PDB-5dpr: Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human LC3A_2-121

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dpr

タイトル

Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human LC3A_2-121

要素

Pleckstrin homology domain-containing family M member 1,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A

キーワード

PROTEIN BINDING / Autophagy / PLEKHM1 / Atg8 / LC3 / GABARAP / chimeric protein

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to oxygen-glucose deprivation / late endosome to lysosome transport / autophagosome-lysosome fusion / autolysosome membrane / lysosome localization / SMAD protein signal transduction / autophagy of mitochondrion / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of ruffle assembly / cellular response to nitrogen starvation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Ravichandran, A.C. / Suzuki, H. / Dobson, R.C.J.

引用

ジャーナル: EMBO Rep. / 年: 2017
タイトル: Structural and functional analysis of the GABARAP interaction motif (GIM).
著者: Rogov, V.V. / Stolz, A. / Ravichandran, A.C. / Rios-Szwed, D.O. / Suzuki, H. / Kniss, A. / Lohr, F. / Wakatsuki, S. / Dotsch, V. / Dikic, I. / Dobson, R.C. / McEwan, D.G.

履歴

登録	2015年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dpr.cif.gz	305.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dpr.ent.gz	254.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dpr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/5dpr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/5dpr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dpsC 5dptC 5dpwC 3x0w C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wao-4 3vtw-3 5dcn-d 5dmd-1 3vtw-2 3d0j-d 4zdv-d 1m7e-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (3) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (3) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (3)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (3)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (3)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (3)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Pleckstrin homology domain-containing family M member 1,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A

B: Pleckstrin homology domain-containing family M member 1,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A

C: Pleckstrin homology domain-containing family M member 1,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A

D: Pleckstrin homology domain-containing family M member 1,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A

63.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pleckstrin homology domain-containing family M member 1,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A

登録者が定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pleckstrin homology domain-containing family M member 1,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A

登録者が定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Pleckstrin homology domain-containing family M member 1,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A

登録者が定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Pleckstrin homology domain-containing family M member 1,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A

登録者が定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.700, 63.082, 84.924
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.94, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Pleckstrin homology domain-containing family M member 1,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A / PH domain-containing family M member 1 / 162 kDa adapter protein / AP162 / Autophagy-related ...PH domain-containing family M member 1 / 162 kDa adapter protein / AP162 / Autophagy-related protein LC3 A / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 A / MAP1 light chain 3-like protein 1 / MAP1A/MAP1B light chain 3 A / MAP1A/MAP1B LC3 A / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 alpha 分子量: 15932.104 Da / 分子数: 4 断片: UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121,UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLEKHM1, KIAA0356, MAP1LC3A / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y4G2, UniProt: Q9H492
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Pleckstrin homology domain-containing family M member 1,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A / PH domain-containing family M member 1 / 162 kDa adapter protein / AP162 / Autophagy-related ...

分子量: 15932.104 Da / 分子数: 4
断片: UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121,UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLEKHM1, KIAA0356, MAP1LC3A / プラスミド: pET30 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y4G2, UniProt: Q9H492

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.46 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis Tris, pH 5.5, 25% w/v Polyethlene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→45.57 Å / Num. obs: 22767 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 2.5→2.5 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.614 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→45.567 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2608	1190	5.23 %
R_work	0.2179	-	-
obs	0.2202	22758	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.567 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4086	0	0	42	4128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4176
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.077	5651
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.27	1601
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	620
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	741

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.6001	0.3115	130	0.2948	2397	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6001-2.7185	0.3756	141	0.2789	2366	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7185-2.8618	0.3372	122	0.2781	2397	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8618-3.041	0.3043	136	0.2606	2353	X-RAY DIFFRACTION	100
3.041-3.2758	0.2945	151	0.2573	2380	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2758-3.6053	0.301	137	0.2349	2360	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6053-4.1267	0.229	124	0.1959	2412	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1267-5.198	0.171	120	0.1616	2443	X-RAY DIFFRACTION	100
5.198-45.5749	0.2482	129	0.2001	2460	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6047	-0.6163	0.3678	0.9851	-0.9971	1.5453	0.1049	-0.0759	-0.0464	0.2923	-0.2026	-0.3379	-0.2865	0.1792	-0.321	0.1306	0.0207	-0.0351	0.4243	0.137	0.3335	-9.5449	-14.6767	38.0538
2	0.3111	0.1302	0.2443	0.5663	-0.1828	0.3304	0.1201	-0.6502	0.0742	0.3053	-0.1335	0.1581	-0.0002	0.2574	0.0014	0.2334	-0.0211	0.0564	0.4101	-0.0963	0.2327	-22.2456	4.3672	49.1031
3	0.5547	0.7403	-0.6616	0.8535	-0.515	1.2843	-0.086	-0.2259	0.3921	-0.0251	0.1202	0.0481	0.2177	0.4571	0.0056	0.2416	-0.0519	-0.0087	0.2603	-0.0337	0.3553	-12.44	8.0841	39.4082
4	1.3149	-0.3149	-0.1193	0.2028	0.4172	1.0341	-0.4808	0.2334	1.0067	-0.3613	0.3218	-0.0129	-0.4275	0.8461	-0.0074	0.4217	-0.1314	-0.0152	0.434	0.0812	0.2628	-5.6093	11.0938	31.3342
5	1.8593	-1.7764	-0.0932	1.9112	0.2616	0.1538	0.5979	0.4214	0.2091	-0.4048	-0.4098	0.2387	-0.3608	-0.2346	0.1502	0.6028	0.0831	0.0473	0.203	0.1863	1.0283	-17.846	15.6991	29.5154
6	1.0468	0.6067	0.043	0.6801	0.1628	0.0637	0.2035	0.0958	0.8723	-0.2316	0.0466	0.7514	0.112	-0.3355	0.0526	0.3473	0.0207	-0.0129	0.2659	0.0389	0.4355	-20.4997	10.1533	35.8496
7	0.334	-0.0375	-0.1453	0.2518	0.3043	0.3977	0.3115	0.1035	0.0435	0.3055	-0.1247	0.1464	-0.0683	-0.1347	0.6663	0.0307	0.3979	0.2839	0.2802	-0.4035	0.293	-38.2158	4.2692	38.5889
8	1.0997	0.6543	0.149	1.9449	-0.197	2.1367	-0.0125	-0.2122	-0.315	0.0276	-0.0421	-0.2293	0.0322	-0.5262	-0.2522	0.1874	-0.0366	0.0219	0.2025	0.0513	0.2515	-34.3696	-17.9886	39.0168
9	2.9638	-0.7079	0.7692	1.6687	0.0925	0.2612	0.2391	0.7957	-1.079	0.5363	0.2374	0.706	-0.2642	0.5731	0.13	0.5709	-0.0034	0.1883	0.5056	-0.1567	0.2674	-27.7468	-25.3312	29.2883
10	0.2486	-0.1963	-0.0882	1.1676	-0.094	0.5954	-0.3227	0.236	-0.4575	0.2396	0.3017	-0.3387	-0.2716	-0.1055	-0.0248	0.1963	0.0123	0.0674	0.3175	0.0285	0.3647	-27.9904	-19.1316	33.3729
11	1.2514	1.022	-0.7086	0.8738	-0.6287	0.4516	0.0669	-0.3936	0.5319	-0.1003	0.5922	0.1467	0.1814	0.3647	0.3248	0.3416	0.1163	-0.0898	0.3116	-0.1178	0.2485	-24.7023	17.8732	3.642
12	2.4448	-1.6169	-0.4568	1.1182	0.4663	0.815	-0.261	0.2169	-0.6683	-1.0466	0.2085	0.0645	0.0079	-0.1316	0.2147	0.4224	-0.0574	0.1819	0.2587	-0.1281	0.2246	-5.8066	4.8986	-7.0211
13	1.0743	0.6964	-0.0533	1.5002	0.7908	0.9269	-0.0073	-0.2022	-0.2575	-0.0594	0.0706	-0.2399	-0.2567	0.2465	-0.0002	0.3072	-0.0483	-0.0026	0.2989	0.0523	0.1902	-1.1227	17.6559	6.1148
14	0.3305	0.1251	0.0974	0.0336	0.2026	1.7733	-0.03	-0.3765	-0.5999	0.2624	0.0394	-0.8854	1.1852	0.3523	-0.0025	0.3467	0.1066	-0.0271	0.4759	0.0567	0.6696	5.59	5.8203	8.764
15	0.5604	0.3376	0.0427	0.1791	0.0816	0.3796	0.1232	0.0145	-0.1214	0.3016	-0.0529	-0.0216	-0.0379	0.0082	0.0091	0.3461	-0.0109	-0.0111	0.2549	0.0511	0.1898	-4.9141	9.5266	9.7171
16	0.0625	-0.2144	0.0894	0.8231	-0.3086	0.1256	-0.0504	0.1507	-0.3065	0.3539	0.2046	0.7717	-0.117	0.115	0.0053	0.4203	0.0692	0.0487	0.3252	-0.019	0.3689	-6.2981	-10.8356	3.2876
17	0.9788	0.965	-0.5704	1.7553	-0.0119	0.5006	-0.0976	-0.0204	0.2513	-0.2528	0.2103	0.4038	0.1224	0.0672	0.0074	0.2787	-0.0189	-0.1205	0.2411	0.0745	0.3526	-27.4551	-3.9223	-1.3913
18	0.0846	-0.0738	0.1174	0.369	-0.0831	0.243	0.2503	-0.3018	-0.2679	0.3672	-0.2268	0.9007	0.6551	-0.1105	0.0021	0.5144	-0.1443	0.0932	0.4089	-0.0079	0.3499	-31.5812	-14.8807	10.4249
19	0.9815	0.9569	0.5225	0.9114	0.437	0.3112	-0.0442	-0.4941	0.6773	0.3267	0.0429	1.2141	-0.7116	-0.1241	-0.1934	0.2502	0.0938	0.0921	0.4097	-0.0365	0.6158	-32.3309	-0.5579	8.042

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 37 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 38 through 70 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 71 through 93 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 94 through 105 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 106 through 129 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 6 through 17 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 18 through 94 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 95 through 105 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 106 through 132 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 6 through 17 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 18 through 37 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 38 through 94 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 95 through 113 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 114 through 132 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 6 through 17 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 18 through 70 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 71 through 93 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 94 through 129 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)