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- PDB-5dpr: Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human LC3A_2-121 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dpr
タイトルCrystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human LC3A_2-121
要素Pleckstrin homology domain-containing family M member 1,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A
キーワードPROTEIN BINDING / Autophagy / PLEKHM1 / Atg8 / LC3 / GABARAP / chimeric protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to oxygen-glucose deprivation / late endosome to lysosome transport / autophagosome-lysosome fusion / autolysosome membrane / lysosome localization / SMAD protein signal transduction / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of ruffle assembly / response to iron(II) ion / cellular response to nitrogen starvation ...cellular response to oxygen-glucose deprivation / late endosome to lysosome transport / autophagosome-lysosome fusion / autolysosome membrane / lysosome localization / SMAD protein signal transduction / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of ruffle assembly / response to iron(II) ion / cellular response to nitrogen starvation / autophagy of mitochondrion / Receptor Mediated Mitophagy / Macroautophagy / organelle membrane / autolysosome / p38MAPK cascade / autophagosome membrane / autophagosome maturation / autophagosome assembly / positive regulation of bone resorption / JNK cascade / cellular response to copper ion / cellular response to starvation / autophagosome / cellular response to amino acid starvation / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / macroautophagy / response to lead ion / phospholipid binding / cellular response to hydrogen peroxide / late endosome / protein transport / late endosome membrane / microtubule binding / microtubule / lysosome / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
PLEKHM1, PH domain / : / : / Rubicon Homology Domain / Rubicon Homology Domain / DUF4206 / RUN / RUN domain / RUN domain superfamily / RUN domain ...PLEKHM1, PH domain / : / : / Rubicon Homology Domain / Rubicon Homology Domain / DUF4206 / RUN / RUN domain / RUN domain superfamily / RUN domain / RUN domain profile. / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Ubiquitin-like (UB roll) / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A / Pleckstrin homology domain-containing family M member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ravichandran, A.C. / Suzuki, H. / Dobson, R.C.J.
引用ジャーナル: EMBO Rep. / 年: 2017
タイトル: Structural and functional analysis of the GABARAP interaction motif (GIM).
著者: Rogov, V.V. / Stolz, A. / Ravichandran, A.C. / Rios-Szwed, D.O. / Suzuki, H. / Kniss, A. / Lohr, F. / Wakatsuki, S. / Dotsch, V. / Dikic, I. / Dobson, R.C. / McEwan, D.G.
履歴
登録2015年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pleckstrin homology domain-containing family M member 1,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A
B: Pleckstrin homology domain-containing family M member 1,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A
C: Pleckstrin homology domain-containing family M member 1,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A
D: Pleckstrin homology domain-containing family M member 1,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7284
ポリマ－63,7284
非ポリマー00
水75742
1
A: Pleckstrin homology domain-containing family M member 1,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9321
ポリマ－15,9321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pleckstrin homology domain-containing family M member 1,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9321
ポリマ－15,9321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Pleckstrin homology domain-containing family M member 1,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9321
ポリマ－15,9321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Pleckstrin homology domain-containing family M member 1,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9321
ポリマ－15,9321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.700, 63.082, 84.924
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Pleckstrin homology domain-containing family M member 1,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A / PH domain-containing family M member 1 / 162 kDa adapter protein / AP162 / Autophagy-related ...PH domain-containing family M member 1 / 162 kDa adapter protein / AP162 / Autophagy-related protein LC3 A / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 A / MAP1 light chain 3-like protein 1 / MAP1A/MAP1B light chain 3 A / MAP1A/MAP1B LC3 A / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 alpha


分子量: 15932.104 Da / 分子数: 4
断片: UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121,UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLEKHM1, KIAA0356, MAP1LC3A / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y4G2, UniProt: Q9H492
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.46 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis Tris, pH 5.5, 25% w/v Polyethlene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→45.57 Å / Num. obs: 22767 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.5 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.614 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→45.567 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2608 1190 5.23 %
Rwork0.2179 --
obs0.2202 22758 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.567 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4086 0 0 42 4128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064176
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0775651
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.271601
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005741
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.60010.31151300.29482397X-RAY DIFFRACTION100
2.6001-2.71850.37561410.27892366X-RAY DIFFRACTION100
2.7185-2.86180.33721220.27812397X-RAY DIFFRACTION100
2.8618-3.0410.30431360.26062353X-RAY DIFFRACTION100
3.041-3.27580.29451510.25732380X-RAY DIFFRACTION100
3.2758-3.60530.3011370.23492360X-RAY DIFFRACTION100
3.6053-4.12670.2291240.19592412X-RAY DIFFRACTION100
4.1267-5.1980.1711200.16162443X-RAY DIFFRACTION100
5.198-45.57490.24821290.20012460X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6047-0.61630.36780.9851-0.99711.54530.1049-0.0759-0.04640.2923-0.2026-0.3379-0.28650.1792-0.3210.13060.0207-0.03510.42430.1370.3335-9.5449-14.676738.0538
20.31110.13020.24430.5663-0.18280.33040.1201-0.65020.07420.3053-0.13350.1581-0.00020.25740.00140.2334-0.02110.05640.4101-0.09630.2327-22.24564.367249.1031
30.55470.7403-0.66160.8535-0.5151.2843-0.086-0.22590.3921-0.02510.12020.04810.21770.45710.00560.2416-0.0519-0.00870.2603-0.03370.3553-12.448.084139.4082
41.3149-0.3149-0.11930.20280.41721.0341-0.48080.23341.0067-0.36130.3218-0.0129-0.42750.8461-0.00740.4217-0.1314-0.01520.4340.08120.2628-5.609311.093831.3342
51.8593-1.7764-0.09321.91120.26160.15380.59790.42140.2091-0.4048-0.40980.2387-0.3608-0.23460.15020.60280.08310.04730.2030.18631.0283-17.84615.699129.5154
61.04680.60670.0430.68010.16280.06370.20350.09580.8723-0.23160.04660.75140.112-0.33550.05260.34730.0207-0.01290.26590.03890.4355-20.499710.153335.8496
70.334-0.0375-0.14530.25180.30430.39770.31150.10350.04350.3055-0.12470.1464-0.0683-0.13470.66630.03070.39790.28390.2802-0.40350.293-38.21584.269238.5889
81.09970.65430.1491.9449-0.1972.1367-0.0125-0.2122-0.3150.0276-0.0421-0.22930.0322-0.5262-0.25220.1874-0.03660.02190.20250.05130.2515-34.3696-17.988639.0168
92.9638-0.70790.76921.66870.09250.26120.23910.7957-1.0790.53630.23740.706-0.26420.57310.130.5709-0.00340.18830.5056-0.15670.2674-27.7468-25.331229.2883
100.2486-0.1963-0.08821.1676-0.0940.5954-0.32270.236-0.45750.23960.3017-0.3387-0.2716-0.1055-0.02480.19630.01230.06740.31750.02850.3647-27.9904-19.131633.3729
111.25141.022-0.70860.8738-0.62870.45160.0669-0.39360.5319-0.10030.59220.14670.18140.36470.32480.34160.1163-0.08980.3116-0.11780.2485-24.702317.87323.642
122.4448-1.6169-0.45681.11820.46630.815-0.2610.2169-0.6683-1.04660.20850.06450.0079-0.13160.21470.4224-0.05740.18190.2587-0.12810.2246-5.80664.8986-7.0211
131.07430.6964-0.05331.50020.79080.9269-0.0073-0.2022-0.2575-0.05940.0706-0.2399-0.25670.2465-0.00020.3072-0.0483-0.00260.29890.05230.1902-1.122717.65596.1148
140.33050.12510.09740.03360.20261.7733-0.03-0.3765-0.59990.26240.0394-0.88541.18520.3523-0.00250.34670.1066-0.02710.47590.05670.66965.595.82038.764
150.56040.33760.04270.17910.08160.37960.12320.0145-0.12140.3016-0.0529-0.0216-0.03790.00820.00910.3461-0.0109-0.01110.25490.05110.1898-4.91419.52669.7171
160.0625-0.21440.08940.8231-0.30860.1256-0.05040.1507-0.30650.35390.20460.7717-0.1170.1150.00530.42030.06920.04870.3252-0.0190.3689-6.2981-10.83563.2876
170.97880.965-0.57041.7553-0.01190.5006-0.0976-0.02040.2513-0.25280.21030.40380.12240.06720.00740.2787-0.0189-0.12050.24110.07450.3526-27.4551-3.9223-1.3913
180.0846-0.07380.11740.369-0.08310.2430.2503-0.3018-0.26790.3672-0.22680.90070.6551-0.11050.00210.5144-0.14430.09320.4089-0.00790.3499-31.5812-14.880710.4249
190.98150.95690.52250.91140.4370.3112-0.0442-0.49410.67730.32670.04291.2141-0.7116-0.1241-0.19340.25020.09380.09210.4097-0.03650.6158-32.3309-0.55798.042
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 17 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 37 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 38 through 70 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 71 through 93 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 94 through 105 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 106 through 129 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 6 through 17 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 18 through 94 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 95 through 105 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 106 through 132 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 6 through 17 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 18 through 37 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 38 through 94 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 95 through 113 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 114 through 132 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 6 through 17 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 18 through 70 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 71 through 93 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 94 through 129 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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