00070.150724.5752-2.84270.6017
40.98530.1528-0.50391.298-0.58951.4458-0.0147-0.0151-0.0533-0.02240.02940.04490.1381-0.0344-0.02170.1828-0.0094-0.01430.1839-0.00040.154311.90185.0493-0.6005
53.14490.33623.02142.1839-0.72194.99060.114-0.0445-0.21670.16480.1121-0.00560.1506-0.0769-0.21950.150.01230.03710.16320.01460.156312.7897-5.447815.8796
66.86375.9044-0.01465.13660.01660.00520.084-0.36570.13390.1545-0.15070.1117-0.0866-0.00720.05090.2021-0.0070.00180.1804-0.01970.151618.642711.832521.9441
76.87491.8459-2.84331.6975-0.96732.9865-0.0251-0.12320.0127-0.0166-0.0297-0.0315-0.11180.08750.03360.17230.0097-0.01020.0972-0.00680.151821.367914.98268.644
82.63153.63391.42135.95241.26773.08040.04130.02920.42540.0747-0.01270.2637-0.25630.142-0.04440.18540.0240.00820.1915-0.00260.2119.573424.233612.3279
90.48630.2202-0.11623.4943-0.07010.83640.0169-0.0122-0.05780.0352-0.0168-0.05460.11350.02870.00450.18180.0026-0.01460.19450.00150.148317.76620.373514.3796
108.5588-3.29483.55245.91470.22316.88020.2413-0.2878-0.0431-0.1387-0.12650.5495-0.0651-0.9148-0.06740.224-0.0504-0.00380.29140.0920.26693.9691-10.121516.3863
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 22 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 47 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 48 through 76 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 77 through 117 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 118 through 147 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 148 through 170 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 171 through 217 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 218 through 232 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 233 through 276 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 277 through 296 )A0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る