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- PDB-5dqr: The crystal structure of Arabidopsis 7-hydroxymethyl chlorophyll ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dqr
タイトルThe crystal structure of Arabidopsis 7-hydroxymethyl chlorophyll a reductase (HCAR)
要素7-hydroxymethyl chlorophyll a reductase, chloroplastic
キーワードOXIDOREDUCTASE / iron-sulfur flavoenzyme / HCAR / chlorophyll cycle
機能・相同性
機能・相同性情報


7-hydroxymethyl chlorophyll a reductase / chlorophyll cycle / 7-hydroxymethyl chlorophyll a reductase activity / chlorophyll metabolic process / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, with an iron-sulfur protein as acceptor / iron-sulfur cluster binding / chloroplast / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit, N-terminal / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit, C-terminal / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit N-term / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit C terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / IRON/SULFUR CLUSTER / 7-hydroxymethyl chlorophyll a reductase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wang, X. / Liu, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure and Catalytic Mechanism of 7-Hydroxymethyl Chlorophyll a Reductase
著者: Wang, X. / Liu, L.
履歴
登録2015年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7-hydroxymethyl chlorophyll a reductase, chloroplastic
B: 7-hydroxymethyl chlorophyll a reductase, chloroplastic
C: 7-hydroxymethyl chlorophyll a reductase, chloroplastic
D: 7-hydroxymethyl chlorophyll a reductase, chloroplastic
E: 7-hydroxymethyl chlorophyll a reductase, chloroplastic
F: 7-hydroxymethyl chlorophyll a reductase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)303,34224
ポリマ－294,4096
非ポリマー8,93318
水11,205622
1
A: 7-hydroxymethyl chlorophyll a reductase, chloroplastic
B: 7-hydroxymethyl chlorophyll a reductase, chloroplastic
C: 7-hydroxymethyl chlorophyll a reductase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,67112
ポリマ－147,2053
非ポリマー4,4669
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9890 Å2
ΔGint-206 kcal/mol
Surface area48160 Å2
手法PISA
2
D: 7-hydroxymethyl chlorophyll a reductase, chloroplastic
E: 7-hydroxymethyl chlorophyll a reductase, chloroplastic
F: 7-hydroxymethyl chlorophyll a reductase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,67112
ポリマ－147,2053
非ポリマー4,4669
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10190 Å2
ΔGint-208 kcal/mol
Surface area46370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.105, 89.105, 273.312
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
7-hydroxymethyl chlorophyll a reductase, chloroplastic


分子量: 49068.238 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 26-462 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HCAR, HMCR, At1g04620, T1G11.13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8GS60, 7-hydroxymethyl chlorophyll a reductase
#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.45 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 25%PEG3350(w/v), 3% EG(v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 66528 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rejects: 0 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIXモデル構築
PHENIX位相決定
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
HKL-2000data processing
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→44.61 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.51 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 3318 5.09 %
Rwork0.202 61927 -
obs0.204 65245 97.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 71.23 Å2 / Biso mean: 17.02 Å2 / Biso min: 0.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→44.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19252 0 414 622 20288
Biso mean--8.32 13.9 -
残基数----2476
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6976-2.73620.33381110.27211934204575
2.7362-2.7770.3241420.26192360250288
2.777-2.82040.34741210.26142490261195
2.8204-2.86660.32561460.25292641278799
2.8666-2.9160.27241340.252226212755100
2.916-2.96910.30721550.245726692824100
2.9691-3.02610.27931560.252925962752100
3.0261-3.08790.3141470.249126262773100
3.0879-3.1550.29721400.245526262766100
3.155-3.22840.29331370.235826512788100
3.2284-3.30910.28881620.228626222784100
3.3091-3.39860.27861540.223126072761100
3.3986-3.49850.26131340.217526422776100
3.4985-3.61140.26261240.213726642788100
3.6114-3.74040.23241390.19542625276499
3.7404-3.89010.2341390.192626362775100
3.8901-4.0670.22551330.18032649278299
4.067-4.28130.22411430.175226302773100
4.2813-4.54930.19621040.15832636274099
4.5493-4.90010.1791290.159926622791100
4.9001-5.39250.23681440.18472589273399
5.3925-6.1710.21391450.19172633277899
6.171-7.76820.21821310.18272600273198
7.7682-44.61130.19661480.16842518266696

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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