PDB-5dqq: Structure, inhibition and regulation of two-pore channel TPC1 fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dqq

タイトル

Structure, inhibition and regulation of two-pore channel TPC1 from Arabidopsis thaliana

要素

Two pore calcium channel protein 1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN/INHIBITOR / membrane protein / ion channel / calcium channel / sodium channel / phosphorylation dependent ion channel / asymmetric ion channel / tandem pore-forming domains / EF-hand domain / N-terminal domain / C-terminal domain / calcium sensors / voltage sensor / selectivity filter / pore gate / TRANSPORT PROTEIN-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of jasmonic acid biosynthetic process / seed germination / regulation of stomatal movement / plant-type vacuole / vacuole / vacuolar membrane / monoatomic ion channel complex / voltage-gated calcium channel activity / calcium-mediated signaling / calcium ion transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.872 Å

データ登録者

Kintzer, A.F. / Stroud, R.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structure, inhibition and regulation of two-pore channel TPC1 from Arabidopsis thaliana
著者: Kintzer, A.F. / Stroud, R.M.

履歴

登録	2015年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月16日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dqq.cif.gz	295.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dqq.ent.gz	235.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dqq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dqq_validation.pdf.gz	844.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dqq_full_validation.pdf.gz	912.1 KB	表示
XML形式データ	5dqq_validation.xml.gz	34.2 KB	表示
CIF形式データ	5dqq_validation.cif.gz	45.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/5dqq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/5dqq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5tua-1 5e1j-1 6e1n-d 6e1p-d 3gli-2 3glf-2 6nmd-d 3glg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Two pore calcium channel protein 1

ヘテロ分子

84.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Two pore calcium channel protein 1

ヘテロ分子

A: Two pore calcium channel protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
170 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.180, 154.810, 219.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

対称性

点対称性: (シェーンフリース記号: C₂ (2回回転対称))

#1: タンパク質	Two pore calcium channel protein 1 / Calcium channel protein 1 / AtCCH1 / Fatty acid oxygenation up-regulated protein 2 / Voltage- ...Calcium channel protein 1 / AtCCH1 / Fatty acid oxygenation up-regulated protein 2 / Voltage-dependent calcium channel protein TPC1 / AtTPC1 分子量: 83843.625 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 12-733, EF-hand Helix 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: TPC1, CCH1, FOU2, At4g03560, F9H3.19, T5L23.5 / プラスミド: p423_GAL1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): DSY-5 / 参照: UniProt: Q94KI8
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-66R / trans-Ned 19 / (1R,3S)-1-(3-{[4-(2-fluorophenyl)piperazin-1-yl]methyl}-4-methoxyphenyl)-2,3,4,9-tetrahydro-1H-beta-carboline-3-carboxy lic acid / NED-19 分子量: 514.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃₀H₃₁FN₄O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.3 詳細: 0.1 M glycine, pH 9.3, 50 mM potassium chloride, 1 mM calcium chloride, 35% PEG300 PH範囲: 9.0-9.5

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	8.3.1	1	1, 1.006, 1.25465, 1.3854, 1.75
シンクロトロン	ALS	5.0.2	2
シンクロトロン	SSRL	BL12-2	3

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2015年2月24日
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD
DECTRIS PILATUS 6M	3	PIXEL

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	double crystal Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	double crystal Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
3	double crystal Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1.006	1
3	1.25465	1
4	1.3854	1
5	1.75	1

Reflection

数: 431212 / R_merge(I) obs: 0.281 / Χ²: 0.95 / D res high: 3.5 Å / Num. obs: 19817 / % possible obs: 97.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	ID	R_merge(I) obs
20	20.944	14	1	0.09
15	20	164	1	0.093
12	15	271	1	0.101
10	12	381	1	0.095
9	10	340	1	0.11
8	9	519	1	0.152
7	8	843	1	0.228
6	7	1513	1	0.466
5.5	6	1183	1	0.66
5	5.5	1724	1	0.58
4	5	6433	1	1.145
3.5	4	6432	1	4.267

反射

解像度: 2.7→109.885 Å / Num. all: 36476 / Num. obs: 21275 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 108 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.156 / R_rim(I) all: 0.156 / Χ²: 1.005 / Net I/σ(I): 10.42 / Num. measured all: 287001

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.7-3	7.3	0.274	0.732	0.31	67146	11130	9056	7.328	81.4
3-3.5		0.891	1.229	1.68	82314	11151	11022	1.32	98.8
3.5-4		0.987	0.377	5.94	46216	6296	6225	0.405	98.9
4-4.5		0.996	0.175	12.62	27580	3820	3760	0.189	98.4
4.5-5		0.999	0.087	20.28	17586	2464	2423	0.093	98.3
5-6		0.999	0.073	23.67	19862	2805	2785	0.079	99.3
6-7		0.999	0.056	30.39	9886	1440	1438	0.06	99.9
7-8		0.999	0.033	45.76	5773	821	817	0.036	99.5
8-9		1	0.025	60.41	3466	502	502	0.027	100
9-10		1	0.02	69.13	2190	322	320	0.022	99.4
10-15		1	0.02	69.16	4051	628	620	0.022	98.7
15-20		1	0.019	68.41	880	155	146	0.021	94.2
20-20.944		0.999	0.022	66.29	51	128	9	0.025	7

-
位相決定

位相決定

手法:

多重同系置換・異常分散

Phasing set

ID
1
2
3
4
5

Phasing MIR

解像度: 3.5→20.96 Å / FOM acentric: 0.229 / FOM centric: 0.298 / Reflection acentric: 16868 / Reflection centric: 2048

Phasing MIR der

Native set-ID: 1 / 解像度: 3.5→20.96 Å

ID	Der set-ID	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	1	0	0	16686	2008
ISO_2	2	1.14	0.903	11889	1590
ISO_3	3	2.332	2.088	6228	1031
ISO_4	4	1.191	1.37	11034	1543
ISO_5	5	0.726	0.608	12130	1612

Phasing MIR der shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Der-ID	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
12.66	20.96	ISO_1	0	0	264	104
9.9	12.66	ISO_1	0	0	390	106
8.4	9.9	ISO_1	0	0	480	105
7.42	8.4	ISO_1	0	0	577	97
6.72	7.42	ISO_1	0	0	634	110
6.19	6.72	ISO_1	0	0	704	105
5.77	6.19	ISO_1	0	0	761	100
5.42	5.77	ISO_1	0	0	808	108
5.13	5.42	ISO_1	0	0	875	105
4.88	5.13	ISO_1	0	0	900	101
4.67	4.88	ISO_1	0	0	959	108
4.48	4.67	ISO_1	0	0	1007	93
4.31	4.48	ISO_1	0	0	1044	115
4.16	4.31	ISO_1	0	0	1075	103
4.02	4.16	ISO_1	0	0	1123	98
3.9	4.02	ISO_1	0	0	900	93
3.79	3.9	ISO_1	0	0	1192	104
3.68	3.79	ISO_1	0	0	855	67
3.59	3.68	ISO_1	0	0	841	77
3.5	3.59	ISO_1	0	0	1297	109
12.66	20.96	ISO_2	1.701	1.333	263	104
9.9	12.66	ISO_2	1.29	0.696	390	106
8.4	9.9	ISO_2	1.214	0.817	480	105
7.42	8.4	ISO_2	1.241	0.961	577	97
6.72	7.42	ISO_2	1.269	0.897	634	110
6.19	6.72	ISO_2	1.065	0.827	704	105
5.77	6.19	ISO_2	0.877	0.585	761	100
5.42	5.77	ISO_2	0.628	0.569	808	108
5.13	5.42	ISO_2	0.474	0.395	873	105
4.88	5.13	ISO_2	0.342	0.324	897	101
4.67	4.88	ISO_2	0.234	0.183	958	108
4.48	4.67	ISO_2	0.158	0.149	1005	93
4.31	4.48	ISO_2	0.103	0.08	1043	115
4.16	4.31	ISO_2	0.046	0.039	1072	103
4.02	4.16	ISO_2	0.018	0.015	1120	98
3.9	4.02	ISO_2	0.049	0.041	304	32
3.79	3.9	ISO_2	0	0	0	0
3.68	3.79	ISO_2	0	0	0	0
3.59	3.68	ISO_2	0	0	0	0
3.5	3.59	ISO_2	0	0	0	0
12.66	20.96	ISO_3	4.971	3.33	259	101
9.9	12.66	ISO_3	3.23	1.93	390	106
8.4	9.9	ISO_3	2.78	1.944	479	105
7.42	8.4	ISO_3	2.481	2.109	577	97
6.72	7.42	ISO_3	2.024	1.824	634	110
6.19	6.72	ISO_3	1.542	1.175	704	105
5.77	6.19	ISO_3	1.163	0.974	759	100
5.42	5.77	ISO_3	0.707	0.673	796	107
5.13	5.42	ISO_3	0.379	0.296	859	104
4.88	5.13	ISO_3	0.194	0.167	745	86
4.67	4.88	ISO_3	0.086	0.167	26	10
4.48	4.67	ISO_3	0	0	0	0
4.31	4.48	ISO_3	0	0	0	0
4.16	4.31	ISO_3	0	0	0	0
4.02	4.16	ISO_3	0	0	0	0
3.9	4.02	ISO_3	0	0	0	0
3.79	3.9	ISO_3	0	0	0	0
3.68	3.79	ISO_3	0	0	0	0
3.59	3.68	ISO_3	0	0	0	0
3.5	3.59	ISO_3	0	0	0	0
12.66	20.96	ISO_4	4.173	2.497	261	102
9.9	12.66	ISO_4	3.507	2.455	390	106
8.4	9.9	ISO_4	2.972	2.05	480	104
7.42	8.4	ISO_4	2.177	1.599	577	97
6.72	7.42	ISO_4	1.625	1.147	633	110
6.19	6.72	ISO_4	1.078	0.929	700	105
5.77	6.19	ISO_4	0.674	0.573	760	100
5.42	5.77	ISO_4	0.467	0.35	803	108
5.13	5.42	ISO_4	0.309	0.234	869	105
4.88	5.13	ISO_4	0.202	0.189	895	101
4.67	4.88	ISO_4	0.09	0.062	950	108
4.48	4.67	ISO_4	0.058	0.053	907	89
4.31	4.48	ISO_4	0.015	0.016	993	111
4.16	4.31	ISO_4	0.006	0.005	939	92
4.02	4.16	ISO_4	0.003	0.002	541	69
3.9	4.02	ISO_4	0.005	0.004	336	36
3.79	3.9	ISO_4	0	0	0	0
3.68	3.79	ISO_4	0	0	0	0
3.59	3.68	ISO_4	0	0	0	0
3.5	3.59	ISO_4	0	0	0	0
12.66	20.96	ISO_5	0.911	0.761	261	103
9.9	12.66	ISO_5	0.738	0.512	390	106
8.4	9.9	ISO_5	0.754	0.587	480	105
7.42	8.4	ISO_5	0.817	0.629	577	97
6.72	7.42	ISO_5	0.964	0.633	634	110
6.19	6.72	ISO_5	0.937	0.643	704	105
5.77	6.19	ISO_5	0.973	0.69	761	100
5.42	5.77	ISO_5	0.884	0.751	808	108
5.13	5.42	ISO_5	0.812	0.663	874	105
4.88	5.13	ISO_5	0.688	0.561	899	100
4.67	4.88	ISO_5	0.542	0.478	956	108
4.48	4.67	ISO_5	0.518	0.457	1005	93
4.31	4.48	ISO_5	0.508	0.439	1042	115
4.16	4.31	ISO_5	0.467	0.414	1049	102
4.02	4.16	ISO_5	0.563	0.475	1108	98
3.9	4.02	ISO_5	0.377	0.391	574	56
3.79	3.9	ISO_5	0.24	0.383	8	1
3.68	3.79	ISO_5	0	0	0	0
3.59	3.68	ISO_5	0	0	0	0
3.5	3.59	ISO_5	0	0	0	0

Phasing MIR shell

解像度 (Å)	FOM acentric	FOM centric	Reflection acentric	Reflection centric
12.66-20.96	0.956	0.902	264	104
9.9-12.66	0.906	0.742	390	107
8.4-9.9	0.844	0.705	480	105
7.42-8.4	0.754	0.614	577	100
6.72-7.42	0.586	0.55	639	111
6.19-6.72	0.458	0.462	704	106
5.77-6.19	0.359	0.368	763	101
5.42-5.77	0.299	0.244	814	112
5.13-5.42	0.24	0.219	877	105
4.88-5.13	0.208	0.201	930	106
4.67-4.88	0.178	0.225	972	109
4.48-4.67	0.153	0.155	1021	99
4.31-4.48	0.125	0.164	1062	119
4.16-4.31	0.118	0.094	1093	104
4.02-4.16	0.103	0.069	1132	101
3.9-4.02	0.089	0.057	965	102
3.79-3.9	0.001	0.001	1192	104
3.68-3.79	0	0	855	67
3.59-3.68	0	0	841	77
3.5-3.59	0	0	1297	109

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	精密化
SHARP	位相決定
直接法	位相決定
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.872→38.703 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 39.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3394	1052	4.95 %
R_work	0.297	20218	-
obs	0.299	21270	61.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 368.39 Å² / B_iso mean: 110.3123 Å² / B_iso min: 16.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.872→38.703 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5282	0	63	57	5402
B_iso mean	-	-	123.16	75.8	-
残基数	-	-	-	-	649

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5472
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.744	7432
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	842
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	914
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.699	3156

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.8723-3.003	0.8009	8	0.6498	204	212	5
3.003-3.1612	0.5912	27	0.5265	599	626	15
3.1612-3.3592	0.3716	55	0.4034	1251	1306	31
3.3592-3.6184	0.3957	127	0.3524	2369	2496	58
3.6184-3.9821	0.364	182	0.3043	3399	3581	83
3.9821-4.5576	0.3414	214	0.271	4058	4272	99
4.5576-5.7391	0.3043	216	0.2813	4111	4327	99
5.7391-38.706	0.3215	223	0.2877	4227	4450	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -25.0661 Å / Origin y: -12.366 Å / Origin z: 15.5844 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.185 Å²	-0.1934 Å²	-0.246 Å²	-	0.0821 Å²	-0.4493 Å²	-	-	-0.0025 Å²
L	2.0249 °²	0.0265 °²	0.59 °²	-	0.774 °²	-0.2781 °²	-	-	0.7621 °²
S	0.4383 Å °	-1.0496 Å °	-0.7877 Å °	0.4388 Å °	-0.0975 Å °	0.0856 Å °	0.0267 Å °	-0.2541 Å °	2.3682 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	30 - 810
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	3 - 80
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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